鉴定MIIP为A-C连接子新组分
确定MIIP是否定位于A-C连接子区域
在U2OS细胞中通过免疫荧光和U-ExM/iU-ExM分析MIIP的纵向和径向定位,并与CCDC77、WDR67比较;通过时间序列重建监测MIIP在 procentriole 组装中的招募。
The A-C linker controls centriole structural integrity and duplication.
使用U-ExM/iU-ExM定位、siRNA敲低与回补、TEM超微结构、共免疫沉淀及功能复制实验等多层级验证
人骨肉瘤U2OS细胞系 人视网膜色素上皮hTERT RPE-1细胞系 人胚胎肾HEK293T细胞系
siRNA转染浓度20 nM,首次转染后48小时二次转染,首次转染后96小时(siCEP295为72小时)分析 RNAi抗性GFP-CCDC77-RR、GFP-WDR67-RR、GFP-MIIP-RR回补实验使用1 µg/mL多西环素诱导96小时 U-ExM凝胶化使用含10%丙烯酰胺、19%丙烯酸钠、0.1% BIS的单体溶液,37°C聚合30分钟 TEM样品固定于2%多聚甲醛/2.5%戊二醛的100 mM二甲胂酸盐缓冲液(pH 7.2),切片厚度70 nm 共免疫沉淀使用GFP-Trap磁珠4°C过夜孵育,Western blot检测GFP(1:3000)或mCherry(1:2000)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定MIIP是否定位于A-C连接子区域
在U2OS细胞中通过免疫荧光和U-ExM/iU-ExM分析MIIP的纵向和径向定位,并与CCDC77、WDR67比较;通过时间序列重建监测MIIP在 procentriole 组装中的招募。
检验CCDC77、WDR67和MIIP是否相互依赖定位并形成复合物
用siRNA分别敲低CCDC77、WDR67或MIIP,通过U-ExM检测其余蛋白的定位变化;进行微管位移实验和共免疫沉淀实验分析相互作用。
确定A-C连接子是否直接参与纤毛形成
在RPE1细胞中敲低CCDC77、WDR67或MIIP,计数乙酰化微管蛋白阳性纤毛细胞比例和纤毛长度。
检验A-C连接子是否维持微管三联体黏附
在U2OS细胞中敲低CCDC77、WDR67或MIIP,通过U-ExM和TEM观察中心粒断裂和超微结构;进行双敲低和回补实验。
确定A-C连接子和内支架是否共同维持中心粒结构
共敲低WDR67和POC5,通过U-ExM定量中心粒断裂比例;检测CEP135、CEP44、SPICE、POC5等结构标记的定位变化。
确定A-C连接子缺失是否影响中心粒复制
敲低CCDC77、WDR67或MIIP后,通过免疫荧光计数有丝分裂期centrin点,通过U-ExM计数procentriole;检测CEP63、CEP152、PLK4、SAS-6的招募。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Dulbecco改良Eagle培养基 | -- | -- |
| GlutaMAX添加剂 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素和链霉素 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Life Technology | -- |
| Lipofectamine RNAi MAX转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| jetPRIME转染试剂 | Polyplus-transfection | -- | |
| 细胞培养 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| U-ExM | 甲醛 | SIGMA | F8775 |
| 丙烯酸钠 | SIGMA | 408220 | |
| 丙烯酸钠 | AK Scientific | 7446-81-3 | |
| 多聚-D-赖氨酸 | Gibco | A3890401 | |
| 共免疫沉淀 | GFP-Trap试剂盒 | Chromotek | -- |
| 细胞裂解缓冲液 | Cell Signaling Technology | 9803 | |
| Mini-Protean TGX凝胶 | Bio-Rad | 4561094 | |
| iBlot转膜系统 | Invitrogen/Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 兔GFP抗体 | Torrey Pines | TP-401 | |
| 小鼠mCherry抗体 | Abcam | ab167453 | |
| 山羊抗小鼠辣根过氧化物酶 | Thermo Fisher Scientific | 31431 | |
| 山羊抗兔辣根过氧化物酶 | Thermo Fisher Scientific | 31468 | |
| Amersham ImageQuant 800成像仪 | -- | 29399481 | |
| siRNA敲低 | silencer select阴性对照siRNA1 | Thermo Fisher | 4390843 |
| CCDC77 siRNA | Thermo Fisher | s38908 | |
| WDR67 siRNA | Thermo Fisher | s228498 | |
| MIIP siRNA | Thermo Fisher | s34150 | |
| POC5 siRNA | -- | AD39Q91 | |
