建立UBXN9与RLR信号的功能关联
验证UBXN9是否调控RLR介导的IFN-β应答。
在C2C12细胞中敲除Ubxn9,用3p-hpRNA或poly(I:C)刺激,检测Ifnb1 mRNA、IFN-β分泌和IRF3磷酸化;在GLUT4阴性的BMDM和A549细胞中验证UBXN9效应。
UBXN9 governs GLUT4-mediated spatial confinement of RIG-I-like receptors and signaling.
包含C2C12、iPSC-CMs、3T3-L1等多种体外模型,Ubxn9和Slc2a4敲除小鼠体内模型,以及患者RNA-seq数据,并进行了功能与机制验证。
C2C12小鼠成肌细胞 人iPSC来源心肌细胞 3T3-L1脂肪细胞 Ubxn9和Slc2a4基因敲除小鼠
Ubxn9−/−和Slc2a4−/− C2C12细胞中3p-hpRNA或poly(I:C)刺激后Ifnb1 mRNA和IFN-β蛋白水平 EMCV感染后病毒滴度、病毒RNA载量及小鼠生存曲线 GLUT4与RIG-I共免疫沉淀及质膜组分中共定位 GLUT4缺失或UBXN9缺失对RIG-I-MAVS结合和MAVS寡聚化的影响 患者肌肉RNA-seq中SLC2A4表达与ISGs的相关性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证UBXN9是否调控RLR介导的IFN-β应答。
在C2C12细胞中敲除Ubxn9,用3p-hpRNA或poly(I:C)刺激,检测Ifnb1 mRNA、IFN-β分泌和IRF3磷酸化;在GLUT4阴性的BMDM和A549细胞中验证UBXN9效应。
确定GLUT4是否独立于UBXN9影响RLR信号。
在C2C12中敲除Slc2a4,在hiPSC-CMs中敲低SLC2A4,用3p-hpRNA、poly(I:C)或病毒感染,检测IFN-β应答和病毒复制。
检验GLUT4对RLR的抑制是否依赖其葡萄糖转运功能或乳酸积累。
检测Ubxn9−/−小鼠血糖和乳酸水平、细胞2-DG摄取;在Ldha+/+和Ldha−/−细胞中过表达GLUT4或敲低Ubxn9;使用葡萄糖转运抑制剂fasentin。
确定GLUT4是否通过直接结合将RLR隔离在质膜。
用胰岛素或3p-hpRNA促进GLUT4转位,进行质膜分离、共免疫沉淀和共定位成像;构建GLUT4缺失突变体和RLR结构域突变体进行结合实验。
评估UBXN9缺失对小鼠抗病毒免疫和病毒复制的影响。
用EMCV或ONNV感染Ubxn9+/+和Ubxn9−/−小鼠,监测生存率、病毒载量和IFN-β水平。
探究GLUT4表达降低是否与人类炎性肌病干扰素签名相关。
分析CIM和DM患者骨骼肌RNA-seq数据,比较SLC2A4表达与ISGs的相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 基因敲除小鼠诱导 | 他莫昔芬 | -- | -- |
| 基因分型 | Choice Taq Blue Mastermix | Denville Scientific | CB4065-8 |
| 细胞培养 | 基质胶 | Corning | 354234 |
| II型胶原酶 | Gibco | 17101015 | |
| 转染 | TransIT-X2动态递送系统 | Mirus Bio | MIR6005 |
| RLR刺激 | 5'三磷酸发夹RNA | InvivoGen | tlrl-hprna |
| 高分子量聚肌苷酸-聚胞苷酸 | InvivoGen | tlrl-pic | |
| IFN-β检测 | LumiKine Xpress小鼠IFN-β 2.0 ELISA检测试剂盒 | InvivoGen | luex-mifnbv2 |
| 免疫印迹 | Pierce抗Myc磁珠 | Thermo Fisher Scientific | 88842 |
| 抗FLAG M2磁珠 | Sigma-Aldrich | M8823 | |
| 免疫荧光 | CellBrite Fix 555质膜染料 | Biotium | 30088-T |
| Hoechst 33342 | Thermo Fisher Scientific | 62249 | |
| DAPI | Thermo Fisher Scientific | D1306 | |
| 葡萄糖摄取检测 | 2-NBDG | Cayman Chemical | 600470 |
| 乳酸检测 | Lactate-Glo检测试剂盒 | Promega | J5021 |
| 病毒滴度检测 | SeaPlaque琼脂糖 | Lonza | 50100 |
| 葡萄糖摄取抑制 | fasentin | R&D Systems | 6100/10 |
| 免疫印迹 | NativePAGE凝胶 | Invitrogen | BN1004BOX |
| 免疫荧光 | 外表面GLUT4抗体(克隆LM048) | Integral Molecular | -- |
| 免疫印迹 | 抗GLUT4抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-23052 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| RLR刺激与IFN-β检测 | 3p-hpRNA或poly(I:C)的转染浓度和刺激时间(图中标为12 h或6 h) 阅读提示:Methods“Ligand treatments”及图1、2、3图注 |
| 病毒感染 | EMCV或VSV的MOI(0.1、0.5或1)和感染时间(12–48 h) 阅读提示:Methods“Cell culture and viruses”及各图图注 |
| 小鼠感染与生存分析 | EMCV接种剂量(100 PFU/只用于生存,1,000 PFU/只用于IFN-β检测)和给药途径(腹腔注射) 阅读提示:Methods“Mouse infection and disease monitoring”及图1h–l图注 |
| GLUT4转位诱导 | 胰岛素浓度(200 nM)和处理时间(10–20 min) 阅读提示:图4a、b及Extended Data Fig. 6图注 |
| 质膜分离与共免疫沉淀 | 质膜分离的离心条件及共免疫沉淀裂解缓冲液(2% DDM或1% Triton X-100) 阅读提示:Methods“Plasma membrane fractionation”和“Co-immunoprecipitation” |