TET2缺失与NRAS突变通过协同表观遗传重塑驱动髓系转化及MEK抑制剂敏感性

Cooperative Epigenetic Remodeling by TET2 Loss and NRAS Mutation Drives Myeloid Transformation and MEK Inhibitor Sensitivity.

作者信息Hiroyoshi Kunimoto, Cem Meydan, Abbas Nazir, Justin Whitfield, Kaitlyn Shank, Franck Rapaport, Rebecca Maher, Elodie Pronier, Sara C Meyer, Francine E Garrett-Bakelman, Martin Tallman, Ari Melnick, Ross L Levine, Alan H Shih
PMID29275866
发布时间2018-01
DOI10.1016/j.ccell.2017.11.012

实验完整度

高

包含条件敲入小鼠模型、连续移植、体外细胞系敲低、患者原代样本及Spry2回补功能验证等多层级证据

主要模型

Mx1-Cre;Tet2f/f;NrasG12D小鼠(Tet2−/−NrasG12D) NrasG12D单突变小鼠及Tet2−/−单突变小鼠 人AML细胞系THP-1、OCI-AML3、MOLM13 NRASG12D突变MDS及TET2/NRAS双突变AML患者骨髓样本

重点核对

Mx1-Cre;Tet2f/f与Mx1-Cre;NrasG12D小鼠杂交,PIPC注射诱导基因重组,至少3个月后用于实验 连续移植:2×10^6供体脾细胞混合1×10^6竞争骨髓细胞尾静脉注射至致死照射CD45.1宿主 Binimetinib 20 mg/kg BID口服灌胃;selumetinib 25 mg/kg QD;PD-0325901 5 mg/kg QD;5-Aza 5 mg/kg IP每日 体外集落形成实验:10,000细胞/孔,GM-CSF或IL-3浓度0、0.1、1、10 ng/mL,第7天计数 细胞活力实验:脾Mac1+细胞3×10^4细胞/孔,binimetinib系列浓度处理48或72小时,CellTiter Glo检测ATP

摘要

表观遗传修饰因子与信号因子的突变在髓系恶性肿瘤中常共发生,包括TET2与NRAS突变。造血细胞中同时发生的Tet2缺失与NrasG12D表达诱导了髓系转化,导致完全外显、致死的慢性粒单核细胞白血病(CMML),且可连续移植。Tet2缺失与Nras突变协同导致MAPK激活的负调控因子(包括Spry2)减少,从而通过表观遗传沉默引起MAPK信号的协同激活。Tet2/Nras双突变白血病在小鼠模型与患者样本中均表现出对MAPK激酶(MEK)抑制的优先敏感性。这些数据为表观遗传与信号突变如何在髓系转化中协同作用提供了见解,并为具有这些高风险遗传损伤的CMML患者的机制靶向治疗提供了依据。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
TET2缺失与NRAS突变在造血干/祖细胞中是否协同驱动髓系转化,以及这种协同是否影响对MEK抑制的敏感性。
核心机制
Tet2缺失与NrasG12D协同抑制MAPK负调控因子(包括Spry2)的转录,Spry2启动子超甲基化导致其表观遗传沉默,从而协同激活Ras-MAPK信号。
主要证据
Tet2−/−NrasG12D小鼠发生完全外显的致死性CMML并可连续移植;双突变细胞pErk1/2、pAkt升高且Spry2表达降低、启动子超甲基化;回补Spry2抑制信号与白血病起始能力;双突变白血病在体外和体内对MEK抑制优先敏感。
研究意义
为表观遗传与信号突变在髓系转化中的协同机制提供见解,并提示TET2突变可作为预测MAPK靶向治疗反应的生物标志物,为TET2/NRAS双突变CMML患者的机制靶向治疗提供依据。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

建立Tet2/Nras双突变小鼠模型

验证Tet2缺失与NrasG12D在造血细胞中是否协同诱导髓系转化。

将Mx1-Cre;Tet2f/f与Mx1-Cre;NrasG12D小鼠杂交生成Tet2−/−NrasG12D小鼠,PIPC注射诱导基因重组,观察生存、血常规、流式免疫表型及组织病理。

