SIOM免疫微环境与巨噬细胞胞内菌负荷分析
明确骨髓炎进程中巨噬细胞浸润及胞内细菌负荷变化
再分析GSE227521、GSE166522和GSE102444转录组数据,并对感染小鼠股骨进行F4/80与S. aureus免疫荧光共定位及mtROS检测
Manganese enhances macrophage bactericidal activity in mice with Staphylococcus aureus osteomyelitis via Sirt3-mitophagy axis.
含BMDMs体外模型、蛋白组学、转录组数据再分析及小鼠骨髓炎模型,并行药理与基因过表达机制验证
小鼠骨髓来源巨噬细胞(BMDMs) RAW264.7巨噬细胞系 植入物相关S. aureus骨髓炎小鼠模型 系统性S. aureus感染小鼠模型
Mn2+处理浓度25、50、100 μM,预处理12 h,感染MOI=10 感染后加入溶葡萄球菌酶20 μg/mL和庆大霉素50 μg/mL清除胞外菌 Sirt3药理激活AR-C17 15 μM,PINK1激活剂MTK458 5、10、25、50 μM mtROS清除剂mitoTEMPO 100 μM、自噬激活剂CCCP 20 μM 小鼠尾静脉给药每两天一次,第14天和第21天取材,每组n=5
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
明确骨髓炎进程中巨噬细胞浸润及胞内细菌负荷变化
再分析GSE227521、GSE166522和GSE102444转录组数据,并对感染小鼠股骨进行F4/80与S. aureus免疫荧光共定位及mtROS检测
验证外源性Mn2+是否增强BMDMs杀菌能力及其与mtROS的关系
Mn2+预处理BMDMs后感染S. aureus,菌落计数和免疫荧光评估胞内细菌,RT-qPCR检测炎症因子,流式检测mtROS,并用mitoTEMPO和DPI进行功能缺失实验
确定增强的mtROS是否源于Mn2+抑制线粒体自噬
TEM观察线粒体超微结构,MitoTracker/LysoTracker共定位和JC-1检测线粒体膜电位,并用CCCP激活自噬进行回补实验
明确Mn2+是否经PINK1-Parkin通路抑制线粒体自噬
Western blot检测PINK1、p-Parkin、LC3B-II/I和p62,并用MTK458激活PINK1进行回补
筛选并验证Mn2+作用的关键线粒体分子靶点
对未感染、感染和感染+Mn2+三组BMDMs进行蛋白组学分析,结合GO、GSEA和PPI筛选候选分子,免疫荧光和Western blot验证Sirt3,并用3-TYP药理抑制验证表型
确认Sirt3在Mn2+免疫调节中的核心作用
用AR-C17或Sirt3过表达质粒建立Sirt3过表达BMDMs模型,检测PINK1-Parkin通路、线粒体自噬、mtROS、杀菌能力和炎症因子
构建具炎症靶向和胞内递送能力的Mn2+递送系统
合成MnO纳米粒、MZ纳米粒及巨噬细胞膜包覆的MZM,进行TEM、HAADF-STEM、XPS、DLS、SDS-PAGE、ICP-MS释放及细胞摄取和体内靶向评价
验证MZM在SIOM小鼠中抑制Sirt3、增强杀菌并改善骨破坏
建立植入物相关S. aureus骨髓炎模型,尾静脉隔日给药,免疫荧光检测Sirt3、PINK1和S. aureus,流式检测线粒体自噬,H&E、SEM和micro-CT评估治疗效果及持久性
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫荧光染色 | 大鼠抗F4/80抗体 | BIO-RAD | MCA497GA |
| 兔抗Sirt3抗体 | ABclonal | A5419 | |
| 兔抗PINK1抗体 | Proteintech | 23274-1-AP | |
| 山羊抗大鼠IgG Dylight 594 | Abbkine | A23440 | |
| 山羊抗兔IgG Dylight 488 | Abbkine | A23220 | |
| DAPI溶液 | BBI Life Science | E607303-0002 | |
| MitoTracker Red CMXRos线粒体染料 | Yeasen | 40741ES50 | |
| 鬼笔环肽-iFluor 488偶联物 | AAT Bioquest | AAT-23115 | |
| mtROS检测 | MitoSOX Red线粒体超氧化物指示剂 | Invitrogen | M36008 |
| MitoTracker Green线粒体染料 | Beyotime | C1048 | |
| RT-qPCR | Evo M-MLV逆转录预混试剂盒 | Accurate Biology | -- |
| SYBR Green Premix Pro Taq HS qPCR试剂盒 | Accurate Biology | -- | |