| CEP295 siRNA | Thermo Fisher | s229743 | |
| 免疫荧光 | α-微管蛋白抗体 | abcd antibodies | AA345 scFv-F2C |
| β-微管蛋白抗体 | abcd antibodies | AA344 scFv-S11B | |
| 乙酰化微管蛋白抗体 | Merck Sigma-Aldrich | T7451 | |
| CCDC77抗体 | Proteintech | 26369-1-AP | |
| WDR67抗体 | Atlas antibodies | HPA023710 | |
| MIIP抗体 | Proteintech | 20630-1-AP | |
| CEP295抗体 | Atlas antibodies | HPA038596 | |
| WDR8抗体 | Proteintech | 27628-1-AP | |
| Centrin抗体 | Merck Millipore | 04-1624 | |
| CEP63抗体 | Proteintech | 16268-1-AP | |
| CEP44抗体 | Proteintech | 24457-1-AP | |
| CP110抗体 | Proteintech | 12780-1-AP | |
| POC5抗体 | Bethyl | A303-341A | |
| CEP135抗体 | Proteintech | 24428-1-AP | |
| C2CD3抗体 | Atlas antibodies | HPA038552 | |
| SPICE抗体 | Bethyl | A303-272A | |
| CEP164抗体 | Proteintech | 22227-1-AP | |
| CEP152抗体 | Thermo Fisher Scientific | A302-479A | |
| PLK4抗体 | Proteintech | 28750-1-AP | |
| SAS6抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-81431 | |
| Western blot | β-肌动蛋白抗体 | Proteintech | 66009-1-1 |
| 免疫荧光 | 抗豚鼠568二抗 | Invitrogen ThermoFisher | A11075 |
| 抗豚鼠488二抗 | Invitrogen ThermoFisher | A11073 | |
| 抗豚鼠Cy5二抗 | Jackson Immuno Research | 706-175-148 | |
| 抗兔488二抗 | Invitrogen ThermoFisher | A11008 | |
| 抗兔568二抗 | Invitrogen ThermoFisher | A11036 | |
| 抗兔647二抗 | Invitrogen ThermoFisher | A21245 | |
| 抗小鼠568二抗 | Invitrogen ThermoFisher | A11004 | |
| Western blot | 抗兔HRP二抗 | Invitrogen ThermoFisher | 31466 |
| 抗小鼠HRP二抗 | Invitrogen ThermoFisher | 31431 | |
| 免疫荧光 | Fluoromount-G封片剂 | SouthernBiotech | 0100-01 |
| EdU检测 | Click-iT EdU Alexa Fluor 647细胞增殖检测试剂盒 | Invitrogen | C10340 |
| TEM | Leica UC7超薄切片机 | Leica | -- |
| DiATOME钻石刀 | DiATOME | -- | |
| Talos L120C透射电子显微镜 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| siRNA敲低 | siRNA浓度20 nM;首次转染后48小时二次转染;首次转染后96小时分析(siCEP295为72小时) 阅读提示:Methods中“siRNA-mediated protein depletion and rescue experiments”小节 |
| 回补实验 | RNAi抗性GFP-CCDC77-RR、GFP-WDR67-RR、GFP-MIIP-RR稳定细胞系;1 µg/mL多西环素诱导96小时 阅读提示:Methods中“siRNA-mediated protein depletion and rescue experiments”小节 |
| U-ExM | 锚定液2%丙烯酰胺+1.4%甲醛,37°C 3小时;凝胶化单体溶液10%丙烯酰胺、19%丙烯酸钠、0.1% BIS,37°C 30分钟;变性缓冲液200 mM SDS、200 mM NaCl、50 mM Tris,pH 9,95°C 1.5小时 阅读提示:Methods中“U-ExM protocol”小节 |
| TEM | 固定液2%多聚甲醛/2.5%戊二醛的100 mM二甲胂酸盐缓冲液(pH 7.2),室温2小时;切片厚度70 nm 阅读提示:Methods中“Transmission Electron Microscopy (TEM)”小节 |
| 共免疫沉淀 | GFP-Trap磁珠4°C过夜孵育;GFP抗体1:3000,mCherry抗体1:2000;HRP二抗1:5000 阅读提示:Methods中“Coimmunoprecipitation experiments”小节 |