筛选并验证骨内成骨相关lncRNA
鉴定在成骨中上调、在骨质疏松中下调且功能保守的lncRNA。
再分析GSE174794与GSE184226,筛选得到lnc-Snhg18,并用qRT-PCR、Northern blot、单细胞RNA-seq及骨缺损模型验证其表达。
Snhg18 regulates Yap subcellular localization to maintain bone homeostasis.
含公共组学再分析、体外BMSCs、条件敲除小鼠、OVX与失用模型及AAV回补,并有机制验证
小鼠BMSCs 人下颌骨BMSCs LepR-Cre;Snhg18fl/fl条件敲除小鼠 OVX与失用诱导骨质疏松小鼠模型
LepR⁺细胞特异性Snhg18敲除后股骨BV/TV、Tb.Th下降及Yap细胞质滞留 lnc-Snhg18直接结合Cav1与Ywhah并增强Cav1–Ywhah复合物 lnc-Snhg18敲低导致Yap核转位受损且Yap磷酸化升高 AAV9递送剪接型lnc-Snhg18(4×10¹¹ GC/只,尾静脉)恢复OVX及失用模型骨量 Snord123过表达不能恢复cKO小鼠骨量
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定在成骨中上调、在骨质疏松中下调且功能保守的lncRNA。
再分析GSE174794与GSE184226,筛选得到lnc-Snhg18,并用qRT-PCR、Northern blot、单细胞RNA-seq及骨缺损模型验证其表达。
验证lnc-Snhg18对BMSCs成骨分化的功能影响。
ASO敲低及慢病毒过表达lnc-Snhg18后检测Sp7、Runx2、Osterix、ALP、茜素红、Von Kossa及Masson染色。
寻找介导lnc-Snhg18调控成骨的蛋白伴侣。
生物素标记RNA pull-down结合LC-MS/MS、银染、Western blot、RIP、EMSA、RNA-FISH/IF及Co-IP验证Cav1与Ywhah结合。
验证lnc-Snhg18通过Cav1–Ywhah–Yap轴促进Yap核转位。
在MC3T3-E1及小鼠骨组织中Co-IP检测Cav1、Ywhah、Yap相互作用;活细胞成像与Western blot检测Yap定位及磷酸化。
验证lnc-Snhg18在骨稳态、骨修复及骨质疏松中的体内作用。
构建LepR-Cre;Snhg18fl/fl小鼠,进行micro-CT、组织学、免疫荧光;用AAV9递送剪接型lnc-Snhg18进行回补及OVX与失用模型干预。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养与转染 | RiboFECT™ CP转染试剂 | RiboBio | C10502 |
| 慢病毒感染 | 聚凝胺 | Sigma | TR1003 |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | Sigma | P8833 |
| 质粒转染 | Lipo8000™转染试剂 | Beyotime | C0533 |
| Lipo293F™ Plus转染试剂 | Beyotime | C0519 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596018 |
| cDNA合成 | RevertAid第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Scientific | K1622 |
| RT-qPCR | PowerTrack™ SYBR Green预混液 | Applied Biosystems | A46109 |
| 细胞裂解 | RIPA裂解液 | Beyotime | P1005 |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Scientific | A55860 |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 |
| 兔抗Osterix抗体 | Abcam | ab209484 | |
| 兔抗磷酸化Yap (Ser127)抗体 | CST | 13008 | |
| 兔抗Yap抗体 | CST | 14074 | |
| 兔抗Cav1抗体 | CST | 3267 | |
| 兔抗Ywhah抗体 | Proteintech | 15222-1-AP | |
| RNA pull-down | Transcript Aid T7高产量转录试剂盒 | Thermo Scientific | AM1334 |
| Pierce™ RNA 3′端去硫生物素标记试剂盒 | Thermo Scientific | 20163 | |
| EASY-nLC 1000系统 | Thermo Scientific | -- | |
| Orbitrap Fusion Lumos质谱仪 | Thermo Scientific | -- | |
| EMSA | LightShift™化学发光RNA EMSA试剂盒 | Thermo Scientific | 20158 |
| 核质分离 | PARIS试剂盒 | Thermo Scientific | AM1921 |
| RNA-FISH | 荧光原位杂交试剂盒 | RiboBio | C10910 |
| RNA免疫沉淀 | Magna RIP试剂盒 | Millipore | 17700 |
| 免疫共沉淀 | Pierce经典磁珠免疫沉淀/共沉淀试剂盒 | Thermo Scientific | 88804 |
| 抗V5磁珠 | MBL | M215-11 | |
| 抗Flag磁珠 | Bimake | B26101 | |
| 免疫荧光 | 兔抗Yap抗体 | CST | 14074 |
| 山羊抗LepR抗体 | R&D | AF497 | |
| 活细胞成像 | Yap-EGFP表达质粒 | -- | -- |
| Nikon Ti2倒置荧光显微镜 | Nikon | -- | |
| micro-CT | μCT-50微型CT | Scanco Medical | -- |
| 骨质疏松模型递送 | AAV9载体 | -- | -- |
| 动态骨形态计量 | 钙黄绿素 | Sigma | C0875 |
| 茜素-3-甲基亚氨基二乙酸 | Sigma | A5533 | |
| Von Kossa染色 | 钙染色试剂盒 | Solarbio | G1043 |
| Masson染色 | Masson三色染色试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | D026 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体外成骨分化与敲低/过表达 | 小鼠BMSCs传至第3代;ASO每3天转染一次;慢病毒MOI 100并含8 µg/mL polybrene;成骨诱导时间与检测终点 阅读提示:Methods的Isolation of mouse bone marrow stromal cells与Cell transfection小节,Fig. 2图注 |
| RNA pull-down与质谱鉴定 | 成骨诱导14天、500 μg裂解物、30 pmol生物素RNA;候选蛋白筛选阈值(sense>0、antisense=0、≥2个iBAQ肽) 阅读提示:Methods的RNA pull-down assay and mass spectrometry小节,Supplementary Fig. 5与Supplementary Data 2 |
| EMSA结合特异性 | 10 pmol生物素RNA与10或20 μg蛋白;突变体为删除三个稳定茎环;竞争实验使用未标记lnc-Snhg18 阅读提示:Methods的Electrophoretic mobility shift assay小节,Fig. 3f与Supplementary Fig. 6 |
| 条件敲除小鼠体内表型 | LepR-Cre;Snhg18fl/fl品系与基因型鉴定;雄鼠12周龄、雌鼠12/16/20周龄;每组动物数 阅读提示:Methods的Animal models小节,Fig. 5图注 |
| AAV9递送与骨质疏松模型 | 尾静脉注射4×10¹¹ GC/只;OVX后6周注射、注射后7周分析;失用模型AAV后4周拔牙、4周后取材 阅读提示:Methods的In vivo AAV9 administration与Animal models小节,Fig. 7a、7h图注 |