SHOC2-KRAS-PP1C复合物的结构揭示RAS亚型特异性决定因素及RAS抑制剂靶向复合物组装的启示

Structure of SHOC2-KRAS-PP1C complex reveals RAS isoform-specific determinants and insights into targeting complex assembly by RAS inhibitors.

作者信息Daniel A Bonsor, Lorenzo I Finci, Jacob R Potter, Lucy C Young, Vanessa E Wall, Ruby Goldstein de Salazar, Katie R Geis, Tyler Stephens, Joseph Finney, Dwight V Nissley, Frank McCormick, Dhirendra K Simanshu
PMID41519889
发布时间2026-01-10
DOI10.1038/s41467-026-68319-1

实验完整度

高

包含冷冻电镜结构、晶体结构、ITC亲和力测定、体外去磷酸化实验及细胞实验等多层级功能与机制验证

主要模型

SHOC2-KRAS-PP1C复合物 SHOC2-MRAS-PP1C复合物 MRASmut工程突变体 RASless 293细胞

重点核对

ITC测定中缓冲液含500 mM NaCl和5%甘油以维持PP1C溶解度 MRTX1133结合实验使用50 μM抑制剂与500 μM RAS蛋白 冷冻电镜样品为0.08 mg/mL SHOC2-KRAS-PP1CA复合物,像素尺寸0.873 Å 去磷酸化实验使用1 nM PP1CA、1 μM SHOC2和1 μM RAS 细胞实验用3 μM MRTX1133或DMSO处理4小时

摘要

RAF激活对MAPK信号传导至关重要,由RAS结合以及SHOC2–RAS–PP1C复合物对保守磷酸丝氨酸的去磷酸化所介导。MRAS形成高亲和力的SHOC2–MRAS–PP1C(SMP)复合物,而经典RAS亚型(KRAS、HRAS、NRAS)形成类似但亲和力较低的组装体。然而,由致癌KRAS、HRAS或NRAS驱动的癌症仍然强烈依赖SHOC2,提示这些较弱的复合物参与肿瘤发生。为阐明经典RAS蛋白如何形成低亲和力三元复合物,本文描述了由Noonan综合征突变稳定的SHOC2–KRAS–PP1C(SKP)复合物的冷冻电镜结构。SKP结构与SMP复合物相似,但由于KRAS缺乏MRAS特有的增强复合物稳定性的结构特征,形成的接触更少且埋藏表面积更小。RAS抑制剂MRTX1133和RMC-6236改变Switch-I/II构象,从而比破坏已形成的复合物更有效地阻断SKP组装。这些RAS抑制剂不影响SMP形成,因为它们不结合MRAS。由于MRAS在KRAS抑制耐药中上调,我们表征了一种能够结合MRTX1133的MRAS突变体。该MRAS突变体可形成SMP复合物,但MRTX1133阻断其组装,证明双重靶向SKP和SMP的可行性。总体而言,我们的发现定义了SHOC2–RAS–PP1C复合物形成的亚型特异性差异,并支持一种预防SKP和SMP组装的策略,以克服RAS驱动癌症中的耐药性。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
经典RAS亚型(KRAS等)如何形成低亲和力的SHOC2–RAS–PP1C三元复合物,以及RAS抑制剂能否靶向该复合物组装?
核心机制
KRAS缺乏MRAS特有的N端延伸、较长的β5–α4环及interswitch残基,导致SHOC2–KRAS–PP1C界面接触减少、埋藏面积减小,从而亲和力较低;MRTX1133和RMC-6236通过改变Switch-I/II构象空间位阻阻断SKP组装。
主要证据
冷冻电镜解析的稳定化SKP结构(3.0 Å)与SMP结构比较显示埋藏面积少约1000 Ų、盐桥少6个、氢键少12个;ITC显示MRTX1133和RMC-6236阻断SKP形成但不影响SMP;体外去磷酸化实验验证抑制剂对催化活性的影响;细胞实验显示MRTX1133可抑制MRASmut-Q71L介导的CRAF去磷酸化。
研究意义
定义了SHOC2–RAS–PP1C复合物形成的RAS亚型特异性差异,并支持同时靶向SKP和SMP组装以克服RAS驱动癌症耐药性的策略。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

