体外细胞模型验证uORF对Ppp1r15a翻译的调控
验证Ppp1r15a uORF是否抑制下游CDS翻译,并探究uORF序列特征(长度、polyproline)对翻译效率的影响。
使用CRISPR/Cas9在HEK293T细胞中生成PPP1R15A uORF突变细胞系(无uORF、短uORF、长uORF、polyproline缺失等),通过Western blot、RT-qPCR和多聚核糖体分析检测PPP1R15A蛋白水平、mRNA水平和整体翻译活性。
Translation Rescue by Targeting Ppp1r15a through Its Upstream Open Reading Frame in Sepsis-Induced Acute Kidney Injury in a Murine Model
包含细胞系、敲入小鼠模型、体内寡核苷酸治疗和免疫肽组学等多层次证据,具备功能验证和机制验证。
HEK293T细胞 Ppp1r15a uORF敲入小鼠(C57BL/6J背景) 内毒素血症小鼠模型 盲肠结扎穿刺(CLP)小鼠模型
Ppp1r15a uORF敲除小鼠(uORF−/−)和野生型对照 LPS剂量:5 mg/kg,尾静脉注射 ASO给药时间:LPS后5或12小时,剂量10或20 mg/kg 血清肌酐水平检测时间:LPS后24小时 CLP模型中生存率监测
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证Ppp1r15a uORF是否抑制下游CDS翻译,并探究uORF序列特征(长度、polyproline)对翻译效率的影响。
使用CRISPR/Cas9在HEK293T细胞中生成PPP1R15A uORF突变细胞系(无uORF、短uORF、长uORF、polyproline缺失等),通过Western blot、RT-qPCR和多聚核糖体分析检测PPP1R15A蛋白水平、mRNA水平和整体翻译活性。
评估Ppp1r15a uORF缺失对小鼠内毒素血症诱导的肾损伤的影响。
构建Ppp1r15a uORF敲入小鼠(uORF−/−),给予LPS(5 mg/kg静脉注射)或CLP,通过检测血清肌酐水平、肾组织Ppp1r15a表达、翻译活性和生存率来评估肾功能和损伤程度。
开发一种可时空调控的uORF阻断策略(ASO),并验证其提高Ppp1r15a表达、改善内毒素血症小鼠肾功能的潜力。
设计针对Ppp1r15a uORF的2'-O-甲基修饰ASO,体外通过荧光素酶报告基因筛选有效ASO,体内通过尾静脉注射ASO(10或20 mg/kg),在LPS后5或12小时给药,24小时后检测Ppp1r15a蛋白水平、多聚核糖体分析和血清肌酐。
探究Ppp1r15a uORF缺失对MHC-I免疫肽组和磷酸化状态的全局影响。
使用免疫沉淀和质谱分析比较野生型和uORF−/−小鼠肾脏的MHC-I结合肽段,并分析磷酸化肽段比例,同时结合Ribo-seq数据构建自定义数据库。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 基因编辑 | Cas9 2NLS核酸酶 | Synthego | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Fisher | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Thermo Fisher | -- | |
| 药物处理 | 脂多糖(大肠杆菌血清型0111:B4) | MilliporeSigma | -- |
| 聚肌胞苷酸 | InvivoGen | -- | |
| 衣霉素 | Sigma | -- | |
| 毒胡萝卜素 | Sigma | -- | |
| 重组人IFN-γ蛋白 | R&D Systems | -- | |
| ISRIB | -- | -- | |
| 硼替佐米 | Sigma/Calbiochem | -- | |
| 普拉西坦 | Sigma | -- | |
| 黄芩素 | Sigma | -- | |
| 盐酸小檗碱 | Sigma | -- | |
| 分子克隆 | Q5高保真DNA聚合酶 | NEB | -- |
| Monarch PCR清洁试剂盒 | NEB | T1030 | |
| TopVision琼脂糖片 | Thermo Fisher | R2801 | |
| QIAQuick凝胶提取试剂盒 | Qiagen | 28706 | |
| Nucleobond Xtra Midi试剂盒 | Takara | 740410.50 | |
| GelGreen核酸染料 | Biotium | 41005 | |
| NEB 6×凝胶上样缓冲液 | NEB | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 2000 | Thermo Fisher | 11668027 |
| Lipofectamine RNAiMAX | Thermo Fisher | -- | |
| Opti-MEM培养基 | Thermo Fisher | -- | |
| 报告基因检测 | Bright Glo荧光素酶检测系统 | Promega | E2610 |
| CLARIOstar酶标仪 | BMG Labtech | -- | |
| 多聚核糖体分析 | Minilys组织匀浆器 | Bertin Instruments | -- |
| BioComp梯度制备仪 | BioComp Instruments | -- | |
| Biocomp收集器 | Biocomp Instruments | -- | |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液 | Thermo Fisher Pierce | -- |
| NuPAGE LDS样品缓冲液 | Thermo Fisher | -- | |
| NuPage 4%-12% Bis-Tris凝胶 | Thermo Fisher | -- | |
| 聚偏二氟乙烯膜 | -- | -- | |
| 抗PPP1R15A抗体 (10449-1-AP) | Proteintech | 10449-1-AP | |
| 磷酸化eIF2α抗体 (Ser51; PIPA537800) | Invitrogen | PIPA537800 | |
| eIF2α抗体 (9722) | Cell Signaling Technology | 9722 | |
| 组蛋白H3抗体 (9715) | Cell Signaling Technology | 9715 | |
| Alexa Fluor 680和790二抗 | Santa Cruz Biotechnology | -- | |
| 免疫组织化学 | Keyence BZ-X810荧光显微镜 | Keyence | -- |
