建立免疫压力选择模型
比较免疫健全与免疫缺陷宿主中转移灶的转录组差异,识别免疫选择的关键分子。
将EpRas-FLuc-GFP细胞经心内注射入BALB/c免疫健全和NSG免疫缺陷小鼠,分离肺、肝、脑转移灶肿瘤细胞进行RNA-seq。
TIM3+ breast cancer cells license immune evasion during micrometastasis outbreak.
包含体外细胞模型、免疫健全/缺陷小鼠转移模型、患者样本、单细胞RNA测序及功能机制验证
4T07小鼠乳腺癌细胞系(BALB/c来源) 4T1小鼠乳腺癌细胞系(BALB/c来源) 免疫健全BALB/c与免疫缺陷NSG小鼠转移模型 乳腺癌患者原发与转移配对样本(ConvertHER队列)
EpRas-FLuc-GFP细胞经心内注射后,免疫健全与免疫缺陷小鼠转移灶的RNA-seq比较 4T07 Tim3-KD与对照细胞在免疫健全和免疫缺陷小鼠中的转移能力与生存期 4T07 Tim3报告系统及谱系追踪系统监测微转移期间Tim3表达动态 抗TIM3抗体(250 μg,每4天腹腔注射)在新生辅助/辅助治疗模型中的转移抑制效果 TIM3在肿瘤细胞中的免疫组化评分与患者无病生存和总生存的关联
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较免疫健全与免疫缺陷宿主中转移灶的转录组差异,识别免疫选择的关键分子。
将EpRas-FLuc-GFP细胞经心内注射入BALB/c免疫健全和NSG免疫缺陷小鼠,分离肺、肝、脑转移灶肿瘤细胞进行RNA-seq。
通过Tim3基因敲低和过表达评估TIM3对转移能力和生存的影响。
使用4T07、4T1和AT3细胞进行Tim3敲低或过表达,经心内注射或乳腺脂肪垫注射,监测转移生长和小鼠生存。
探究TIM3促进转移的分子机制。
对Tim3-KD和对照4T07转移灶进行RNA-seq和GSEA;体外成球实验、极限稀释实验、邻近连接实验、β-catenin活性检测和Western blot。
明确TIM3在微转移至大转移过程中的时空动态和谱系来源。
构建Tim3启动子驱动的mCherry-Nluc双报告系统和CreERT2谱系追踪系统,经心内注射后连续监测TIM3表达和谱系标记。
揭示TIM3+肿瘤细胞对免疫细胞组成的调控。
从4T07 Ctrl和Tim3-KD肝微转移灶分离CD45+免疫细胞进行单细胞RNA-seq,并用光谱流式细胞术验证。
确定γδ T细胞和CD8+ T细胞在TIM3介导的微转移免疫逃逸中的作用。
使用中和抗体清除γδ T细胞、CD8+ T细胞等,进行转移救援实验;体外共培养γδ T细胞与Tim3-OE肿瘤细胞,并阻断IL-1β。
测试抗TIM3抗体在微转移和大转移模型中的疗效。
在肝内门静脉注射和乳腺脂肪垫自发转移模型中,给予抗TIM3抗体(新生辅助/辅助方案),监测转移发生。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组化 | 人TIM-3亲和纯化抗体 | R&D systems S.L | AF2365 |
| 免疫荧光 | TIM3单克隆抗体 | Proteintech | 60355-1-Ig |
| 流式细胞术 | PE/Cy7抗TIM3抗体(克隆RMT3-23) | Biolegend | 119716 |
| Western blot | 抗磷酸化GSK3α/β(S21/9)抗体 | Cell Signaling | 9331S |
| 体内清除 | 抗小鼠CD8抗体(克隆YTS169.4) | BioXCell | BE0117 |
| 抗小鼠TCRγδ抗体(克隆UC7-13D5) | BioXCell | BE0070 | |
| TIM3阻断治疗 | 抗小鼠TIM3抗体InVivoPlus(克隆RMT3-23) | BioXCell | BP0115 |
| 细胞培养 | 胶原酶 | Sigma-Aldrich Quimica S.L. | C2674 |
| DNase I | Merck Life Sciences S.L.U | D5025 | |
| β-catenin抑制 | FH353 | Merck Millipore | 108409-83-2 |
| 谱系追踪诱导 | 4-羟基他莫昔芬 | Merck | H7904 |
| 他莫昔芬 | Merck | T5648 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 心内注射转移模型 | 细胞数量(2×10^4)、注射体积(100 μL)、小鼠品系(BALB/c、NSG、C57BL/6)、监测时间(4-5周) 阅读提示:Methods:Animal studies |
| Tim3敲低/过表达 | shRNA序列(TRCN0000099986等)、敲低效率验证、细胞系(4T07、4T1、AT3) 阅读提示:Methods:Molecular cloning and plasmids;Figure S2A |
| 谱系追踪 | 他莫昔芬剂量(1.2 mg/次)、诱导时间(短期3天或长期20天)、报告系统构建 阅读提示:Methods:Lineage tracing;Figure 4G-4J |
| 免疫细胞清除 | 抗体剂量(250 μg/次)、给药频率(每4天)、清除验证方法 阅读提示:Methods:In vivo therapies and specific cell depletion/neutralization |
| TIM3阻断治疗 | 抗体克隆(RMT3-23)、剂量(250 μg/次)、给药途径(腹腔注射)、治疗起始时间 阅读提示:Methods:In vivo therapies;Figure 7E-7F |