外源性刺激对Evi1+ HSPC的影响
比较5-FU、poly(I:C)、TPO和RP对Evi1+造血干祖细胞数量和细胞周期的影响
给Evi1GFP/+或KME小鼠单次注射5-FU、poly(I:C)、TPO或RP,流式细胞术分析LT-HSC、MPP1-4中Evi1表达及细胞周期,并用全骨成像观察GFP+Kit+细胞密度
Thrombopoietin increases susceptibility for EVI1 + KMT2A-MLLT3-driven AML expressing stem cell genes linked to poor outcome.
包含Evi1-GFP报告小鼠模型、骨髓移植、CITE-seq、RNA-seq及人AML细胞系敲低功能验证等多个独立证据层级和功能验证。
iKMT2A-MLLT3;Evi1-IRES-GFP(KME)小鼠 人KMT2A重排AML细胞系OCI-AML4 人AML细胞系MOLM-13、THP-1、HL-60 四个大型人AML患者队列(TARGET、BEAT、LEUCEGENE、ST.JUDE)
TPO单次腹腔注射剂量200 μg/kg BW,48小时后分析 5-FU单次腹腔注射150 mg/kg BW,3天和6天后分析 poly(I:C)单次腹腔注射10 mg/kg BW,24小时后分析 移植实验:每只受体验证移植103个LT-HSC或MPP1,受体验证为致死剂量照射(2×6 Gy)的CD45.1+野生型小鼠 DOX诱导条件:饮用水500 μg/ml或食物 pellets 1.2 mg/day
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较5-FU、poly(I:C)、TPO和RP对Evi1+造血干祖细胞数量和细胞周期的影响
给Evi1GFP/+或KME小鼠单次注射5-FU、poly(I:C)、TPO或RP,流式细胞术分析LT-HSC、MPP1-4中Evi1表达及细胞周期,并用全骨成像观察GFP+Kit+细胞密度
验证TPO刺激是否增加HSC来源细胞的克隆形成能力及iKMT2A-MLLT3诱导的转化
从TPO或PBS注射后48小时的KME小鼠分选Evi1high LT-HSC和Evi1high MPP1,在甲基纤维素培养基中培养并计数集落类型
验证TPO预处理是否加速HSC来源的iKMT2A-MLLT3 AML发病
将TPO或PBS处理后48小时的KME小鼠LT-HSC或MPP1移植到致死照射的野生型受体,监测疾病潜伏期、脾重、Evi1+白血病细胞比例
探究TPO在早期对iKMT2A-MLLT3 HSPC转录组和表观表面的影响
TPO或PBS处理后48小时分离Flt3- LSK细胞,DOX诱导2或5天后进行CITE-seq,分析差异表达基因和通路
鉴定TPO刺激HSC来源小鼠Evi1+ AML与人EVI1+ AML共有的差异表达基因
对来自TPO或PBS处理的小鼠iKMT2A-MLLT3 AML细胞进行RNA-seq,并与四个公共人AML队列(TARGET、BEAT、LEUCEGENE、ST.JUDE)的EVI1high vs EVI1intermediate差异基因比较
验证MECOM、IL12Rβ2、INPP4B等候选基因对AML细胞生长和克隆形成的依赖
在OCI-AML4、MOLM-13、THP-1、HL-60细胞中表达可诱导shRNA靶向MECOM、MPL、IL12Rβ2、INPP4B、HOXA9,检测液体培养生长和甲基纤维素集落形成
验证Mecom和Il12rb2敲低对原代Evi1high iKMT2A-MLLT3 AML细胞克隆形成的影响
从TPO刺激的KME小鼠来源的Evi1high iKMT2A-MLLT3 AML细胞中表达靶向Mecom或Il12rb2的shRNA,在甲基纤维素中培养并计数集落
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 外源性刺激 | 5-氟尿嘧啶 | Sigma-Aldrich, Merck | F-6627 |
| 聚肌胞苷酸 | Sigma-Aldrich, Merck | P1530 | |
| 血小板生成素(小鼠TPO) | PeproTech, Thermo Fisher Scientific | 315-14 | |
| 罗米司亭 | Amgen | -- | |
| 集落形成实验 | MethoCult M3534培养基 | STEMCELL Technologies | -- |
| MethoCult H4534培养基 | STEMCELL Technologies | -- | |
| 多西环素 | Clontech, Takara Bio | 631311 | |
| 流式细胞术 | BD LSR Fortessa流式细胞仪 | BD | -- |
| 流式细胞分选 | BD FACS ARIA III流式细胞分选仪 | BD | -- |
| 细胞周期分析 | BD Cytofix/Cytoperm固定和透化溶液试剂盒 | BD Biosciences | 554714 |
| DAPI | Sigma-Aldrich, Merck | D9564 | |
| RNA提取 | Quick-RNA Microprep试剂盒 | Zymo Research | R1050 |
| Quick-RNA Miniprep试剂盒 | Zymo Research | R1054 | |
| cDNA合成 | 高容量cDNA逆转录试剂盒 | Applied Biosystems, Thermo Fisher Scientific | 4368814 |
| 逆转录病毒转导 | Jetprime转染试剂 | Polyplus | R101000046 |
| 聚凝胺 | Sigma-Aldrich, Merck | 107689 | |
| Western blot | SuperSignal West Femto最高灵敏度底物 | Thermo Fisher Scientific | 34095 |
| 骨髓成像 | RapiClear 1.52透明化试剂 | Sunjin Lab | RC152001 |
| 骨髓移植 | Gammacell 40 Exactor辐照仪 | Best Theratronics | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 外源性刺激处理 | 5-FU、poly(I:C)、TPO和Romiplostim的给药剂量、途径和时间点(如TPO 200 μg/kg BW i.p. 48h;5-FU 150 mg/kg BW i.p. 3/6天;poly(I:C) 10 mg/kg BW i.p. 24h) 阅读提示:Methods 'Exogenous stimuli'小节 |
| 骨髓移植实验 | 移植细胞数量(103个LT-HSC或MPP1)、受体照射剂量(2×6 Gy)、支持骨髓细胞数量(2×106)、DOX提供方式(500 μg/ml饮水或1.2 mg/day食物) 阅读提示:Methods 'BM transplantation'小节及Fig. 2D图注 |
| 集落形成实验 | 接种细胞密度(小鼠104/2ml,人细胞系未明确说明)、培养基类型(M3534或H4534)、DOX浓度(1 μg/ml)、培养时间(8-10天或14天) 阅读提示:Methods 'Colony forming assays'小节及Fig. 6图注 |
| shRNA敲低实验 | shRNA诱导条件(DOX 1 μg/ml处理72小时)、每个靶基因shRNA数量(至少2个)、验证实验重复数(2个独立系列,INPP4B除外) 阅读提示:Methods 'Preparation of retroviral supernatants and knockdown'小节及Fig. 6图注 |
| 单细胞RNA测序 | 细胞分选策略(Flt3- LSK)、DOX诱导时间(2天或5天)、CITE-seq抗体和HTO标记、测序平台(10x Genomics) 阅读提示:Methods 'Single-cell RNA sequencing: experimental design'和'analysis'小节及Fig. 3A图注 |