Ponatinib对人和小鼠T细胞亚群的直接影响
验证ponatinib是否直接影响CD8+ T细胞和Treg细胞的增殖、活化和分化
人PBMC或纯化的CD8+ T细胞和Treg细胞经抗CD3/CD28刺激,加入梯度浓度ponatinib,检测增殖、凋亡和表型;小鼠CD3+ T细胞经抗CD3/CD28刺激并加入ponatinib,流式检测表型。
Ponatinib inhibits LCK and PI3K signaling and promotes CD8+ T stem cell memory cell development.
涵盖人PBMC、小鼠模型、患者样本及组学数据,含功能与机制验证
人外周血单核细胞(PBMC)及纯化的CD8+ T细胞和Treg细胞 小鼠脾脏来源的CD3+ T细胞及纯化的naive CD8+ T细胞 MC38和B16F10小鼠肿瘤模型 CML患者PBMC样本
人CD8+ T细胞和Treg细胞在抗CD3/CD28刺激下使用50 nM ponatinib处理4天,检测增殖和凋亡 小鼠CD3+ T细胞在抗CD3/CD28刺激下使用10 nM ponatinib处理48小时 MC38或B16F10荷瘤小鼠口服ponatinib 3 mg/kg每日一次连续14天 CD8+ T细胞清除使用anti-CD8β mAb 100 μg/只腹腔注射 PK模拟实验中ponatinib初始80 nM逐步降至50 nM,每日重复5天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证ponatinib是否直接影响CD8+ T细胞和Treg细胞的增殖、活化和分化
人PBMC或纯化的CD8+ T细胞和Treg细胞经抗CD3/CD28刺激,加入梯度浓度ponatinib,检测增殖、凋亡和表型;小鼠CD3+ T细胞经抗CD3/CD28刺激并加入ponatinib,流式检测表型。
确定ponatinib是否促进TSCM细胞生成及其细胞来源
分选naive和TEM CD8+ T细胞进行细胞分裂实验,流式检测各分裂阶段TSCM表型;RNA-seq分析naive CD8+ T细胞转录组变化。
评估ponatinib体内抗肿瘤效果并确定依赖的免疫细胞亚群
MC38或B16F10荷瘤小鼠口服ponatinib,联合anti-PD-1 mAb;利用RAG2 KO、nude、CD4+或CD8+ T细胞清除及Foxp3-DTR小鼠验证免疫依赖性。
验证ponatinib是否在TME中增加TSCM细胞并促进抗原特异性CD8+ T细胞应答
MC38或MC38-OVA荷瘤小鼠经ponatinib治疗,第8天或晚期收集TIL,流式检测TSCM细胞、Tcf1、Bcl-2、Eomes/T-bet比值、Tox及细胞因子产生;OVA dextramer检测抗原特异性TSCM和效应细胞。
验证ponatinib是否通过增加TSCM细胞增强ACT和CAR-T细胞疗法效果
OT-I CD8+ T细胞在ponatinib存在下激活后转移至B16F10-SIINFEKL荷瘤小鼠,或小鼠接受全身ponatinib治疗;人CD19 CAR-T细胞在ponatinib存在下生成,检测表型和抗肿瘤功能。
阐明ponatinib诱导TSCM细胞的分子机制
Western blot和phospho-flow检测人及小鼠CD8+ T细胞中LCK、AKT、ERK等磷酸化;免疫荧光检测pSrc与CD28共定位;Seahorse分析OCR和ECAR;使用LCK抑制剂、Src家族激活剂、AKT激活剂及组成型活性LCK/AKT进行干预。
验证稳定持续而非间歇性激酶抑制是TSCM细胞诱导的关键
人CD8+ T细胞在模拟ponatinib或dasatinib体内PK的浓度方案下培养5天,检测p-LCK、p-AKT和TSCM细胞;小鼠肿瘤模型比较ponatinib、连续dasatinib和脉冲dasatinib的疗效及TSCM诱导。
验证ponatinib是否在临床患者中增加TSCM细胞
收集接受imatinib、dasatinib或ponatinib治疗并达到深度分子学反应的CML患者PBMC,在谷浓度时流式检测TSCM和Treg细胞。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Fujifilm Wako Pure Chemical Corporation | 189-02025 |
| DMEM培养基 | Fujifilm Wako Pure Chemical Corporation | 044-29765 | |
| 胎牛血清 | Merck | -- | |
| L-谷氨酰胺 | Thermo Fisher Scientific | 25030-081 | |
| T细胞刺激 | Dynabeads人T细胞激活剂CD3/CD28 | Thermo Fisher Scientific | 11131D |
| 细胞培养 | 重组人IL-2 | Roche | 10799068001 |
| 重组小鼠IL-2 | R&D System | 402-ML | |
| 重组人IL-7 | R&D System | 207-IL | |
| 重组人IL-15 | R&D System | 247-ILB | |
| 药物处理 | Ponatinib | Selleck Chemicals | S1490 |
| Imatinib | Selleck Chemicals | S2475 | |
| Dasatinib | Selleck Chemicals | S1021 | |
| LCK抑制剂RK 24466 | Selleck Chemicals | S0020 | |
| AKT激活剂SC79 | Selleck Chemicals | S7863 | |
| Src家族激活剂YEEI磷酸肽 | Santa Cruz Biotechnology | sc-3052 | |
| 动物实验 | Ponatinib | MedChemExpress | HY-12047 |
