FAO通路不同酶节点对铁死亡敏感性的筛选
确定FAO通路中哪些酶节点抑制能增强肿瘤细胞对铁死亡的敏感性。
在B16F0细胞中分别敲低Cpt1a、Cpt2、Acadl、HADHA和HADHB,用RSL3处理,检测细胞活力、细胞死亡和脂质过氧化。
Intermediate accumulated upon interruption of fatty acid oxidation flux promotes tumoral ferroptosis and improves immunotherapy.
包含多种肿瘤细胞系体外实验、基因敲除/敲低、代谢物补充、小鼠皮下瘤模型、免疫细胞分析及患者样本队列验证。
B16F0小鼠黑色素瘤细胞系 TDCL小鼠肺癌细胞系 Panc02小鼠胰腺癌细胞系 A549人肺癌细胞系 C57BL/6小鼠皮下肿瘤模型 M-NSG免疫缺陷小鼠皮下肿瘤模型 肺癌患者组织芯片与血浆样本
HADHA敲低或敲除后RSL3诱导的铁死亡敏感性(细胞活力、细胞死亡、脂质过氧化) HADHA E510Q突变体回补后酶活性及铁死亡抵抗的恢复 HADHA缺失细胞线粒体脂质组学中酰基肉碱C18-OH的积累 外源酰基肉碱C18-OH处理对RSL3/ML162诱导铁死亡的增敏效应 HADHA缺失肿瘤在C57BL/6小鼠中的生长抑制及ACSL4缺失的逆转
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定FAO通路中哪些酶节点抑制能增强肿瘤细胞对铁死亡的敏感性。
在B16F0细胞中分别敲低Cpt1a、Cpt2、Acadl、HADHA和HADHB,用RSL3处理,检测细胞活力、细胞死亡和脂质过氧化。
验证HADHA对铁死亡的调控是否依赖其酶活性。
构建HADHA E510Q突变体,回补至HADHA敲除B16F0细胞,检测酶活性和RSL3诱导的铁死亡。
探究铁死亡诱导时HADHA酶活性升高的机制及其对铁死亡的影响。
RSL3处理B16F0细胞后检测HADHA酶活性和细胞内亚精胺含量;外源补充亚精胺或抑制亚精胺合成(DFMO、shSRM),检测铁死亡。
鉴定HADHA缺失导致积累的代谢中间产物,并验证其促铁死亡功能。
对HADHA缺失B16F0细胞线粒体进行脂质组学分析,发现酰基肉碱C18-OH积累;外源C18-OH处理联合RSL3或ML162,检测细胞死亡、线粒体ROS和脂质过氧化。
验证HADHA缺失或C18-OH补充在免疫健全小鼠中的抗肿瘤效果及免疫依赖性。
将WT或HADHA KO B16F0细胞皮下接种C57BL/6或M-NSG小鼠,观察肿瘤生长;使用ACSL4缺失、CD8/CD4 T细胞清除、抗PD-1抗体等干预;C18-OH腹腔注射联合抗PD-1。
验证已获批药物TMZ是否通过抑制HADHA重现促铁死亡和抗肿瘤免疫效果。
TMZ处理B16F0等细胞检测HADHA酶活性、C18-OH积累和铁死亡;TMZ灌胃给药于TDCL或B16F0荷瘤小鼠,检测肿瘤生长和T细胞浸润;TMZ联合抗PD-1治疗。
评估HADHA表达和血浆C18-OH水平与肺癌患者预后及免疫治疗反应的相关性。
对86例肺癌患者组织芯片进行HADHA/HADHB免疫组化;对68例NSCLC患者血浆进行C18-OH LC-MS/MS定量;分析756例肺癌患者TMZ用药记录与生存。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| Dulbecco改良Eagle培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | Cegrogen Biotech | -- | |
| 质粒构建 | Phanta Max超保真DNA聚合酶试剂盒 | Vazyme | P505 |
| 慢病毒包装与感染 | LentiCRISPR-V2载体 | Addgene | 52961 |
| pLKO.1载体 | Addgene | 8453 | |
| 慢病毒感染 | 聚凝胺 | Sigma | 107689-10 G |
| 脂质过氧化检测 | BODIPY 581/591 C11脂质过氧化探针 | Thermo Fisher Scientific | D3861 |
| 线粒体ROS检测 | MitoSOX红色线粒体超氧化物指示剂 | Yeasen | 40778ES50 |
| RNA提取 | Freezol RNA提取试剂 | Vazyme | R711 |
| 逆转录 | PrimeScript逆转录预混液 | TaKaRa | RR036A |
| qPCR | 2×Rapid Taq预混液 | Vazyme | p222-01 |
| QuantStudio 3实时PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 免疫印迹 | RIPA裂解液 | Thermo Fisher Scientific | 89900 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | MedChemExpress | HY-K0010 | |
| BCA蛋白浓度测定试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23225 | |
| PVDF膜 | Millipore | 1620177 | |
| ChemiDoc成像系统 | Tanon | 5200Multi | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| 抗Flag抗体 | Sigma | F1804 | |
| 抗HADHA抗体 | Abcam | ab203114 | |
