体外细胞培养与药物处理
评估褪黑素对ESCC细胞增殖的影响并确定剂量效应。
在ESCC细胞系(EC109、EC9706、KYSE150、TE-1)和HEK-293T细胞中,用不同浓度褪黑素(0、1、2、4 mmol/L)处理48小时,随后进行细胞增殖检测。
Melatonin inhibits ESCC tumor growth by mitigating the HDAC7/β-catenin/c-Myc positive feedback loop and suppressing the USP10-maintained HDAC7 protein stability
包含体外细胞增殖实验、RNA-seq、qPCR、Western blotting、co-IP、质粒转染、慢病毒介导的敲低/过表达、体内裸鼠异种移植、组织微阵列IHC和生存分析等多个独立证据层级,并进行机制验证。
ESCC细胞系(EC109、EC9706、KYSE150、TE-1) HEK-293T细胞 裸鼠异种移植模型 ESCC患者组织样本与组织微阵列
褪黑素处理浓度(0、1、2、4 mmol/L)及处理时间(48 h) EC109和EC9706细胞系,用于体外和体内实验 HDAC7、c-Myc、USP10的过表达或敲低慢病毒 体内实验中裸鼠品系(BALB/c athymic nude mice)、细胞接种量(7×106)和实验分组(n=5) IHC染色评估的ESCC患者队列特征(148例,pT1-4N0-3M0)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估褪黑素对ESCC细胞增殖的影响并确定剂量效应。
在ESCC细胞系(EC109、EC9706、KYSE150、TE-1)和HEK-293T细胞中,用不同浓度褪黑素(0、1、2、4 mmol/L)处理48小时,随后进行细胞增殖检测。
验证褪黑素对ESCC细胞集落形成和DNA合成能力的影响。
通过集落形成实验和EdU掺入实验检测褪黑素处理后的细胞增殖能力。
筛选褪黑素处理后的差异表达基因,聚焦HDAC家族。
对褪黑素处理的EC109细胞进行RNA-seq分析,并使用qPCR和Western blotting验证HDAC7以及c-Myc、p21、p27的表达变化。
验证HDAC7和USP10对体内ESCC肿瘤生长的影响。
将稳定过表达HDAC7的EC109细胞或敲低USP10的EC109细胞皮下注射至裸鼠,观察肿瘤生长并称重。
阐明HDAC7/β-catenin/c-Myc正反馈回路及USP10对HDAC7的稳定化机制。
通过co-IP验证HDAC7与β-catenin的相互作用,检测β-catenin乙酰化(Lys49)和磷酸化(Ser675)水平,分析β-catenin的核转位,并筛选与HDAC7相互作用的USP10,检测USP10对HDAC7泛素化和稳定性的影响。
评估HDAC7、c-Myc和USP10在ESCC患者中的表达及其预后价值。
使用ESCC组织微阵列进行IHC染色,结合随访数据进行Kaplan-Meier生存分析和Cox回归分析,并分析各蛋白表达的相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 (C11995500) | Gibco | C11995500 |
| 胎牛血清 (04-001-1A) | Biological Industries | 04-001-1A | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Solarbio | P1400 | |
| 药物处理 | 褪黑素 | Cayman Chemical Company | #14427 |
| 伏立诺他 | MedChemExpress | HY-10221 | |
| Lf3 | MedChemExpress | HY-101486 | |
| 10058-F4 | MedChemExpress | HY-12702 | |
| 集落形成实验 | 结晶紫 (C8470) | Solarbio | C8470 |
| EdU掺入实验 | BeyoClick™ EdU-555荧光染色检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| FV1000共聚焦显微镜 | Olympus | -- | |
| RNA-seq | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| Illumina HiSeqTM 2500测序平台 | Illumina | -- | |
| Western blotting | 辣根过氧化物酶标记的抗IgG | Zhongshan Company | -- |
| IHC染色 | 抗HDAC7抗体 (#33418) | CST | #33418 |
| 抗c-Myc抗体 (GB13076) | Servicebio | GB13076 | |
| 抗USP10抗体 (bs-9267R) | Bioss | bs-9267R | |
| 质粒转染 | 聚乙烯亚胺 | Polysciences | -- |
| Opti-MEM培养基 | Gibco | -- | |
| 免疫共沉淀 | 抗Flag琼脂糖凝胶 (A-2220) | Sigma | A-2220 |
| PuroProteome蛋白G磁珠 (LSKMAGG02) | Millipore | LSKMAGG02 | |
| 细胞分级分离 | 核-胞质蛋白分离试剂盒 (P0027) | Beyotime | P0027 |
| 统计分析 | SPSS 23.0统计软件 | SPSS Inc. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体外细胞培养与处理 | 细胞系来源(Hunan Fenghui Biotechnology Co., Ltd.),培养基(DMEM high glucose,10% FBS,1%青霉素-链霉素),褪黑素处理浓度(0-4 mmol/L)和处理时间(48h) 阅读提示:Methods: Cell culture and cell treatment |
| 体外功能实验 | 细胞接种密度(800 cells/well in 6-well plate),集落形成时间(约12天),EdU检测试剂盒(BeyoClick™ EdU-555)和显微镜(FV1000 confocal) 阅读提示:Methods: Colony formation assay; EdU incorporation assay |
| 体内异种移植 | 小鼠品系(BALB/c athymic nude mice,6-8周龄,雄性),细胞接种数(7×106 cells),分组(n=5),观察时间(21-27天) 阅读提示:Methods: In vivo tumor xenograft assays |
| 分子机制实验 | IP抗体、Flag琼脂糖凝胶(A-2220)、Protein G磁珠(LSKMAGG02),USP10截短突变体(1-99, 100-399, 400-700, 400-798 aa),MG132处理(10 μmol/L)和CHX实验 阅读提示:Methods: Immunoprecipitation; Results: USP10 deubiquitinates and stabilizes HDAC7 protein in ESCC cells |
| 临床样本分析 | 患者纳入标准(pT1-4N0-3M0,18-80岁,PS≤1),样本数量(148对),IHC评价标准,随访截止日期(2020年8月) 阅读提示:Methods: ESCC patient samples and tissue microarray; IHC staining; Figure 2, 3, 7 legends |