建立B7-H4表达肿瘤模型并验证免疫抑制功能
明确内源性B7-H4在免疫健全小鼠肿瘤模型中的免疫抑制作用
建立4H11(WT和B7-H4-KO)及4T1(EV和B7-H4-OE)皮下肿瘤模型,比较肿瘤生长和肿瘤浸润CD8+ T细胞表型;用anti-CD8 mAb清除CD8+ T细胞。
Palmitoylation prevents B7-H4 lysosomal degradation sustaining tumor immune evasion.
包含体外细胞系、小鼠同种移植肿瘤模型、患者卵巢癌组织及多种功能与机制验证
人乳腺癌细胞系MDA-MB-468、T-47D、SK-BR-3、MCF7 小鼠乳腺癌细胞系4H11、4T1、Py230、MMTV-PyMT 小鼠同种移植肿瘤模型(C57BL/6、BALB/c、FVB/NJ) 人高级别浆液性卵巢癌患者组织样本
动物模型:4H11(3×10^6细胞)、4T1、PyMT(2×10^6细胞)、CT26(1×10^5细胞)皮下接种于相应品系雌鼠 Abemaciclib体内给药:75 mg/kg溶于20% PEG400,口服灌胃,每2天一次 CD8+ T细胞清除:anti-CD8 mAb 10 mg/kg腹腔注射,每3天一次 体外处理:2-BP 100 μM、abemaciclib 1 μM、bafilomycin A1 100 nM、E64d 20 μM+pepstatin A 10 μM处理24 h 溶酶体抑制剂与蛋白酶体抑制剂对照:bafilomycin A1/E64d+pep A vs MG132
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
明确内源性B7-H4在免疫健全小鼠肿瘤模型中的免疫抑制作用
建立4H11(WT和B7-H4-KO)及4T1(EV和B7-H4-OE)皮下肿瘤模型,比较肿瘤生长和肿瘤浸润CD8+ T细胞表型;用anti-CD8 mAb清除CD8+ T细胞。
鉴定哪种PTM调控B7-H4蛋白稳定性
在MDA-MB-468细胞中用多种PTM抑制剂处理,流式检测B7-H4-GFP信号;用2-BP、palmostatin B、cerulenin处理多种乳腺癌细胞,免疫印迹检测B7-H4。
确认B7-H4是否被棕榈酰化以及棕榈酰化缺陷是否导致溶酶体降解
ABE法和Click-iT检测B7-H4棕榈酰化;CHX chase分析蛋白半衰期;溶酶体/蛋白酶体抑制剂 rescue实验;细胞表面B7-H4检测。
确定催化B7-H4棕榈酰化的酶和关键氨基酸位点
质谱鉴定棕榈酰化位点;构建Cys→Ala突变体进行ABE;筛选23种PATs的mRNA表达;ABE筛选和Co-IP验证ZDHHC3与B7-H4相互作用;ZDHHC3敲低/过表达检测B7-H4蛋白。
明确ZDHHC3通过稳定B7-H4抑制抗肿瘤免疫
4H11细胞敲低ZDHHC3后皮下接种免疫健全小鼠,检测肿瘤生长和肿瘤浸润CD8+ T细胞表型。
确定abemaciclib是否通过增强溶酶体功能降解B7-H4且不依赖CDK4/6
LysoTracker检测溶酶体丰度;RNA-seq分析溶酶体相关基因;免疫印迹检测B7-H4;CHX chase;溶酶体抑制剂rescue;比较abemaciclib、palbociclib、ribociclib效果;nocodazole同步细胞周期。
明确abemaciclib在体内降低B7-H4蛋白、增强抗肿瘤免疫并抑制肿瘤生长
MMTV-PyMT和CT26(EV或B7-H4-OE)皮下肿瘤模型,abemaciclib口服给药,检测肿瘤生长、B7-H4蛋白和肿瘤浸润CD8+ T细胞。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 2-溴棕榈酸 | Sigma | 238422 |
| 棕榈酸酯酶B | Sigma | 178501 | |
| MG132 | Sigma | 474791 | |
| 衣霉素 | Cayman Chemical | 11445 | |
| 浅蓝菌素 | Cayman Chemical | 10005647 | |
| E-64d | Cayman Chemical | 13533 | |
| 胃蛋白酶抑制剂A | Cayman Chemical | 9000469 | |
| 巴弗洛霉素A1 | Cayman Chemical | 11037 | |
| 帕博西利 | Cayman Chemical | PD0332991 | |
| 瑞博西利 | Cayman Chemical | 17666 | |
| 诺考达唑 | Cayman Chemical | 13857 | |
| 阿贝西利 | Selleckchem | S5716 | |
| 棕榈酰化检测 | 15-叠氮十五烷酸 | Thermo Fisher Scientific | C10265 |
| HPDP-生物素 | Thermo Fisher Scientific | A35390 | |
| 细胞活力检测 | 阿尔玛蓝 | Thermo Fisher Scientific | DAL1025 |
| 溶酶体检测 | 溶酶体红色探针DND-99 | Thermo Fisher Scientific | L7528 |
| 内吞实验 | 荧光素葡聚糖 | Thermo Fisher Scientific | D1845 |
| pHrodoRed转铁蛋白偶联物 | Thermo Fisher Scientific | P35376 | |
| 动物实验 | 阿贝西利 | -- | Verzenio |
| CD8+ T细胞清除 | 抗小鼠CD8抗体 | BioXCell | BE0117 |
| 免疫球蛋白G | BioXCell | BE0090 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 11965-092 |
| 胎牛血清 | Gibco | 10082147 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| RPMI 1640培养基 | -- | -- | |
| 免疫印迹 | 兔抗B7-H4抗体 | Abcam | ab209242 |
| 兔抗Actin抗体 | Cell Signaling Technology | 4967 | |
| 小鼠抗Flag抗体 | Genescript | A01429-100 | |
| 兔抗Tubulin抗体 | Cell Signaling Technology | 2144 | |
| 小鼠抗GAPDH抗体 | Santa Cruz | sc-32233 | |
| 兔抗Vinculin抗体 | Cell Signaling Technology | 4650 | |
| 兔抗Na,K-ATPase α1抗体 | Cell Signaling Technology | 3010 | |