| Dasatinib | MedChemExpress | HY-10181 | |
| 2-羟丙基-β-环糊精 | FUJIFILM Wako Pure Chemical | 324-84233 | |
| 流式分析 | CellTrace CFSE | Thermo Fisher Scientific | 34554 |
| Foxp3/转录因子染色缓冲液套装 | Thermo Fisher Scientific | 00-5523-00 | |
| MHC Dextramer H-2Kb/SIINFEKL/PE | ImmuDEX | JDO2163 | |
| CountBright绝对计数微球 | Invitrogen | C36950 | |
| T细胞分离 | CD8磁珠 | Miltenyi Biotec | 130-045-201 |
| CD4+CD25+调节性T细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-091-301 | |
| EasySep小鼠T细胞分离试剂盒 | STEMCELL Technologies | 19851 | |
| MojoSort小鼠CD8初始T细胞分离试剂盒 | BioLegend | 480044 | |
| EasySep人T细胞分离试剂盒 | STEMCELL Technologies | 17951 | |
| 流式分析 | BD Cytofix/Cytoperm固定/透化溶液试剂盒 | BD Biosciences | 554714 |
| BD Phosflow固定缓冲液I | BD Biosciences | 557870 | |
| BD Phosflow透化缓冲液I | BD Biosciences | 557885 | |
| RNA提取 | RNeasy Plus微量试剂盒 | Qiagen | 74034 |
| 单细胞RNA-seq | Chromium Next GEM单细胞3′试剂盒v3.1 | 10x Genomics | PN-1000268 |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Dojindo | 341-07761 |
| 动物实验 | D-荧光素 | Promega | E1605 |
| 白喉毒素 | FUJIFILM Wako Pure Chemical | 048-34371 | |
| 抗小鼠PD-1单克隆抗体(克隆RMPI-14) | BioLegend | 114101 | |
| 抗小鼠CD4单克隆抗体(克隆GK1.5) | BioXCell | BE0003-1 | |
| 抗小鼠CD8β单克隆抗体(克隆53–5.8) | BioXCell | BE0223 | |
| Western blot | 2×Laemmli上样缓冲液 | Bio-Rad Laboratories | 1610737 |
| Western blot成像 | LuminoGraph I成像仪 | ATTO Corporation | WSE-6100H |
| 流式分析 | FACSymphony A3流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| 流式分选 | FACSDiscover S8细胞分选仪 | BD Biosciences | -- |
| 共聚焦显微镜 | Zeiss LSM 880显微镜 | Zeiss | -- |
| Seahorse分析 | Seahorse生物科学分析仪XFe96 | Agilent | -- |
| 肿瘤组织消化 | 肿瘤和组织解离试剂 | BD Biosciences | 661563 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 人T细胞体外实验 | ponatinib浓度(50 nM)、处理时间(4天或9天)、抗CD3/CD28刺激比例(1:1细胞与磁珠比)、IL-2浓度(30 U/mL或300 U/mL) 阅读提示:Methods 'Culture of human PBMCs and T cells'及Fig. 1图注 |
| 小鼠T细胞体外实验 | ponatinib浓度(10 nM)、处理时间(48小时或2小时)、抗CD3/CD28刺激条件、IL-2浓度30 U/mL 阅读提示:Methods 'Culture of mouse T cells'及Fig. 2图注 |
| 小鼠肿瘤模型 | 肿瘤细胞接种数量(1×10^6)、ponatinib剂量(3 mg/kg每日一次连续14天)、给药开始时间(Day 3)、anti-PD-1 mAb剂量(200 μg/只)及给药日程 阅读提示:Methods 'Animal models'及Fig. 3图注 |
| 过继性细胞转移 | OT-I CD8+ T细胞转移数量(1×10^6)、ponatinib体外处理浓度(10 nM)、环磷酰胺预处理剂量(100 mg/kg)、转移时间(Day 9) 阅读提示:Methods 'Adoptive cell transfer'及Fig. 5图注 |
| CAR-T细胞生成 | ponatinib浓度(100 nM)、CAR转导条件、IL-7和IL-15浓度(10 ng/mL)、第8天分析 阅读提示:Methods 'Generation of Human CAR-T cells'及Fig. 7图注 |
| PK模拟实验 | ponatinib和dasatinib的起始浓度及逐步稀释方案、每日重复5天、LCK和AKT磷酸化检测时间点 阅读提示:Methods 'PK-mimicking in vitro culture'及Fig. 9图注 |
| CML患者样本分析 | 患者样本量(imatinib n=6,dasatinib n=4,ponatinib n=5)、谷浓度采样、TSCM和Treg细胞流式标记 阅读提示:Methods 'Patients and samples'及Fig. 10图注 |