通过靶向其上游开放阅读框在脓毒症诱导的急性肾损伤小鼠模型中拯救翻译

Translation Rescue by Targeting Ppp1r15a through Its Upstream Open Reading Frame in Sepsis-Induced Acute Kidney Injury in a Murine Model

作者信息Ashley Kidwell, Shiv Pratap Singh Yadav, Bernhard Maier, Amy Zollman, Kevin Ni, Arvin Halim, Danielle Janosevic, Jered Myslinski, Farooq Syed, Lifan Zeng, Alain Bopda Waffo, Kimihiko Banno, Xiaoling Xuei, Emma H Doud, Pierre C Dagher, Takashi Hato
PMID36283811
发布时间2023-02-01
DOI10.1681/ASN.2022060644

实验完整度

包含细胞系、敲入小鼠模型、体内寡核苷酸治疗和免疫肽组学等多层次证据,具备功能验证和机制验证。

主要模型

HEK293T细胞 Ppp1r15a uORF敲入小鼠(C57BL/6J背景) 内毒素血症小鼠模型 盲肠结扎穿刺(CLP)小鼠模型

重点核对

Ppp1r15a uORF敲除小鼠(uORF−/−)和野生型对照 LPS剂量:5 mg/kg,尾静脉注射 ASO给药时间:LPS后5或12小时,剂量10或20 mg/kg 血清肌酐水平检测时间:LPS后24小时 CLP模型中生存率监测

摘要

意义声明:极端应激,如危及生命的脓毒症,触发整合应激反应并导致翻译关闭,这是晚期脓毒症诱导的肾损伤的标志。虽然短暂的翻译关闭可能具有细胞保护作用,但长时间的翻译抑制可产生负面后果,并已被证明有助于脓毒症诱导的肾衰竭。使用小鼠内毒素血症模型,作者表明,应激诱导的肾脏翻译关闭的持续时间可以通过过表达蛋白磷酸酶1调节亚基15A(Ppp1r15a,也称为GADD34)来缩短,这是翻译起始复合物的关键调节因子。他们通过遗传和寡核苷酸方法靶向其上游开放阅读框(uORF)实现了Ppp1r15a的过表达。通过其uORF改变Ppp1r15a表达以对抗翻译关闭,为脓毒症诱导的肾衰竭提供了潜在的治疗策略。背景:翻译关闭是晚期脓毒症诱导的肾损伤的标志。控制肾脏蛋白质合成的方法有限。逆转翻译关闭需要真核起始因子2(eIF2)亚基eIF2α的去磷酸化;这是由关键调节分子蛋白磷酸酶1调节亚基15A(Ppp1r15a)介导的,也称为GADD34。方法:为了研究小鼠内毒素血症模型中的肾脏蛋白质合成,并探讨通过增强Ppp1r15a蛋白表达来在体内控制翻译的可行性,我们结合了多种工具,包括核糖体分析(Ribo-seq)、蛋白质组学、多聚核糖体分析、反义寡核苷酸,以及新生成的Ppp1r15a敲入小鼠模型和多种突变细胞系。结果:我们报道,在已建立的脓毒症诱导的肾损伤中,翻译关闭是由过度的eIF2α磷酸化引起的,并由反向调节磷酸酶Ppp1r15a的表达减弱而维持。我们确定Ppp1r15a表达的减弱持续存在,因为存在上游开放阅读框(uORF)。通过遗传和反义寡核苷酸方法克服这一障碍,使得Ppp1r15a过表达,在内毒素血症模型中挽救了翻译并改善了肾功能。该uORF的缺失还对免疫肽组(与MHC相关的肽)的组成和磷酸化状态产生广泛影响,这些影响超出了eIF2α轴。结论:我们发现,在晚期脓毒症期间,由于uORF的存在,Ppp1r15a在翻译水平上被抑制,这是脓毒症晚期翻译策略性拯救的主要治疗靶点。在脓毒症期间精确控制翻译动态的能力可能为以密码子水平精度开发疗法提供新途径。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
脓毒症晚期肾脏持续翻译关闭的分子机制是什么,以及如何通过靶向Ppp1r15a uORF来逆转这一过程?
核心机制
脓毒症晚期肾脏Ppp1r15a表达不足,部分原因是其5'前导序列中uORF的存在,uORF阻碍了Ppp1r15a CDS的翻译,导致eIF2α磷酸化持续,翻译关闭持续。
主要证据
通过Ribo-seq、RNA-seq、多聚核糖体分析、CRISPR/Cas9突变细胞系和Ppp1r15a uORF敲入小鼠,证明消除uORF可增加Ppp1r15a蛋白表达并改善内毒素血症小鼠的肾功能;ASO靶向uORF也能提高Ppp1r15a表达并拯救翻译。
研究意义
该研究揭示uORF是脓毒症晚期翻译救援的治疗靶点,为基于uORF的疗法提供了概念验证,并强调了精确控制翻译动态在治疗脓毒症肾损伤中的潜力。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

