稳定化SKP复合物的设计与组装
克服野生型KRAS与SHOC2/PP1C低亲和力导致的复合物解离,以获得可用于结构解析的稳定三元复合物。
引入Noonan综合征突变SHOC2-M173I和PP1CA-P50R以及癌症相关突变KRAS-Q61R,通过ITC检测复合物亲和力变化。
Structure of SHOC2-KRAS-PP1C complex reveals RAS isoform-specific determinants and insights into targeting complex assembly by RAS inhibitors.
包含冷冻电镜结构、晶体结构、ITC亲和力测定、体外去磷酸化实验及细胞实验等多层级功能与机制验证
SHOC2-KRAS-PP1C复合物 SHOC2-MRAS-PP1C复合物 MRASmut工程突变体 RASless 293细胞
ITC测定中缓冲液含500 mM NaCl和5%甘油以维持PP1C溶解度 MRTX1133结合实验使用50 μM抑制剂与500 μM RAS蛋白 冷冻电镜样品为0.08 mg/mL SHOC2-KRAS-PP1CA复合物,像素尺寸0.873 Å 去磷酸化实验使用1 nM PP1CA、1 μM SHOC2和1 μM RAS 细胞实验用3 μM MRTX1133或DMSO处理4小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
克服野生型KRAS与SHOC2/PP1C低亲和力导致的复合物解离,以获得可用于结构解析的稳定三元复合物。
引入Noonan综合征突变SHOC2-M173I和PP1CA-P50R以及癌症相关突变KRAS-Q61R,通过ITC检测复合物亲和力变化。
确定稳定化SKP复合物的三维结构,揭示KRAS与SHOC2/PP1C的相互作用界面。
使用氧化石墨烯网格制备冷冻电镜样品,收集数据并处理,获得3.0 Å分辨率重建。
阐明KRAS与MRAS形成三元复合物的亚型特异性差异及其与亲和力的关系。
将稳定化SKP结构与SMP结构(PDB 7TVF)叠加,使用PISA和PDBSum分析埋藏面积、盐桥和氢键差异。
评估MRTX1133和RMC-6236是否以及如何阻断SHOC2–RAS–PP1C复合物形成。
通过ITC检测抑制剂存在下SKP和SMP复合物的形成,并测定抑制剂与KRAS、MRAS的结合亲和力;解析KRAS-MRTX1133和MRASmut-MRTX1133晶体结构。
验证通过突变使MRAS获得MRTX1133结合能力后,能否同时靶向SMP和SKP复合物。
构建MRAS四重突变体F74Y/R105H/F106Y/L109Q,检测MRTX1133结合及对SMP组装的抑制,并用体外去磷酸化实验检测催化活性。
在细胞环境中验证MRTX1133能否抑制MRASmut介导的CRAF去磷酸化。
在RASless 293细胞中转染MRASmut-Q71L或MRAS-Q71L,用MRTX1133处理,通过免疫共沉淀和Western blot检测CRAF磷酸化状态。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 克隆 | pDest-527载体 | Addgene | 1518 |
| pDest-566载体 | Addgene | 11517 | |
| pDest-623载体 | Addgene | 161878 | |
| pDest-624载体 | Addgene | 161879 | |
| 蛋白表达 | Bac-to-Bac系统 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 蛋白纯化 | 镍琼脂糖高性能层析柱 | GE Healthcare | -- |
| Superdex S200 16/600层析柱 | Cytiva | -- | |
| MBPTrap HP层析柱 | Cytiva | -- | |
| 核苷酸交换 | GMPPNP | Jena Bioscience | -- |
| 碱性磷酸酶琼脂糖珠 | Sigma | -- | |
| PD-10脱盐柱 | Cytiva | -- | |
| 冷冻电镜样品制备 | Quantifoil R2/2 200目金网格 | Quantifoil Micro Tools GmbH | -- |
| 氧化石墨烯 | Graphene Supermarket, NY | -- | |
| Vitrobot Mark IV冷冻制样仪 | ThermoFisher Scientific | -- | |
| 冷冻电镜数据采集 | Titan Krios透射电子显微镜 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Gatan K3直接电子探测器 | Gatan Inc. | -- | |
| 晶体学 | ARI Crystal Phoenix机器人 | Hudson Lab Automation | -- |
| 等温滴定量热法 | MicroCal PEAQ-ITC仪器 | Malvern Panalytical | -- |
| MRTX1133 | -- | -- | |
| RMC6236 | Chemgood | -- | |
| 磷酸酶活性测定 | 微囊藻毒素-LR | Sigma | 475821 |
| 96孔黑色测定板 | Corning | 3603 | |
| CRAF-CR2pS肽 | Biomatik | -- | |
| 孔雀石绿测定试剂盒 | Sigma | MAK307 | |
| FLUOstar Omega酶标仪 | BMG Labtech | -- | |
| 细胞转染 | JetOPTIMUS转染试剂 | -- | -- |
| Western blot | Myc标签兔多克隆抗体 | Cell signaling technology | 2272 |
| PP1α兔多克隆抗体 | Upstate | 06-221 | |
| FLAG兔多克隆抗体 | Sigma-Aldrich | F7425 | |
| CRAF小鼠单克隆抗体 | BD Biosciences | 610152 | |
| 磷酸化S259 RAF1兔多克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 9421 | |
| 抗兔IgG DyLight 800抗体 | Invitrogen | SA5-35571 | |
| 抗小鼠IgG轻链Alexa Fluor 680抗体 | Jackson ImmunoResearch | 115-625-174 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 稳定化SKP复合物组装与ITC亲和力测定 | 突变组合(SHOC2-M173I、PP1CA-P50R、KRAS-Q61R)、缓冲液盐浓度(500 mM NaCl)和甘油浓度(5%) 阅读提示:Methods中“Binding affinity measurements using isothermal titration calorimetry”及Fig. 1d |
| 冷冻电镜数据采集 | 复合物浓度(0.08 mg/mL)、网格类型(Quantifoil R2/2 200目金网格覆盖氧化石墨烯)、像素尺寸(0.873 Å)和总剂量(52.3 e−/Ų) 阅读提示:Methods中“Cryo-EM sample preparation and data acquisition” |
| RAS抑制剂对SKP/SMP组装的抑制(ITC) | 抑制剂浓度(MRTX1133或RMC6236-CypA 40 μM)、SHOC2浓度(400 μM)、DMSO终浓度(5% v/v) 阅读提示:Methods中“Binding affinity measurements using isothermal titration calorimetry”及Figs. 5c、6b、7d |
| 体外去磷酸化实验 | PP1CA浓度(1 nM)、SHOC2浓度(1 μM)、RAS浓度(1 μM)、底物CRAF CR2-pS肽序列和终浓度(10 μM)、反应时间点(0-60 min) 阅读提示:Methods中“Phosphatase assays”及Fig. 7f-i |
| 细胞实验(RASless 293细胞) | MRTX1133处理浓度(3 μM)和时间(4小时)、转染质粒(pDest302-EF1-3X FLAG-MRAS Q71L和pDest-Myc-SHOC2) 阅读提示:Methods中“Transfection and co-immunoprecipitation”及Supplementary Fig. 9 |