| HRP标记二抗 | Vector Laboratories | PI-9400-1, PA-9200-1.5 | |
| Clarity和Clarity Max Western ECL印迹底物 | Bio-Rad | 1795060 | |
| 硝酸纤维素膜 | BioRad | 1620145 | |
| 1× RIPA裂解液 | Thermo Fisher Scientific | 89900 | |
| Halt蛋白酶抑制剂混合物 | Thermo Fisher Scientific | 78429 | |
| Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23225 | |
| 上样缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | 1610747 | |
| 细胞表面蛋白分离 | Pierce细胞表面生物素化与分离试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | A44390 |
| NeutrAvidin琼脂糖 | Thermo Fisher Scientific | 29201 | |
| 免疫共沉淀 | Pierce抗DYKDDDDK磁珠 | Thermo Fisher Scientific | A36797 |
| Protein A/G Plus琼脂糖 | Santa Cruz | sc-2003 | |
| Pierce IP裂解液 | Thermo Fisher Scientific | 87787 | |
| Halt蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Thermo Fisher Scientific | 78440 | |
| ABE实验 | 羟胺 | Thermo Fisher Scientific | 438227 |
| N-乙基马来酰亚胺 | Sigma | E3876 | |
| Click-iT实验 | Click-iT蛋白反应缓冲液试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | C10276 |
| 链霉亲和素磁珠 | Thermo Fisher Scientific | 20347 | |
| 流式细胞术 | 小鼠CD45抗体 | BD Biosciences | Clone 30-F11 |
| 小鼠CD90抗体 | BD Biosciences | Clone 53-2.1 | |
| 小鼠CD3抗体 | Thermo Fisher Scientific | 16-0031-82 | |
| 小鼠CD8抗体 | BD Biosciences | Clone 53-6.7 | |
| 小鼠IFN-γ抗体 | BD Biosciences | Clone XMG1.2 | |
| 小鼠TNF-α抗体 | BD Biosciences | Clone MP6-XT22 | |
| 小鼠TCF-1抗体 | BD Biosciences | Clone S33-966 | |
| 小鼠TOX抗体 | Miltenyi | Clone REA473 | |
| RNA-seq | Direct-zol RNA小量制备试剂盒 | Zymo Research | R250 |
| RT-qPCR | Direct-zol RNA小量制备试剂盒 | Zymo Research | R2050 |
| RevertAid第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | K1621 | |
| SYBR Green PCR预混液 | Invitrogen | 4309155 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | L3000015 |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | GoldBio | P-600-100 |
| 密度梯度离心 | Ficoll分离液 | StemCell | 07851 |
| 质粒构建 | lentiCRISPR v2载体 | Addgene | 52961 |
| pHIV-EGFP载体 | Addgene | 21373 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型与肿瘤建立 | 细胞接种数量(4H11 3×10^6、PyMT 2×10^6、CT26 1×10^5)、小鼠品系和周龄、皮下接种部位 阅读提示:Methods 'Animal models and tumor establishment'及对应Figure legends |
| Abemaciclib体内给药 | 剂量75 mg/kg、溶剂20% PEG400、给药途径口服灌胃、给药频率每2天一次、起始时间接种后3天 阅读提示:Methods 'Animal models and tumor establishment'及Fig. 5 legend |
| CD8+ T细胞清除 | anti-CD8 mAb 10 mg/kg、isotype 10 mg/kg、腹腔注射、接种后7天开始、每3天一次 阅读提示:Methods 'Animal models and tumor establishment'及Fig. 1n legend |
| 体外药物处理 | 2-BP 100 μM、abemaciclib 1 μM、palbociclib 1 μM、ribociclib 1 μM、nocodazole 1 μM、处理时间24 h;bafilomycin A1 100 nM、E64d 20 μM、pepstatin A 10 μM 阅读提示:Methods 'Reagents'及Fig. 2、Fig. 4 legends |
| 棕榈酰化检测(ABE和Click-iT) | 2-BP处理浓度100 μM和时间24 h;15-Azidopentadecanoic Acid 100 μM处理6 h 阅读提示:Methods 'Acyl-biotin-exchange Assay'和'Click-iT Assay'及Fig. 2g,h legend |
| CHX chase实验 | CHX浓度(文中未明确说明)、abemaciclib 1 μM、2-BP 100 μM、检测时间点 阅读提示:Methods 'Reagents'及Fig. 2i,j、Fig. 4g legends |
| 流式细胞术检测肿瘤浸润免疫细胞 | 抗体克隆号、刺激条件(PMA 5 ng/ml、ionomycin 500 ng/ml、Brefeldin A 1:1000、Monensin 1:1000、37°C 4 h) 阅读提示:Methods 'Flow cytometry analysis (FACS)'及Fig. 1、Fig. 3、Fig. 5 legends |