体外细胞模型验证uORF对Ppp1r15a翻译的调控

验证Ppp1r15a uORF是否抑制下游CDS翻译,并探究uORF序列特征(长度、polyproline)对翻译效率的影响。

使用CRISPR/Cas9在HEK293T细胞中生成PPP1R15A uORF突变细胞系(无uORF、短uORF、长uORF、polyproline缺失等),通过Western blot、RT-qPCR和多聚核糖体分析检测PPP1R15A蛋白水平、mRNA水平和整体翻译活性。

2

体内动物模型验证uORF缺失对肾功能的影响

评估Ppp1r15a uORF缺失对小鼠内毒素血症诱导的肾损伤的影响。

构建Ppp1r15a uORF敲入小鼠(uORF−/−),给予LPS(5 mg/kg静脉注射)或CLP,通过检测血清肌酐水平、肾组织Ppp1r15a表达、翻译活性和生存率来评估肾功能和损伤程度。

3

开发ASO策略并验证其对翻译救援的效果

开发一种可时空调控的uORF阻断策略(ASO),并验证其提高Ppp1r15a表达、改善内毒素血症小鼠肾功能的潜力。

设计针对Ppp1r15a uORF的2'-O-甲基修饰ASO,体外通过荧光素酶报告基因筛选有效ASO,体内通过尾静脉注射ASO(10或20 mg/kg),在LPS后5或12小时给药,24小时后检测Ppp1r15a蛋白水平、多聚核糖体分析和血清肌酐。

