临床样本中TXNDC5表达与预后分析
评估TXNDC5在结直肠癌中的临床相关性及细胞定位
重新分析人CRC芯片数据集GSE21510、GSE39396、GSE103479、GSE63216;对人CRC组织芯片进行IHC和IF共染色,分析TXNDC5与α-SMA、CK19共定位及与纤维化基因相关性
Targeting fibroblast TXNDC5 resolves tumor desmoplasia and PD-1 resistance in colorectal cancer with mesenchymal traits.
含人CRC组织与CAF、小鼠AOM/DSS及Apcmin/+模型、成纤维细胞特异性敲除、体外细胞实验、scRNA-seq、CyTOF及机制验证
人结直肠癌组织及癌相关成纤维细胞CAF AOM/DSS诱导的小鼠结直肠癌模型 Col1a2-CreERT2;Txndc5fl/fl成纤维细胞特异性敲除小鼠 人结肠成纤维细胞CCD-18co及CRC细胞系HCT116、COLO-320-HSR、NCI-H716
成纤维细胞特异性Txndc5敲除(Col1a2-CreERT2;Txndc5fl/fl)与对照Col1a2-CreERT2小鼠的分组及他莫昔芬诱导方案(80 mg/kg腹腔注射,连续4天) AOM/DSS造模方案:8周龄雄性小鼠单次腹腔注射12.5 mg/kg AOM,随后3个周期3.5% DSS饮水5天+14天正常饮水 抗PD-1治疗为200 μg/只腹腔注射隔日一次持续2周,于第16周肿瘤形成后开始 TGFβ1处理人结肠成纤维细胞CCD-18co的浓度10 ng/ml、处理时间48小时 scRNA-seq与CyTOF的样本来源、细胞富集方案及每组小鼠数量(n=6)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估TXNDC5在结直肠癌中的临床相关性及细胞定位
重新分析人CRC芯片数据集GSE21510、GSE39396、GSE103479、GSE63216;对人CRC组织芯片进行IHC和IF共染色,分析TXNDC5与α-SMA、CK19共定位及与纤维化基因相关性
验证小鼠CRC模型是否重现人CMS4间质型和免疫耐受特征及TXNDC5表达模式
对AOM/DSS诱导和Apcmin/+小鼠肿瘤进行IHC和IF染色,利用Col1a1-GFPTg报告小鼠共定位TXNDC5与胶原产生CAF及各类谱系标志物;分析scRNA-seq数据
确定TXNDC5在体内对CRC肿瘤发生、CAF活化和纤维化的贡献及细胞来源特异性
对Txndc5-/-全局敲除小鼠和Col1a2-CreERT2;Txndc5fl/fl成纤维细胞特异性敲除小鼠进行AOM/DSS造模,评估肿瘤负荷、CAF丰度、胶原沉积和TGFβ信号;并在Cdx2-Cre和Cdh5-CreERT2条件敲除小鼠中验证细胞类型特异性;在Apcmin/+背景中验证成纤维细胞特异性敲除效果
明确TXNDC5是否通过TGFBR1调控TGFβ诱导的成纤维细胞活化和ECM产生
在CCD-18co人结肠成纤维细胞中敲低或过表达TXNDC5,给予TGFβ1刺激,检测p-SMAD3、TGFBR1、α-SMA、COL1A1和fibronectin;用shTGFBR1或LY364947抑制TGFBR1验证通路依赖性;分离人CRC CAF与adjNF比较
验证TXNDC5是否通过其PDI活性促进TGFBR1蛋白折叠和稳定
CHX追踪实验检测TGFBR1降解;Co-IP和PLA检测TXNDC5与TGFBR1物理互作;MG132蛋白酶体抑制实验;构建PDI活性缺失的TXNDC5 AAA突变体;FRET折叠实验检测TGFBR1折叠效率
确定TGFβ1如何上调成纤维细胞TXNDC5表达
用CMS4 CRC细胞条件培养基处理成纤维细胞,检测TGFB1和TXNDC5表达;用4-PBA抑制ER应激;敲低ATF6;构建含或不含ATF6结合位点的TXNDC5启动子荧光素酶报告质粒
验证CAF中TXNDC5是否通过肿瘤纤维化塑造免疫抑制微环境
对Col1a2-CreERT2和Txndc5cKO小鼠AOM/DSS肿瘤进行IF染色检测CD8+ T细胞、PD-L1、MDSC和Treg;进行免疫细胞富集的scRNA-seq分析免疫亚群组成和功能;CyTOF免疫分型;流式检测外周血和脾细胞排除系统性效应;PBMC来源T细胞与成纤维细胞共培养
阐明TXNDC5介导的促纤维增生如何造成实体应力、灌注不足和缺氧
lectin灌注检测血管灌注;AFM检测肿瘤硬度;pimonidazole染色检测缺氧;HIF1α染色和瘤内乳酸浓度检测;scRNA-seq分析髓系细胞Hif1a和Cd274表达
验证靶向CAF TXNDC5是否增敏PD-1阻断治疗
在AOM/DSS诱导第16周肿瘤形成后,给予他莫昔芬诱导成纤维细胞特异性Txndc5敲除,同时给予anti-PD-1或IgG对照治疗2周,评估肿瘤负荷、CAF活化、MDSC、Treg和CD8+GzmB+ T细胞浸润
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 偶氮甲烷 | Sigma-Aldrich | A5486 |
| 葡聚糖硫酸钠 | MP Biomedicals | 9011-18-1 | |