稳定化SKP复合物的设计与组装

克服野生型KRAS与SHOC2/PP1C低亲和力导致的复合物解离,以获得可用于结构解析的稳定三元复合物。

引入Noonan综合征突变SHOC2-M173I和PP1CA-P50R以及癌症相关突变KRAS-Q61R,通过ITC检测复合物亲和力变化。

2

冷冻电镜结构解析

确定稳定化SKP复合物的三维结构,揭示KRAS与SHOC2/PP1C的相互作用界面。

使用氧化石墨烯网格制备冷冻电镜样品,收集数据并处理,获得3.0 Å分辨率重建。

3

SKP与SMP结构比较分析

阐明KRAS与MRAS形成三元复合物的亚型特异性差异及其与亲和力的关系。

将稳定化SKP结构与SMP结构(PDB 7TVF)叠加,使用PISA和PDBSum分析埋藏面积、盐桥和氢键差异。

4

RAS抑制剂对SKP和SMP组装的影响

评估MRTX1133和RMC-6236是否以及如何阻断SHOC2–RAS–PP1C复合物形成。

通过ITC检测抑制剂存在下SKP和SMP复合物的形成,并测定抑制剂与KRAS、MRAS的结合亲和力;解析KRAS-MRTX1133和MRASmut-MRTX1133晶体结构。

5

MRASmut工程化及双重抑制验证

验证通过突变使MRAS获得MRTX1133结合能力后,能否同时靶向SMP和SKP复合物。

构建MRAS四重突变体F74Y/R105H/F106Y/L109Q,检测MRTX1133结合及对SMP组装的抑制,并用体外去磷酸化实验检测催化活性。

6

细胞水平验证MRTX1133对MRASmut信号的影响

在细胞环境中验证MRTX1133能否抑制MRASmut介导的CRAF去磷酸化。

在RASless 293细胞中转染MRASmut-Q71L或MRAS-Q71L,用MRTX1133处理,通过免疫共沉淀和Western blot检测CRAF磷酸化状态。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
pDest-527载体Addgene1518
pDest-566载体Addgene11517
pDest-623载体Addgene161878
pDest-624载体Addgene161879
Bac-to-Bac系统Thermo Fisher Scientific--
镍琼脂糖高性能层析柱GE Healthcare--
Superdex S200 16/600层析柱Cytiva--
MBPTrap HP层析柱Cytiva--
GMPPNPJena Bioscience--
碱性磷酸酶琼脂糖珠Sigma--
PD-10脱盐柱Cytiva--
Quantifoil R2/2 200目金网格Quantifoil Micro Tools GmbH--
氧化石墨烯Graphene Supermarket, NY--
Vitrobot Mark IV冷冻制样仪ThermoFisher Scientific--
Titan Krios透射电子显微镜Thermo Fisher Scientific--
Gatan K3直接电子探测器Gatan Inc.--
ARI Crystal Phoenix机器人Hudson Lab Automation--
MicroCal PEAQ-ITC仪器Malvern Panalytical--
MRTX1133----
RMC6236Chemgood--
微囊藻毒素-LRSigma475821
96孔黑色测定板Corning3603
CRAF-CR2pS肽Biomatik--
孔雀石绿测定试剂盒SigmaMAK307
FLUOstar Omega酶标仪BMG Labtech--
JetOPTIMUS转染试剂----
Myc标签兔多克隆抗体Cell signaling technology2272
PP1α兔多克隆抗体Upstate06-221
FLAG兔多克隆抗体Sigma-AldrichF7425
CRAF小鼠单克隆抗体BD Biosciences610152
磷酸化S259 RAF1兔多克隆抗体Cell Signaling Technology9421
抗兔IgG DyLight 800抗体InvitrogenSA5-35571
抗小鼠IgG轻链Alexa Fluor 680抗体Jackson ImmunoResearch115-625-174

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
稳定化SKP复合物组装与ITC亲和力测定
突变组合(SHOC2-M173I、PP1CA-P50R、KRAS-Q61R)、缓冲液盐浓度(500 mM NaCl)和甘油浓度(5%)
阅读提示:Methods中“Binding affinity measurements using isothermal titration calorimetry”及Fig. 1d
冷冻电镜数据采集
复合物浓度(0.08 mg/mL)、网格类型(Quantifoil R2/2 200目金网格覆盖氧化石墨烯)、像素尺寸(0.873 Å)和总剂量(52.3 e−/Ų)
阅读提示:Methods中“Cryo-EM sample preparation and data acquisition”
RAS抑制剂对SKP/SMP组装的抑制(ITC)
抑制剂浓度(MRTX1133或RMC6236-CypA 40 μM)、SHOC2浓度(400 μM)、DMSO终浓度(5% v/v)
阅读提示:Methods中“Binding affinity measurements using isothermal titration calorimetry”及Figs. 5c、6b、7d
体外去磷酸化实验
PP1CA浓度(1 nM)、SHOC2浓度(1 μM)、RAS浓度(1 μM)、底物CRAF CR2-pS肽序列和终浓度(10 μM)、反应时间点(0-60 min)
阅读提示:Methods中“Phosphatase assays”及Fig. 7f-i
细胞实验(RASless 293细胞)
MRTX1133处理浓度(3 μM)和时间(4小时)、转染质粒(pDest302-EF1-3X FLAG-MRAS Q71L和pDest-Myc-SHOC2)
阅读提示:Methods中“Transfection and co-immunoprecipitation”及Supplementary Fig. 9