生物信息学分析筛选关键基因
筛选SAH后脑组织中差异表达基因并确定关键hub基因。
分析GEO数据集GSE167110和GSE79416,筛选差异表达基因,进行GO和KEGG富集分析,通过PPI网络和CytoHubba识别CCR2为hub基因。
Inhibition of CCR2 attenuates neuroinflammation and neuronal apoptosis after subarachnoid hemorrhage through the PI3K/Akt pathway
包含体外细胞模型(HT22)、体内小鼠模型(血管内穿孔)、临床样本CSF检测及生物信息学分析,功能验证(RS拮抗剂)和机制验证(LY抑制剂)均涉及。
HT22细胞(体外SAH模型) C57BL/6J小鼠血管内穿孔SAH模型 临床SAH患者脑脊液样本
SAH模型:C57BL/6J小鼠血管内穿孔法;HT22细胞以160 μM hemin处理24小时 RS504393剂量:3 mg/kg/day 腹腔注射(体内);10 μM(体外) LY294002给药:侧脑室注射(i.c.v.)于SAH诱导前30分钟,剂量按参考文献 检测时间:SAH后24小时(主要)和72小时 样本量:每组6只小鼠;每组n=3或n=6用于Western blot
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选SAH后脑组织中差异表达基因并确定关键hub基因。
分析GEO数据集GSE167110和GSE79416,筛选差异表达基因,进行GO和KEGG富集分析,通过PPI网络和CytoHubba识别CCR2为hub基因。
在体内验证SAH后CCR2的表达变化和定位。
利用血管内穿孔法建立小鼠SAH模型,通过Western blot和免疫荧光检测CCR2表达和时间变化。
在体外验证CCR2在HT22细胞中的表达和功能。
用hemin诱导HT22细胞损伤模拟SAH,检测CCR2表达、细胞活力、凋亡和炎症因子水平,并用RS处理观察效果。
评估CCR2拮抗剂RS对SAH后神经功能、脑水肿和BBB损伤的保护作用。
SAH后腹腔注射RS,评估神经功能评分、脑水含量、BBB通透性(EB渗漏)。
验证CCR2的神经保护作用是否通过PI3K/AKT通路介导。
使用PI3K抑制剂LY294002,观察是否能逆转RS的保护作用,并检测PI3K/AKT通路蛋白及炎症、凋亡相关蛋白的表达。
检测SAH患者CSF中CCR2及相关因子水平,并评估其与预后的相关性。
收集aSAH患者和健康对照的CSF,通过ELISA检测CCR2、IL-1β、TNF-α、Bax、caspase-3水平,分析其与mRS评分的相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物模型建立 | 4-0单丝线 | -- | -- |
| 药物处理 | RS504393 | Sigma | SML0711-5MG |
| LY294002 | Beyotime | S1737-5 | |
| 血脑屏障通透性检测 | 伊文思蓝 | Sigma | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 细胞损伤诱导 | 氯高铁血红素 | -- | -- |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 流式细胞术 | Annexin V PE/7-AAD试剂盒 | SolarBio | CA1030 |
| 细胞活力检测 | CCK-8检测试剂盒 | Servicebio | G4103-5ML |
| 凋亡检测 | TUNEL凋亡检测试剂盒 | Servicebio | G1501-50T |
| ELISA | 小鼠IL-1β ELISA试剂盒 | Bioswamp | MU30369 |
| 小鼠TNF-α ELISA试剂盒 | Bioswamp | MU30030 | |
| 人CCR2 ELISA试剂盒 | Bioswamp | HM11536 | |
| 人BAX ELISA试剂盒 | Bioswamp | HM10117 | |
| 人caspase-3 ELISA试剂盒 | Bioswamp | HM10963 | |
| 人IL-1β ELISA试剂盒 | Bioswamp | HM10206 | |
| 人TNF-α ELISA试剂盒 | Bioswamp | HM10001 | |
| 蛋白质印迹 | 抗CCR2抗体 | CST | 12199 |
| 抗p-PI3K抗体 | CST | 4228 | |
| 抗PI3K抗体 | Beyotime | AF7742 | |
| 抗AKT抗体 | CST | 4691 | |
| 抗p-AKT抗体 | CST | 4060 | |
| 抗IL-1β抗体 | Abcam | ab254360 | |
| 抗TNF-α抗体 | Abcam | ab255275 | |
| 抗BAX抗体 | ServiceBio | GB114122 | |
| 抗Bcl-2抗体 | ServiceBio | GB113375 | |
| 抗cleaved caspase-3抗体 | Abcam | ab2302 | |
| 抗β-tubulin抗体 | ServiceBio | GB11017 | |
| 免疫荧光 | 抗NeuN抗体 | CST | 94403 |
| 抗CCR2抗体 | Abcam | ab216863 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| SAH动物模型 | 小鼠品系、周龄/体重、麻醉方法(5%异氟烷诱导,2%维持)、血管内穿孔操作细节(4-0单丝线插入深度)、SAH分级评分(排除≤8分) 阅读提示:Methods: Animals, SAH model |
| 药物处理 | RS504393给药剂量(1、3、9 mg/kg/day)、给药途径(腹腔注射)、给药时间(SAH后1小时);LY294002给药剂量、给药途径(侧脑室)、给药时间(SAH前30分钟) 阅读提示:Methods: Drug administration |
| 体外SAH模型 | HT22细胞培养条件(DMEM+10% FBS+1% P/S)、hemin浓度(160 μM)和处理时间(24小时) 阅读提示:Methods: Cell culture and in vitro SAH model |
| 神经功能评估 | 评估时间点(SAH后24小时和72小时)、评分量表(改良Garcia评分)、评分人员是否盲法 阅读提示:Methods: Neurological function evaluation; 图5、图7及补充图S2 |
| 组织损伤检测 | 脑水含量测定方法(干湿重法)、BBB通透性测定(Evans blue渗漏)、TUNEL染色定量方法 阅读提示:Methods: Brain water content, BBB permeability, TUNEL staining; 图5 |
| 分子检测 | Western blot所用抗体及稀释比(如anti-CCR2 1:1000等)、ELISA试剂盒品牌及货号、样本处理细节(裂解、离心) 阅读提示:Methods: Western blotting, ELISA |
| 临床样本 | CSF样本采集时间(SAH后3天内)、样本处理(离心2500×g 10 min)、ELISA试剂盒规格、患者入组标准(年龄、诊断标准)、mRS评分时间(6个月)及划分标准 阅读提示:Methods: Participants, ELISA; 图8 |