| 抗PD-L1抗体 | Leinco Technologies | P372 | |
| 抗IgG同型对照 | Leinco Technologies | R1367 | |
| 哌莫硝唑 | Hypoxyprobe | HP2-100Kit | |
| 荧光标记凝集素 | Vector Laboratories | DL-1177-1 | |
| 他莫昔芬 | -- | -- | |
| 细胞培养 | 转化生长因子β1 | PeproTech | 100-21C |
| FM培养基 | ScienCell | 2301 | |
| RPMI 1640培养基 | Thermo Fisher Scientific | 31800022 | |
| MEM α培养基 | -- | -- | |
| 组织消化 | 4型胶原酶 | Worthington Biochemical | LS004189 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | 15596018 |
| cDNA合成 | Maxima第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | K1641 |
| 蛋白定量 | Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23225 |
| Western blot | 细胞裂解液 | Cell Signaling Technology | 9803 |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂 | Omics | C0001 and C0004 | |
| 蛋白上样缓冲液 | Omics | JB06-F002 | |
| WesternBright ECL HRP底物 | Advansta | K-12045-D50 | |
| 抗TXNDC5抗体 | Proteintech | 19834-1-AP | |
| 抗TGFBR1抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-32631 | |
| 抗TGFBR2抗体 | OriGene | TA311643 | |
| 抗磷酸化SMAD3抗体 | Abcam | ab52903 | |
| 抗总SMAD3抗体 | Abcam | ab40854 | |
| 抗纤连蛋白抗体 | BD Biosciences | 610077 | |
| 抗COL1A1抗体 | OriGene | TA309096 | |
| 抗BiP抗体 | Cell Signaling Technology | 3177 | |
| 抗ATF6抗体 | Cosmo Bio | BAM-73-505-EX | |
| 抗IL1R1抗体 | Abcam | ab106278 | |
| 抗β-actin抗体 | OriGene | TA811000 | |
| 抗GAPDH抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA5-15738 | |
| 免疫组化 | Masson三色染色试剂盒 | Sigma-Aldrich | HT15 |
| 天狼星红 | Abcam | ab246832 | |
| 免疫荧光 | 抗CK19抗体 | Abcam | ab52625 |
| 抗α-SMA抗体 | Abcam | ab5694 | |
| 抗CD11b抗体 | Abcam | ab133357 | |
| 抗VE-cadherin抗体 | Abcam | ab205336 | |
| 抗PD-L1抗体 | Cell Signaling Technology | 64988 | |
| 抗CD8抗体 | Abcam | ab17147 | |
| 抗Gr1抗体 | Abcam | ab25377 | |
| 抗CD4抗体 | Abcam | ab183685 | |
| 抗FOXP3抗体 | Abcam | ab215206 | |
| 抗颗粒酶B抗体 | Abcam | ab255598 | |
| 抗HIF1α抗体 | Novus Biologicals | NB100-479 | |
| 抗Ki67抗体 | Genetex | GTX16667 | |
| 抗B220抗体 | Biolegend | 103202 | |
| DAPI封片剂 | SouthernBiotech | 0100-20 | |
| 免疫共沉淀 | Pierce磁珠蛋白A/G免疫沉淀试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 88804 |
| 邻位连接实验 | Duolink原位邻位连接实验试剂盒 | Sigma Aldrich | DUO92002-30RXN, DUO92004-30RXN, DUO92008-30RXN |
| 抗TGFBR1抗体 | Abnova | H00007046-A01 | |
| 细胞增殖 | 细胞增殖ELISA BrdU试剂盒 | Roche | 11647229001 |