| ImageJ插件IHC Toolbox | -- | -- | |
| 测序 | Illumina NovaSeq | Illumina | -- |
| NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- | |
| TRIzol试剂 | Thermo Fisher | -- | |
| Direct-zol RNA试剂盒 | Zymo Research | -- | |
| KAPA mRNA HyperPrep试剂盒 | Roche | KR1352 | |
| Qubit荧光计 | Thermo Fisher | -- | |
| Agilent Bioanalyzer | Agilent | -- | |
| RNase I | Thermo Fisher/Ambion | AM2294 | |
| SUPERase In抑制剂 | Thermo Fisher | AM2696 | |
| Turbo DNase | Thermo Fisher | AM2238 | |
| NEXTFLEX Small RNA-seq试剂盒版本3 | PerkinElmer | NOVA-5132-05 | |
| T4多核苷酸激酶 | NEB | M0201S | |
| Pippin HT系统 | Sage Science | -- | |
| Zymo RNA清洁与浓缩-5试剂盒 | Zymo | R1013 | |
| Zymo寡核苷酸清洁与浓缩器 | Zymo | D4060 | |
| Microspin S-400离心柱 | GE HealthCare | -- | |
| 免疫沉淀 | 抗PP1抗体 (E-9, sc-7482 AC) | Santa Cruz | -- |
| MagStrep-Tactin磁珠 | IBA-Lifesciences | 2-4090-002 | |
| Dynabeads MyOne链霉亲和素C1磁珠 | Thermo Fisher | 65001 | |
| Protein A+G琼脂糖 | Thermo Fisher/Pierce | 20421 | |
| Sulfo-SIAB交联剂 | Thermo Fisher | 22327 | |
| 质谱分析 | Orbitrap Exploris 480质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Eclipse Orbitrap质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| FAIMS pro接口 | Thermo Fisher | -- | |
| Easynano LC1200液相色谱 | Thermo Fisher | -- | |
| Aurora色谱柱 (AUR2-25075C18A) | Ionopticks | AUR2-25075C18A | |
| Waters Sep-Pak Vac C18小柱 | Waters | WAT054955 | |
| 单细胞ATAC测序 | 10x Chromium单细胞系统 | 10x Genomics | -- |
| Nuclei EZ裂解缓冲液 | Sigma | N-3408 | |
| Dounce匀浆器 | Kimble Chase | KT885300-0002 | |
| PCR | High-Capacity cDNA逆转录试剂盒 | Thermo Fisher/Applied Biosystems | 4368814 |
| SensiFAST SYBR Green No-ROXSYBRgreen | Bioline | BIO-94002 | |
| ViiA7实时PCR系统 | ABI | -- | |
| TRI Reagent | -- | -- | |
| Direct-zol RNA MiniPrep Plus试剂盒 | Zymo Research | R2070 | |
| 细菌转化 | One Shot Top10感受态细胞 | Invitrogen | C404003 |
| LB培养基 | -- | -- | |
| DNA提取 | Quick DNA Miniprep试剂盒 | Zymo Research | D3025 |
| 动物实验 | 异氟烷 | -- | -- |
| 生理盐水 | -- | -- | |
| 免疫肽组学 | Y-3杂交瘤细胞 (HB-176) | ATCC | -- |
| CELLine生物反应器培养瓶 | Wheaton | -- | |
| 杂交瘤无血清培养基 | Thermo Fisher | 12045076 | |
| Benzonase核酸酶 | EMD Millipore | 70746-4 | |
| cOmplete蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma | -- | |
| PhosStop磷酸酶抑制剂 | Roche | -- | |
| Halt蛋白酶抑制剂 | Pierce | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | 细胞系(HEK293T)、培养条件(DMEM+10% FBS)以及poly(I:C)浓度、处理时间;转染试剂(Lipofectamine 2000)用量;ASO浓度 阅读提示:Methods: Cells; Transformation of E. coli and Transfection of HEK293T Cells |
| 基因编辑 | sgRNA和ssODN序列;CRISPR/Cas9敲入效率;细胞克隆筛选方法 阅读提示:Methods: Generation of PPP1R15A uORF Mutant Cell Lines; 表1 |
| 动物模型 | 小鼠品系(C57BL/6J)、年龄(8-12周)、性别(雄性)、体重(24-32g);LPS剂量(5 mg/kg)和给药方式(尾静脉注射);CLP手术细节(盲肠结扎程度、穿刺次数) 阅读提示:Methods: Animals; Generation of Ppp1r15a uORF Mutant Mouse Model |
| 体内ASO治疗 | ASO序列、给药剂量(10或20 mg/kg)、给药时间(LPS后5或12小时)、给药途径(尾静脉注射) 阅读提示:Methods: Animals; 图4 |
| 功能检测 | 血清肌酐检测时间点(基线、24小时)和方法;生存率观察时间;多聚核糖体分析条件 阅读提示:Methods: Statistical Analysis; Results: Effects of Ppp1r15a uORF Modulation In Vivo; Figure 3G-H |