| RNAiso PLUS总RNA提取试剂 | -- | -- | |
| 透射电镜 | 电镜固定液 | ASPENbio | AS1063 |
| MitoTracker/LysoTracker染色 | LysoTracker Red溶酶体染料 | Beyotime | C1046 |
| JC-1染色 | JC-1线粒体膜电位探针 | Beyotime | C2006 |
| Western blot | BCA蛋白定量试剂盒 | Yeasen | 20200ES76 |
| 无蛋白快速封闭液 | epizyme | PS108P | |
| 总Parkin抗体 | Proteintech | 14060-1-AP | |
| 磷酸化Parkin抗体 | BIOSS | bs-19882R | |
| LC3抗体 | Proteintech | 14600-1-AP | |
| SQSTM1/p62抗体 | Affinity | AF5384 | |
| Sirt3抗体 | Proteintech | 10099-1-AP | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| 增强化学发光试剂 | Epizyme | SQ203 | |
| 蓝白非变性电泳 | 总OXPHOS蓝白非变性Western blot抗体混合物 | abcam | ab110412 |
| 线粒体分离 | 细胞线粒体分离试剂盒 | Beyotime | C3601 |
| Sirt3过表达 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000001 |
| 纳米系统制备 | 膜与胞质蛋白提取试剂盒 | Beyotime | P0033 |
| 细胞活性检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Beyotime | C0038 |
| 流式检测线粒体自噬 | 线粒体自噬检测试剂盒 | Dojindo | MD01 |
| 流式免疫分型 | 抗CD16/32抗体 | Biolegend | 101320 |
| 抗CD11b抗体 | Biolegend | 101257 | |
| 抗F4/80抗体 | Biolegend | 157315 | |
| 活/死细胞活性染料eFluor 450 | Thermo | L34963 | |
| 抗Ly6G抗体 | elabscience | E-AB-F1108E | |
| 抗CD3抗体 | elabscience | E-AB-F1013J | |
| 抗CD4抗体 | elabscience | E-AB-F1097D | |
| 抗CD8抗体 | elabscience | AN00576E | |
| Zombie yellow活性染料 | Biolegend | 423103 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体外Mn2+处理与S. aureus感染 | Mn2+浓度25、50、100 μM;预处理12 h;感染MOI=10、1 h;胞外菌清除用溶葡萄球菌酶20 μg/mL和庆大霉素50 μg/mL;杀菌评估再培养12 h 阅读提示:Methods中Bacterial phagocytosis and killing capability及Fig. 2图注 |
| Sirt3与PINK1药理调控 | AR-C17 15 μM;MTK458 5、10、25、50 μM;3-TYP 50 μM;mtTEMPO 100 μM;CCCP 20 μM 阅读提示:Methods分组说明及Fig. 3–6图注,具体作用时长文中部分未明确说明 |
| Sirt3过表达模型 | Sirt3过表达质粒转染试剂与转染后9 h换液、再培养48 h;AR-C17预处理24 h 阅读提示:Methods中Sirt3 overexpression in BMDMs |
| SIOM小鼠模型 | C57BL/6小鼠10–12周;S. aureus 2×10^5 CFU/mL、3 μL注入髓腔;术后每日庆大霉素20 mg/kg腹腔注射;三溴乙醇125 mg/kg麻醉 阅读提示:Methods中Implant-associated S. aureus osteomyelitis mouse model |
| MZM体内给药与取材 | 尾静脉隔日给药;第14天和第21天取材;每组n=5;MA为Sirt3激活回补组 阅读提示:Methods及Fig. 8–10图注 |
| 统计设计 | 数据以mean±SEM表示;Shapiro–Wilk检验正态性;两组用非配对双尾t检验;多组用单因素方差分析加Turkey事后检验;MZM与庆大霉素析因实验用双因素方差分析 阅读提示:Methods中Statistics and reproducibility |