2

移植实验验证白血病可传播性与干细胞功能

验证双突变细胞能否在受体内传播CMML并增强干细胞竞争能力。

将供体脾细胞或骨髓LSK细胞移植至致死或亚致死照射受体,进行原代、二次移植及竞争性重建实验,监测生存、脾重、供体来源细胞嵌合及病理。

3

检测Ras信号激活与GM-CSF超敏反应

探究双突变是否协同增强Ras-MAPK信号及对GM-CSF的反应。

磁珠分选Mac1+细胞,Western blot检测pErk1/2、pAkt等,磷酸化流式检测pErk、pAkt、pS6,免疫荧光检测肝组织pErk1/2,GM-CSF刺激后检测信号及甲基纤维素集落形成。

4

验证Spry2等MAPK负调控因子的表观遗传沉默

明确Tet2缺失是否通过抑制MAPK负调控因子(尤其Spry2)增强Ras信号。

RT-qPCR检测Dusp/Spry家族mRNA,Western blot检测Spry2蛋白,亚硫酸氢盐测序检测Spry2启动子CpG岛甲基化。

5

Spry2回补与敲低的功能验证

验证Spry2沉默对双突变细胞信号、自我更新和白血病起始能力的功能贡献。

在Tet2−/−NrasG12D骨髓细胞中过表达Spry2或对照,检测蛋白、连续再铺板、信号及移植后供体细胞植入;在NrasG12D细胞中敲低Spry2,检测信号与再铺板能力。

6

评估MEK抑制剂体内外疗效及优先敏感性

验证Tet2/Nras双突变白血病对MEK抑制是否优先敏感。

体外用binimetinib处理双突变与单突变细胞检测活力与IC50;体内用binimetinib、selumetinib、PD-0325901治疗移植白血病小鼠,检测生存、脾重、病理、白血病负荷及血常规。

