微波兼容的凝胶化学与锚定策略开发
建立可微波加速的凝胶化和锚定条件,以实现快速扩张。
测试丙烯酰胺/双丙烯酰胺凝胶配方,优化AA和bis浓度;验证甲基丙烯酸酯-琥珀酰亚胺酯(AcX)锚定在微波下的效果,并最终采用30% AA+4% PFA锚定策略;通过碱性水解将酰胺基团转化为羧基。
BOOST: a robust ten-fold expansion method on hour-scale.
包含培养细胞、组织切片、FFPE、类器官和淋巴结等多模型,并进行形态、免疫和扩张因子验证。
U2-OS培养细胞 小鼠组织切片(脑、肝、肾等) 小鼠和人类FFPE切片 气道类器官和完整淋巴结
微波辅助凝胶化与水解的化学条件(AA/bis浓度、pH、时间) 锚定策略验证(30% AA+4% PFA vs AcX) 扩张因子和凝胶机械性能(变形指数) 免疫染色后抗体特异性和扩张保真度(测量误差) FFPE样本抗原修复步骤的必要性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立可微波加速的凝胶化和锚定条件,以实现快速扩张。
测试丙烯酰胺/双丙烯酰胺凝胶配方,优化AA和bis浓度;验证甲基丙烯酸酯-琥珀酰亚胺酯(AcX)锚定在微波下的效果,并最终采用30% AA+4% PFA锚定策略;通过碱性水解将酰胺基团转化为羧基。
验证BOOST在培养细胞和薄组织切片中实现10倍扩张并保留超微结构。
对U2-OS细胞和小鼠组织切片进行锚定、凝胶化、变性水解和扩张;使用NHS酯和SYTOX Green染色,显微镜观察线粒体、突触、核孔等结构。
验证BOOST对高度交联的FFPE切片实现快速10倍扩张。
对小鼠肺肿瘤和人类前列腺癌FFPE切片进行脱蜡、微波抗原修复(Tris-EDTA pH 9,30分钟)、锚定、凝胶化、变性和扩张;NHS酯染色观察肿瘤形态和线粒体。
验证BOOST扩张后免疫染色兼容性及扩张引起的畸变程度。
对扩张后的细胞、组织切片和FFPE切片进行微波辅助免疫染色(α-tubulin、NUP153/96、keratin、CAV1等);比较扩张前后图像,计算测量误差和畸变。
验证BOOST对毫米级三维标本实现均匀10倍扩张。
对约500 µm气道类器官和毫米级完整淋巴结进行锚定、凝胶化、变性水解和扩张;使用NHS酯和SYTOX Green染色,3D成像观察整体形态和超微结构。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 变性 | 十二烷基硫酸钠 | Sigma-Aldrich | L3771 |
| 硼酸 | 3A | A01298 | |
| 染色 | ATTO 488 NHS酯 | ATTO-TEC | -- |
| ATTO 565 NHS酯 | ATTO-TEC | -- | |
| ATTO 647N NHS酯 | ATTO-TEC | -- | |
| SYTOX Green核酸染料 | Thermo Fisher | S7020 | |
| 免疫染色 | 兔多克隆抗α-微管蛋白抗体 | Proteintech | 11224-1-AP |
| 兔多克隆抗NUP98-NUP96抗体 | Proteintech | 12329-1-AP | |
| 兔多克隆抗NUP153抗体 | Proteintech | 14189-1-AP | |
| 兔多克隆抗PSMA/GCPII抗体 | Proteintech | 13163-1-AP | |
| 兔单克隆抗βIV微管蛋白抗体 | Abcam | EPR16776 | |
| 兔多克隆抗突触素抗体 | Proteintech | 17785-1-AP | |
| 兔多克隆抗ATPIF1抗体 | Proteintech | 12067-1-AP | |
| 兔多克隆抗波形蛋白抗体 | Proteintech | 10366-1-AP | |
| 兔多克隆泛角蛋白抗体 | Proteintech | 26411-1-AP | |
| 兔单克隆抗小窝蛋白-1 (D46G3) XP抗体 | Cell Signaling Technology | 3267S | |
| Alexa Fluor 647标记驴抗兔IgG | Abcam | ab150063 | |
| Alexa Fluor 568标记驴抗兔IgG | Abcam | ab175470 | |
| 微波处理 | PELCO BioWave® Pro+微波处理系统 | TED PELLA | 36700 |
| 组织切片 | easiSlicer振动切片机 | TED PELLA | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| FFPE预处理 | 二甲苯 | DUKSAN | UN1307 |
| 无水乙醇 | Scharlau | UN1170 | |
| 免疫染色 | Triton X-100 | Sigma-Aldrich | X100 |
| Tween20 | Sigma-Aldrich | P9416 | |
| 牛血清白蛋白 | ENERGY | 9998S | |
| 凝胶 | 丙烯酸钠 | Sigma-Aldrich | 408220 |
| 4-羟基TEMPO | Energy | E020145 | |
| 细胞培养 | 多聚-L-赖氨酸溶液 | Sigma-Aldrich | P8920 |
| 凝胶 | Sigmacote | Sigma-Aldrich | SL2 |
| 染色 | DAPI | Thermo Fisher | 62248 |
| 缓冲液 | 磷酸盐缓冲液 | Gibco | 10010023 |
| 氯化钠 | Sigma-Aldrich | S3014 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 微波辅助凝胶化 | AA和bis浓度(15% w/v AA/0.005% w/v bis或17.5% w/v AA/0.0075% w/v bis)、微波时间(10-30分钟)、真空环境 阅读提示:Methods中'BOOST monomer infiltration, anchoring, and gelation'小节及Supplementary Table 1 |
| 锚定 | 锚定溶液组成(含4% PFA和AA)、微波时间(5-30分钟)、真空环境 阅读提示:Methods中'BOOST monomer infiltration, anchoring, and gelation'小节及Supplementary Table 1 |
| 变性/水解 | 变性缓冲液(10% w/v SDS,0.05 M硼酸,pH 12)、微波时间(20-60分钟) 阅读提示:Methods中'BOOST denaturation and hydrolysis conversion'小节及Supplementary Table 1 |
| FFPE抗原修复 | 抗原修复缓冲液(Tris-EDTA pH 9)、微波时间30分钟 阅读提示:Methods中'FFPE sample preparation'小节及Supplementary Table 1 |
| 免疫染色 | 一抗稀释比例(1:100)、二抗稀释比例(1:150)、微波时间(10分钟)、封闭条件 阅读提示:Methods中'BOOST immunostaining after hydrolysis and denaturation'小节及Supplementary Table 1 |