体外膜表面蛋白共组装观察
验证Eps15和Fcho1/2能否在膜表面共组装形成蛋白富集域
将荧光标记的Eps15和Fcho1/2加入含PtdIns(4,5)P2的GUVs或脂质多层膜,观察蛋白分布及动态
Liquid-like protein interactions catalyse assembly of endocytic vesicles.
体外纯化蛋白液滴与膜组装、光控细胞功能验证及FRAP动力学分析,多层级证据且含功能验证
纯化Eps15与Fcho1/2蛋白液滴 GUV及脂质多层膜 SUM159 Eps15敲除细胞表达Eps15-Cry2
Eps15-Cry2在SUM159 Eps15敲除细胞中的表达及蓝光强度(0、10、50 μW) GUVs中500 nM Fcho1与Eps15的共组装及蛋白富集域判定阈值 溶液液滴实验总蛋白浓度7 μM及Fcho1:Eps15比例(1:70、1:34) FRAP测量液滴与细胞内结构的t1/2及可动分数 内吞结构寿命分类:短寿命<20 s、生产性20-180 s、长寿命>180 s
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证Eps15和Fcho1/2能否在膜表面共组装形成蛋白富集域
将荧光标记的Eps15和Fcho1/2加入含PtdIns(4,5)P2的GUVs或脂质多层膜,观察蛋白分布及动态
确定Eps15哪些结构域和多价相互作用是组装所必需的
使用缺失EH、CC、CTD或DPF突变的Eps15变体,与Fcho1在GUVs上共组装,观察蛋白富集域形成
研究Eps15/Fcho1组装的熱力学性质及液体样特征
在含3% PEG的缓冲液中形成蛋白液滴,观察融合、FRAP恢复,并绘制温度-浓度相图
验证光诱导Eps15组装能否形成液体样液滴并招募Fcho1
将Eps15-Cry2与野生型Eps15及Fcho1混合,蓝光照射后观察液滴形成、融合和FRAP
探究启动蛋白组装强度对活细胞内吞结构寿命的影响
在SUM159 Eps15敲除细胞中表达Eps15-Cry2-mCherry,给予无、低、强蓝光,通过TIRF追踪AP-2 σ2-HaloTag标记的内吞结构寿命
检测不同组装强度下Eps15和AP-2在内吞结构中的分子交换速率
对细胞中Eps15-mCherry或Eps15-Cry2-mCherry及AP-2-HaloTag:JF646进行光漂白后恢复测量
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 蛋白纯化 | 镍-次氮基三乙酸琼脂糖 | Qiagen | 30230 |
| Superose 6柱 | -- | -- | |
| Amicon Ultra-15 Ultracell-30K离心过滤单元 | MilliporeSigma | -- | |
| 谷胱甘肽琼脂糖4B | GE Healthcare | -- | |
| Zeba旋转脱盐柱 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 还原型谷胱甘肽 | Sigma-Aldrich | G4251 | |
| 凝血酶 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 人鼻病毒3C蛋白酶 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 蛋白标记 | Atto 594 NHS酯 | Sigma-Aldrich | -- |
| CF488a NHS酯 | Sigma-Aldrich | -- | |
| Princeton CentriSpin-20尺寸排阻旋转柱 | Princeton Separations | -- | |
| GUV制备 | 二油酰磷脂酰胆碱 | Avanti Polar Lipids | -- |
| 二油酰磷脂酰丝氨酸 | Avanti Polar Lipids | -- | |
| 磷脂酰肌醇4,5-二磷酸 | Avanti Polar Lipids | -- | |
| 二棕榈酰-十聚乙二醇-生物素 | Darryl Sasaki | -- | |
| 德克萨斯红-DHPE | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 中性亲和素 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞培养 | Fugene HD转染试剂 | Promega | -- |
| 氢化可的松 | Sigma-Aldrich | H4001 | |
| 胰岛素 | Sigma-Aldrich | I6634 | |
| Janelia Fluor 646-HaloTag配体 | Luke Lavis | -- | |
| Western blot | 抗Eps15(D3K8R)兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 12460 |
| 抗EPS15R兔单克隆抗体 | Abcam | ab53006 | |
| 抗GAPDH小鼠单克隆抗体 | Invitrogen | AM4300 | |
| 抗兔IgG HRP连接抗体 | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| 抗小鼠IgG HRP连接抗体 | Cell Signaling Technology | 7076 | |
| SuperSignal West Pico试剂盒 | Thermo | -- | |
| 基因敲低 | 针对人Eps15L1的MISSION esiRNA | Sigma-Aldrich | EHU036601 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| GUVs蛋白共组装 | 蛋白浓度500 nM;GUVs脂质组成79% DOPC、15% DOPS、5% PtdIns(4,5)P2、1% DPEG10-biotin;室温22°C;蛋白富集域判定标准(信号差异≥2倍且亮区覆盖≥10%表面) 阅读提示:Methods 'GUV Preparation'及Figure 1图注 |
| 溶液液滴组装 | 总蛋白浓度7 μM;Fcho1:Eps15比例1:70或1:34;缓冲液pH 7.5、150 mM NaCl、3% PEG8000;温度梯度 阅读提示:Methods 'Protein Droplets'及Figure 3图注 |
| 光控Eps15-Cry2细胞实验 | SUM159 AP-2 σ2-HaloTag/Eps15Δ细胞;Eps15-Cry2-mCherry或Eps15-mCherry表达;蓝光强度0、10、50 μW,每3 s照射500 ms;成像温度37°C 阅读提示:Methods 'Fluorescence Microscopy'及Figure 6图注 |
| 内吞结构寿命分析 | 寿命分类阈值:短寿命<20 s、生产性20-180 s、长寿命>180 s;cmeAnalysis追踪参数;样本量(细胞样本数和pit数) 阅读提示:Methods 'Image Analysis'及Figure 6图注 |
| FRAP分析 | 漂白区域覆盖整个凝聚体或内吞结构;分析ROI为结构中心5x5像素;t1/2和可动分数计算 阅读提示:Methods 'Image Analysis'及Figure 2、3、4、6图注 |