| 荧光素酶报告 | Luc-Pair双荧光素酶检测试剂盒2.0 | GeneCopoeia | LF001 |
| 流式细胞术 | Cytofix/Cytoperm固定透化试剂盒 | BD Biosciences | 554714 |
| FOXP3染色缓冲液套装 | Thermo Fisher Scientific | 00-5523-00 | |
| 抗CD3抗体 | Biolegend | 300405 | |
| 抗CD8抗体 | Biolegend | 344707 | |
| 抗CD4抗体 | Biolegend | 317408 | |
| 抗CD25抗体 | Biolegend | 356132 | |
| 抗PD-1抗体 | Biolegend | 329922 | |
| 抗颗粒酶B抗体 | Biolegend | 372214 | |
| 抗FOXP3抗体 | Biolegend | 320124 | |
| 单细胞测序 | Chromium单细胞3'试剂盒v2 | 10x Genomics | 120267 |
| Chromium单细胞平台 | 10X Genomics | 1000414, 1000496 and 1000422 | |
| 小鼠肿瘤解离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-096-730 | |
| CyTOF | 顺铂活性染料 | Sigma-Aldrich | P4394 |
| 抗CD45抗体 | BD Biosciences | 103102 | |
| 抗CD11b抗体 | BioLegend | 101202 | |
| 抗Ly6C抗体 | BioLegend | 128002 | |
| 抗Ly6G抗体 | BioLegend | 127602 | |
| 抗Gr-1抗体 | BioLegend | 108402 | |
| 抗S100A8抗体 | Novus Biologicals | NBP2-25273 | |
| 抗F4/80抗体 | BioLegend | 123143 | |
| 抗CD80抗体 | BioLegend | 104735 | |
| 抗CD86抗体 | BioLegend | 105002 | |
| 抗CD206抗体 | BioLegend | 141702 | |
| 抗Ki67抗体 | BD Biosciences | 556003 | |
| 原子力显微镜 | 抗I型胶原抗体 | Novus Biologicals | NB600-408 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| AOM/DSS结直肠癌造模 | 小鼠品系、性别和周龄;AOM剂量12.5 mg/kg单次腹腔注射;DSS浓度3.5%、每周期5天+14天正常饮水、共3个周期;饮水和体重监测频率 阅读提示:Methods中Mice小节及Fig. 1g图注 |
| 成纤维细胞特异性Txndc5敲除诱导 | 他莫昔芬剂量80 mg/kg、腹腔注射连续4天或隔日一次持续2周;诱导起始时间(6周龄或第16周);Cre品系Col1a2-CreERT2与对照设置 阅读提示:Methods中Mice小节及Fig. 8a图注 |
| 抗PD-1/PD-L1联合治疗 | 抗体剂量200 μg/只、腹腔注射隔日一次持续2周;治疗起始时间第16周;同型对照IgG;原文方法写anti-PD-L1而结果描述为anti-PD-1,需核对具体抗体及靶点 阅读提示:Methods中Mice小节及Fig. 8a图注 |
| TGFβ1刺激成纤维细胞 | TGFβ1浓度10 ng/ml、处理48小时;CCD-18co细胞代次和培养基;shTXNDC5或TXNDC5过表达效率验证 阅读提示:Methods中Cell lines小节及Fig. 3、Fig. 4图注 |
| TXNDC5调控TGFBR1稳定性实验 | CHX浓度100 μg/mL、检测时间点0、4、8小时;MG132浓度和预处理时间;TXNDC5 AAA突变体构建细节;FRET探针转染48小时 阅读提示:Methods中Protein stability assay、Co-IP、FRET-based protein folding assay小节及Fig. 4图注 |
| 单细胞RNA测序与CyTOF免疫分型 | 肿瘤解离和免疫细胞富集方案;每组小鼠数量n=6;捕获细胞数和测序深度;CyTOF抗体panel和数据分析流程 阅读提示:Methods中10x library preparation and sequencing、Mass cytometry by time-of-flight immunoprofiling小节及Fig. 5、Fig. 6图注 |
| 肿瘤硬度与血管灌注检测 | AFM探针参数(针尖半径65 nm、弹簧常数0.1 N/m)、扫描速率20 Hz、每ROI 10 µm²和每鼠至少3个ROI;lectin 100 μg和pimonidazole 60 mg/kg的注射时间 阅读提示:Methods中Co-axial system of confocal microscopy and atomic force microscopy小节及Fig. 7图注 |