单细胞转录组解析OSCC免疫微环境
明确早期和晚期OSCC的细胞组成及免疫抑制特征
对早期(I-II期,n=7)和晚期(III-IV期,n=9)OSCC患者新鲜组织进行单细胞RNA测序,质控后UMAP聚类鉴定10个细胞亚群,GSVA分析TCR信号和免疫抑制信号。
Spatial heterogeneity of MDSCs mediated by ANXA1-FPRs signaling drives immune suppression in OSCC progression.
单细胞和空间转录组、mIHC、患者组织、自发和移植小鼠模型,含功能验证和机制验证
OSCC患者组织(早期I-II期和晚期III-IV期) SCC7同种异体移植C3H/HeJ小鼠模型 Tgfbr1f/f; Ptenf/f; K14-CreERT2自发OSCC小鼠模型
单细胞转录组:早期7例、晚期9例OSCC患者样本,质控标准为线粒体RNA<10%且检测基因数<2500 空间转录组:早期3例、晚期3例OSCC样本,RCTD反卷积和邻域分析定义肿瘤细胞富集区域(R2)和贫乏区域(R1) mIHC验证:抗PanCK、CD11b、CD8、ANXA1、FPR1、FPR2抗体染色,比较早期和晚期OSCC中MDSCs空间分布 小鼠治疗实验:SCC7细胞皮下接种C3H/HeJ小鼠,肿瘤体积达50 mm3后随机分组,IgG(10 μg/次)或anti-PD-1(200 μg/次)腹腔注射,WRW4(10 μg/次)或生理盐水,每2天一次共6次 生存分析:肿瘤体积超过800 mm3判定死亡,Log-rank检验比较组间生存
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
明确早期和晚期OSCC的细胞组成及免疫抑制特征
对早期(I-II期,n=7)和晚期(III-IV期,n=9)OSCC患者新鲜组织进行单细胞RNA测序,质控后UMAP聚类鉴定10个细胞亚群,GSVA分析TCR信号和免疫抑制信号。
探究上皮肿瘤细胞与髓系细胞间的通讯机制及随分期的变化
使用CellPhoneDB分析上皮细胞与髓系细胞的相互作用,重点分析ANXA1-FPR1/2/3配对,并结合髓系细胞亚群(MDSCs和TAM)的FPR1/2/3表达。
在空间层面验证MDSCs在早期和晚期OSCC中的定位差异
对早期(n=3)和晚期(n=3)OSCC组织进行空间转录组测序,RCTD反卷积和邻域分析(intra/inter/distal spots)量化各细胞类型空间分布。
在蛋白水平验证MDSCs在早期和晚期OSCC中的空间分布差异及其与预后的关系
对OSCC患者组织和自发小鼠模型进行mIHC/IF染色(PanCK、CD11b、CD8、ANXA1、FPR1、FPR2),量化MDSCs与肿瘤细胞区域重叠比例,并结合组织芯片生存分析。
验证阻断ANXA1-FPR2信号能否增强免疫检查点阻断疗效
SCC7细胞皮下接种C3H/HeJ小鼠,肿瘤体积达50 mm3后随机分为四组:IgG+溶剂、IgG+WRW4、anti-PD-1+溶剂、anti-PD-1+WRW4,监测肿瘤生长和生存,终点进行mIHC分析MDSCs和CD8+ T细胞浸润。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织保存 | 组织保存液 | Miltenyi Biotec | 130-100-008 |
| 单细胞解离 | DMEM培养基 | Gibco | 11965092 |
| 牛血清白蛋白 | Gibco | 30066575 | |
| II型胶原酶 | Gibco | 17101015 | |
| DNase I | AppliChem | A3778 | |
| 胰蛋白酶 | Gibco | 2062476 | |
| 红细胞裂解 | 红细胞裂解液 | Miltenyi Biotec | 130-094-183 |
| 单细胞RNA-seq | MobiCube高通量单细胞3'转录组试剂盒V2.1 | -- | PN-S050200301 |
| MobiNova-100微流控平台 | -- | -- | |
| 空间转录组 | Visium CytAssist FFPE空间基因表达试剂盒 | 10× Genomics | PN-1000520 |
| mIHC | 兔抗泛角蛋白抗体 | Proteintech | 26411-1-AP |
| 兔抗CD8抗体 | Abcam | ab316778 | |
| 兔抗CD11b抗体 | Abcam | ab133357 | |
| 抗ANXA1抗体 | Abcam | ab214486 | |
| 抗FPR1抗体 | Abcam | ab113531 | |
| 抗FPR2抗体 | Abcam | ab203129 | |
| Cy3标记酪胺信号放大工作液 | Servicebio | G1223 | |
| FITC标记酪胺 | Servicebio | G1231 | |
| Cy5标记酪胺 | Servicebio | G1232 | |
| DAPI | Servicebio | G1012 | |
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099141 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| 动物实验 | IgG同型对照 | Selleck | A2123 |
| WRW4(FPR2拮抗剂) | Selleck | S9818 | |
| 抗PD-1抗体 | Selleck | A2122 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞转录组样本和质控 | 早期OSCC n=7例、晚期OSCC n=9例;线粒体RNA<10%,检测基因数200-2500;Harmony去批次 阅读提示:Methods 'Single-cell RNA-seq and analysis'及Fig. 1a-c图注 |
| 空间转录组样本和反卷积 | 早期OSCC n=3例、晚期OSCC n=3例;RCTD version 1.1.0;肿瘤细胞富集区域(R2)定义为上皮细胞比例大于3/4四分位值 阅读提示:Methods 'Spatial transcriptome analysis'、'Deconvolution of spatial transcriptome data'及Fig. 3b、Fig. 4a图注 |
| mIHC和免疫荧光验证 | 抗体稀释比例1:200;人组织芯片I期n=22、IV期n=37;自发小鼠模型每组2个生物学重复;mIHC染色顺序和酪胺信号放大 阅读提示:Methods 'Multiplex immunohistochemical (mIHC) assay'及Fig. 5、Fig. 6图注 |
| 小鼠同种异体移植瘤治疗实验 | C3H/HeJ小鼠6周龄雄性,每组n=5;SCC7细胞1×10^6皮下注射;肿瘤体积达50 mm3后随机分组;anti-PD-1 200 μg/次、WRW4 10 μg/次、IgG 10 μg/次,每2天一次共6次,腹腔注射;肿瘤体积达1500 mm3或第20天安乐死 阅读提示:Methods 'Animal care and mouse models'及Fig. 8a图注 |
| 自发OSCC小鼠模型诱导 | Tgfbr1f/f; Ptenf/f; K14-CreERT2小鼠(FVB/N背景);3月龄时他莫昔芬200 μL(10 μg/μL溶于玉米油)口腔给药连续5天 阅读提示:Methods 'Animal care and mouse models'及Fig. 5d图注 |