7

人细胞系与患者样本验证TET2/NRAS协同敏感性

在人白血病背景下验证TET2失活与NRAS突变协同增强MEK抑制敏感性。

在THP-1、OCI-AML3、MOLM13细胞中敲低TET2,检测信号、分化、生长、凋亡与细胞周期;用患者骨髓单个核细胞进行集落形成实验检测binimetinib敏感性。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
FITC抗小鼠CD11b抗体BioLegend101205
PE抗小鼠Gr-1抗体BioLegend108407
PE抗小鼠CD71抗体BioLegend113807
APC抗小鼠Ter119抗体BioLegend116211
PE抗小鼠CD117/cKit抗体BioLegend105807
PE/Cy7抗小鼠Sca-1抗体BioLegend108113
PE抗小鼠CD150抗体eBioscience12-1502-82
PerCP/Cy5.5抗小鼠CD48抗体BioLegend103421
eFluor 450抗小鼠CD16/32抗体eBioscience48-0161-82
eFluor 450抗小鼠CD45.1抗体eBioscience48-0453-82
PE/Cy7抗小鼠CD45.2抗体BioLegend109829
APC/Cy7抗小鼠CD45.2抗体BioLegend109823
PerCP/Cy5.5抗人CD14抗体eBioscience45-0149-42
APC抗人CD14抗体eBioscience17-0149-42
PE抗人CD15抗体BD Biosciences555402
兔抗小鼠Ki-67抗体Abcamab16667
兔抗小鼠/人pRaf1抗体Cell Signaling9427S
兔抗小鼠/人Raf1抗体Cell Signaling9422S
兔抗小鼠/人pMek抗体Cell Signaling9121S
兔抗小鼠/人Mek抗体Cell Signaling8727S
兔抗小鼠/人pErk1/2抗体Cell Signaling4370S
兔抗小鼠/人Erk1/2抗体Cell Signaling9102S
兔抗小鼠/人pAkt抗体Cell Signaling4060S
兔抗小鼠/人Akt抗体Cell Signaling4691S
兔抗小鼠/人pS6抗体Cell Signaling2211S
兔抗小鼠/人S6抗体Cell Signaling2217S
兔抗小鼠/人Spry2抗体Cell Signaling13264
兔抗小鼠/人Vinculin抗体Cell Signaling4650S
兔抗小鼠CD11b(Mac1)抗体Abcamab133357
别藻蓝蛋白AffiniPure F(ab’)2片段驴抗兔IgG (H+L)Jackson ImmunoResearch711-136-152
山羊抗兔IgG与Alexa Fluor 488酪胺InvitrogenT20922
山羊抗小鼠IgG与Alexa Fluor 568酪胺InvitrogenT20914
BinimetinibChemieTekCT-A162
SelumetinibChemieTekCT-A6244
PD-0325901ChemieTekCT-PD03
5-阿扎胞苷SigmaA2385
MethoCult GF M3434甲基纤维素培养基StemCell Technologies03434
MethoCult M3231甲基纤维素培养基StemCell Technologies03231
MethoCult H4230甲基纤维素培养基StemCell Technologies04230
重组小鼠GM-CSFPeprotech315-03
重组小鼠IL-3Peprotech213-13
重组小鼠SCFPeprotech250-03
重组人GM-CSFPeprotech300-03
重组人IL-6Peprotech200-06
固定/透化溶液试剂盒BD Biosciences554714
PE小鼠抗Ki-67抗体套装BD Biosciences556027
FIX & PERM细胞透化试剂盒InvitrogenGAS004
PE Annexin V凋亡检测试剂盒IBD Biosciences559763
EasySep小鼠PE阳性选择试剂盒StemCell Technologies18554
活性Ras Pull-Down与检测试剂盒Fisher16117
RNeasy Mini试剂盒Qiagen74104
RNeasy Micro试剂盒Qiagen74004
Verso cDNA合成试剂盒FisherAB1453A
AllPrep DNA/RNA Micro试剂盒Qiagen80284
EZ DNA甲基化试剂盒Zymo ResearchD5001
TOPO TA测序克隆试剂盒Invitrogen450071
CellTiter-Glo发光法细胞活力检测PromegaG7571
VeriQuest Fast SYBR Green qPCR预混液Affymetrix75675
聚凝胺American BioAB01643
聚肌苷酸-聚胞苷酸Amersham27-4732-01

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
小鼠模型建立与基因重组
小鼠品系背景(C57BL/6)、PIPC注射周龄(4–6周)、重组确认时间(注射后2周)、实验起始时间(至少3个月后)及性别
阅读提示:STAR Methods中Transgenic Animals小节
骨髓移植与连续移植
供体细胞类型与数量、竞争细胞数量、照射剂量(2×550 Rad或600 rads或450 rads)、受体品系与周龄、移植途径及二次移植时间点
阅读提示:STAR Methods中Bone Marrow Transplantation小节
MEK抑制剂体内治疗
药物剂量(binimetinib 20 mg/kg BID;selumetinib 25 mg/kg QD;PD-0325901 5 mg/kg QD)、给药途径(口服灌胃)、载体组成、治疗起始时间与持续时间
阅读提示:STAR Methods中In Vivo Treatment Studies小节及图5、图6、图S5图注
体外集落形成与细胞活力检测
细胞接种密度(10,000细胞/孔或3×10^4细胞/孔)、细胞因子浓度(GM-CSF或IL-3 0、0.1、1、10 ng/mL)、药物浓度范围、培养天数(7天或14天)、检测方法(ATP或计数)及重复数(三复孔)
阅读提示:STAR Methods中In Vitro Colony Forming Assays与Cell Viability Assay小节
Spry2回补与敲低功能实验
载体系统(MIGR1-GFP或pMSCV.miRE.LEPG)、shRNA序列、转导方法、GFP+分选、移植细胞数量及宿主照射条件
阅读提示:STAR Methods中Vector Construction and Viral Transduction小节及图4图注