4

免疫肽组学和磷酸化分析揭示uORF缺失的广泛影响

探究Ppp1r15a uORF缺失对MHC-I免疫肽组和磷酸化状态的全局影响。

使用免疫沉淀和质谱分析比较野生型和uORF−/−小鼠肾脏的MHC-I结合肽段,并分析磷酸化肽段比例,同时结合Ribo-seq数据构建自定义数据库。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Cas9 2NLS核酸酶Synthego--
DMEM培养基Thermo Fisher--
胎牛血清----
青霉素-链霉素Thermo Fisher--
脂多糖(大肠杆菌血清型0111:B4)MilliporeSigma--
聚肌胞苷酸InvivoGen--
衣霉素Sigma--
毒胡萝卜素Sigma--
重组人IFN-γ蛋白R&D Systems--
ISRIB----
硼替佐米Sigma/Calbiochem--
普拉西坦Sigma--
黄芩素Sigma--
盐酸小檗碱Sigma--
Q5高保真DNA聚合酶NEB--
Monarch PCR清洁试剂盒NEBT1030
TopVision琼脂糖片Thermo FisherR2801
QIAQuick凝胶提取试剂盒Qiagen28706
Nucleobond Xtra Midi试剂盒Takara740410.50
GelGreen核酸染料Biotium41005
NEB 6×凝胶上样缓冲液NEB--
Lipofectamine 2000Thermo Fisher11668027
Lipofectamine RNAiMAXThermo Fisher--
Opti-MEM培养基Thermo Fisher--
Bright Glo荧光素酶检测系统PromegaE2610
CLARIOstar酶标仪BMG Labtech--
Minilys组织匀浆器Bertin Instruments--
BioComp梯度制备仪BioComp Instruments--
Biocomp收集器Biocomp Instruments--
RIPA裂解液Thermo Fisher Pierce--
NuPAGE LDS样品缓冲液Thermo Fisher--
NuPage 4%-12% Bis-Tris凝胶Thermo Fisher--
聚偏二氟乙烯膜----
抗PPP1R15A抗体 (10449-1-AP)Proteintech10449-1-AP
磷酸化eIF2α抗体 (Ser51; PIPA537800)InvitrogenPIPA537800
eIF2α抗体 (9722)Cell Signaling Technology9722
组蛋白H3抗体 (9715)Cell Signaling Technology9715
Alexa Fluor 680和790二抗Santa Cruz Biotechnology--
Keyence BZ-X810荧光显微镜Keyence--
ImageJ插件IHC Toolbox----
Illumina NovaSeqIllumina--
NovaSeq 6000测序仪Illumina--
TRIzol试剂Thermo Fisher--
Direct-zol RNA试剂盒Zymo Research--
KAPA mRNA HyperPrep试剂盒RocheKR1352
Qubit荧光计Thermo Fisher--
Agilent BioanalyzerAgilent--
RNase IThermo Fisher/AmbionAM2294
SUPERase In抑制剂Thermo FisherAM2696
Turbo DNaseThermo FisherAM2238
NEXTFLEX Small RNA-seq试剂盒版本3PerkinElmerNOVA-5132-05
T4多核苷酸激酶NEBM0201S
Pippin HT系统Sage Science--
Zymo RNA清洁与浓缩-5试剂盒ZymoR1013
Zymo寡核苷酸清洁与浓缩器ZymoD4060
Microspin S-400离心柱GE HealthCare--
抗PP1抗体 (E-9, sc-7482 AC)Santa Cruz--
MagStrep-Tactin磁珠IBA-Lifesciences2-4090-002
Dynabeads MyOne链霉亲和素C1磁珠Thermo Fisher65001
Protein A+G琼脂糖Thermo Fisher/Pierce20421
Sulfo-SIAB交联剂Thermo Fisher22327
Orbitrap Exploris 480质谱仪Thermo Fisher Scientific--
Eclipse Orbitrap质谱仪Thermo Fisher Scientific--
FAIMS pro接口Thermo Fisher--
Easynano LC1200液相色谱Thermo Fisher--
Aurora色谱柱 (AUR2-25075C18A)IonopticksAUR2-25075C18A
Waters Sep-Pak Vac C18小柱WatersWAT054955
10x Chromium单细胞系统10x Genomics--
Nuclei EZ裂解缓冲液SigmaN-3408
Dounce匀浆器Kimble ChaseKT885300-0002
High-Capacity cDNA逆转录试剂盒Thermo Fisher/Applied Biosystems4368814
SensiFAST SYBR Green No-ROXSYBRgreenBiolineBIO-94002
ViiA7实时PCR系统ABI--
TRI Reagent----
Direct-zol RNA MiniPrep Plus试剂盒Zymo ResearchR2070
One Shot Top10感受态细胞InvitrogenC404003
LB培养基----
Quick DNA Miniprep试剂盒Zymo ResearchD3025
异氟烷----
生理盐水----
Y-3杂交瘤细胞 (HB-176)ATCC--
CELLine生物反应器培养瓶Wheaton--
杂交瘤无血清培养基Thermo Fisher12045076
Benzonase核酸酶EMD Millipore70746-4
cOmplete蛋白酶抑制剂混合物Sigma--
PhosStop磷酸酶抑制剂Roche--
Halt蛋白酶抑制剂Pierce--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞培养与处理
细胞系(HEK293T)、培养条件(DMEM+10% FBS)以及poly(I:C)浓度、处理时间;转染试剂(Lipofectamine 2000)用量;ASO浓度
阅读提示:Methods: Cells; Transformation of E. coli and Transfection of HEK293T Cells
基因编辑
sgRNA和ssODN序列;CRISPR/Cas9敲入效率;细胞克隆筛选方法
阅读提示:Methods: Generation of PPP1R15A uORF Mutant Cell Lines; 表1
动物模型
小鼠品系(C57BL/6J)、年龄(8-12周)、性别(雄性)、体重(24-32g);LPS剂量(5 mg/kg)和给药方式(尾静脉注射);CLP手术细节(盲肠结扎程度、穿刺次数)
阅读提示:Methods: Animals; Generation of Ppp1r15a uORF Mutant Mouse Model
体内ASO治疗
ASO序列、给药剂量(10或20 mg/kg)、给药时间(LPS后5或12小时)、给药途径(尾静脉注射)
阅读提示:Methods: Animals; 图4
功能检测
血清肌酐检测时间点(基线、24小时)和方法;生存率观察时间;多聚核糖体分析条件
阅读提示:Methods: Statistical Analysis; Results: Effects of Ppp1r15a uORF Modulation In Vivo; Figure 3G-H