| 抗ACSL4抗体 | Santa Cruz | sc365230 | |
| 抗GPX4抗体 | Proteintech | 67763-1-Ig | |
| 抗αTubulin抗体 | Proteintech | 11224-1-AP | |
| 抗4-HNE抗体 | JaICA | HNEJ-2 | |
| LC-MS/MS | SCIEX Triple Quad 5500+ LC-MS/MS系统 | SCIEX | -- |
| XBridge BEH Amide XP色谱柱 | Waters | -- | |
| 荧光显微镜 | 玻璃底培养皿 | NEST | 801001 |
| MitoTracker深红色线粒体探针 | Yeasen | 40743ES50 | |
| Olympus FV3000激光扫描共聚焦显微镜 | Olympus | -- | |
| HADHA酶活性检测 | 细胞线粒体分离试剂盒 | Beyotime | C3601 |
| 脂质组学 | SCIEX QTRAP 6500+质谱系统 | SCIEX | -- |
| Thermo Accucore C30色谱柱 | Thermo | -- | |
| 酰基肉碱检测 | Agilent 1290 Infinity II超高效液相色谱系统 | Agilent | -- |
| 6470A三重四极杆质谱仪 | Agilent | -- | |
| Waters BEH C18色谱柱 | Waters | -- | |
| MDA检测 | 脂质过氧化MDA检测试剂盒 | Biosharp | BL904A |
| 超声匀浆器 | Jingxin | JXFSTPRP-24 | |
| EggPC自氧化实验 | STY-BODIPY探针 | Cayman Chemicals | 27089 |
| 动物实验 | 曲美他嗪 | Selleck | S4543 |
| 酰基肉碱C18-OH | TRC | H953630 | |
| 抗PD-1抗体 | BioXCell | BE0146 | |
| 抗CD8a抗体(克隆2.43) | Selleck | A2102 | |
| 抗CD4抗体(克隆GK1.5) | Selleck | A2101 | |
| 肿瘤浸润淋巴细胞分析 | 淋巴细胞分离液 | MP Biomedicals | 0850494 |
| Zombie NIR活性染料 | Biolegend | 77184 | |
| 抗CD45抗体 | Biolegend | 30-F11 | |
| 抗CD3抗体 | BD | 562600 | |
| 抗CD4抗体 | Biolegend | GK1.5 | |
| 抗CD8抗体 | Biolegend | 53-6.7 | |
| 固定缓冲液 | Biolegend | 420801 | |
| 通透/洗涤缓冲液 | Biolegend | 421002 | |
| 抗IFNγ抗体 | Biolegend | XMG1.2 | |
| 抗TNFα抗体 | Biolegend | MP6-XT22 | |
| 免疫组织化学 | 兔/鼠一抗免疫组化预检测试剂盒 | Proteintech | 20031553 |
| 抗HADHA+HADHB抗体[4A8BG12] | Abcam | ab110302 | |
| Pannoramic SCAN全自动玻片扫描平台 | 3DHISTECHS | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| HADHA敲低/敲除细胞铁死亡敏感性检测 | 细胞系(B16F0、TDCL、Panc02、A549)、shRNA序列、RSL3浓度(0.025-4 μM因细胞而异)、处理时间、检测终点(细胞活力/死亡/脂质ROS) 阅读提示:Methods 质粒构建与基因编辑细胞系建立;Figure 1 图注及 Supplementary Fig. 1 |
| HADHA酶活性检测 | 线粒体分离方法、反应缓冲液组成(50 mM Tris-HCl pH 8.0、50 mM EDTA pH 8.0、1.2 mM NAD+)、底物β-羟基丁酰-CoA浓度(125 μM)、吸光度监测时间(15 min) 阅读提示:Methods HADHA enzyme activity assay |
| 酰基肉碱C18-OH的脂质组学鉴定与外源处理 | 脂质组学样本(HADHA KO B16F0线粒体,n=4)、C18-OH处理浓度(B16F0 20 μM;A549 30 μM)、联合铁死亡诱导剂(RSL3、ML162、IKE)浓度 阅读提示:Methods 脂质组学分析与数据;Figure 3 图注及 Supplementary Fig. 3 |
| 皮下肿瘤模型与药物处理 | 细胞接种量(B16F0 3×10^5/只;TDCL 3×10^6/只)、小鼠品系与周龄(C57BL/6雌性6-8周;M-NSG)、TMZ剂量与途径(30 mg/kg灌胃)、C18-OH剂量与途径(5 mg/kg腹腔)、抗PD-1抗体剂量与频率(100 μg/只每3天)、抗CD8/CD4抗体剂量(160/100 μg/只)、Liproxstatin-1剂量(10 mg/kg) 阅读提示:Methods Animals;Figure 6、7 图注及 Supplementary Fig. 6、7 |
| 临床样本关联分析 | 肺癌患者组织芯片例数(86例)、血浆样本例数(68例NSCLC)、TMZ处方记录例数(756例)、免疫治疗反应评估标准、H score计算方法 阅读提示:Methods Human subject;Immunohistochemistry (IHC);Figure 5、6、7 图注 |