临床样本分析
探究SLC13A3表达与ICB疗效及患者生存的关系。
分析多个接受ICB治疗的患者队列(黑色素瘤、HCC、头颈癌等)中SLC13A3表达与响应及生存的相关性,并用IHC和单细胞RNA-seq验证表达。
Itaconate transporter SLC13A3 impairs tumor immunity via endowing ferroptosis resistance.
包含患者队列、多种细胞系体外实验、基因敲除小鼠及多种肿瘤模型体内验证,并有机制探讨。
B16-F10小鼠黑色素瘤细胞系 Yumm5.2小鼠黑色素瘤细胞系 C57BL/6J小鼠肿瘤模型 Acod1−/−小鼠
SLC13A3表达水平与ICB疗效及患者生存的相关性(患者队列) Slc13a3基因敲除对肿瘤生长和免疫细胞浸润的影响(小鼠模型) 衣康酸通过SLC13A3摄取并保护肿瘤细胞抵抗铁死亡的体外实验 SLC13A3i抑制衣康酸摄取并增强ICB疗效的体内实验 巨噬细胞特异性Acod1敲除对肿瘤进展的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究SLC13A3表达与ICB疗效及患者生存的关系。
分析多个接受ICB治疗的患者队列(黑色素瘤、HCC、头颈癌等)中SLC13A3表达与响应及生存的相关性,并用IHC和单细胞RNA-seq验证表达。
验证SLC13A3对肿瘤生长和免疫原性的影响。
构建Slc13a3−/−肿瘤细胞系,接种至免疫健全和免疫缺陷小鼠,监测肿瘤生长和免疫细胞浸润。
验证SLC13A3是衣康酸转运体并保护肿瘤细胞抵抗铁死亡。
使用同位素标记衣康酸摄取实验、细胞活力检测和脂质ROS检测,比较Slc13a3+/+和Slc13a3−/−细胞对铁死亡诱导剂的响应。
探究衣康酸下游信号通路。
RNA-seq分析衣康酸处理后的基因表达,Western blot检测NRF2和SLC7A11蛋白,并使用Slc7a11−/−和Nfe2l2敲低细胞验证功能。
评估衣康酸在肿瘤进展和铁死亡抵抗中的作用。
使用Acod1−/−小鼠和巨噬细胞特异性Acod1敲除小鼠,接种肿瘤细胞,检测肿瘤生长和脂质ROS。
鉴定SLC13A3抑制剂并评估其抗肿瘤效果。
基于同源建模和分子对接筛选化合物,测试先导化合物SLC13A3i对衣康酸摄取的抑制、对铁死亡的影响,并在体内评估单用及联合anti-PD-L1的疗效。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 流式分析 | 7-AAD染色液 | BD Bioscience | 559925 |
| 脂质ROS检测 | BODIPY™ 581/591 C11 | Thermo Fisher Scientific | D3861 |
| 脂质摄取检测 | BODIPY™ FL C12 | Thermo Fisher Scientific | D3822 |
| 细胞内Fe2+检测 | BioTracker FerroOrange活细胞染料 | Sigma Aldrich | SCT210-35NMOL |
| 药物处理 | Liproxstatin-1 | Cayman Chemical | 17730 |
| 4-辛基衣康酸 | Cayman Chemical | 25374 | |
| 衣康酸 | Sigma Aldrich | I29204 | |
| 2-(3-甲氧基苄基)琥珀酸 | AstaTech Inc | W13691 | |
| Western blot | 兔多克隆抗SLC13A3抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-53224 |
| xCT/SLC7A11抗体 | Cell Signaling Technology | 98051 | |
| 兔单克隆抗NRF2抗体(D1Z9C) | Cell Signaling Technology | 12721 | |
| 兔单克隆抗GAPDH抗体(D16H11) | Cell Signaling Technology | 5174 | |
| 体内实验 | InVivoPlus抗小鼠PD-L1抗体(10F.9G2) | Bio X Cell | BE0101 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 肿瘤细胞接种 | 细胞数量(0.2–2×10^6)、小鼠品系(C57BL/6J、NSG)、性别和年龄(8–10周) 阅读提示:Methods: In vivo experiments; Mice |
| SLC13A3i治疗 | 剂量(10 mg/kg每日腹腔注射)、起始时间(肿瘤约100 mm3)、给药途径 阅读提示:Methods: In vivo experiments |
| 铁死亡诱导实验 | Erastin浓度(2–3 μM)、RSL3浓度(0.1–0.5 μM)、处理时间(16小时)、衣康酸预处理浓度和时间 阅读提示:Methods: Ferroptosis detection |
| 衣康酸摄取实验 | 13C5衣康酸浓度(0–200 μM)、孵育时间(10分钟)、细胞数量(10^6) 阅读提示:Methods: Metabolites detection |
| ICB治疗实验 | anti-PD-L1剂量(100 μg/只)、给药频率(每3天)、起始时间(接种后第3天) 阅读提示:Methods: In vivo experiments |