NAFLD患者和小鼠模型中CHIP表达分析
验证CHIP表达是否与NAFLD进展相关
检测NASH患者肝活检组织及HFD或HFHFD喂养小鼠肝脏中CHIP的蛋白表达水平,并分析GEO数据库(GSE89632)中CHIP转录水平。
CHIP ameliorates nonalcoholic fatty liver disease via promoting K63- and K27-linked STX17 ubiquitination to facilitate autophagosome-lysosome fusion.
包含患者样本、肝细胞特异性敲除小鼠、细胞模型及AAV8过表达,并有功能与机制验证
肝细胞特异性CHIP敲除(H-KO)小鼠 HFD或HFHFD喂养的C57BL/6小鼠 HepG2细胞 NASH患者肝组织样本
H-KO小鼠在HFD(20周)或HFHFD(24周)喂养下的NAFLD表型及自噬标志物P62/LC3水平 STX17 K198R(小鼠K197R)突变体对CHIP介导的泛素化及STX17-SNAP29-VAMP8复合物形成的影响 CHIP介导的STX17 K63-和K27连接泛素化(使用K63/K27泛素突变体) AAV8介导的肝脏CHIP过表达对HFD(16周)或HFHFD(20周)诱导的NAFLD进展的影响 CHIP缺失或过表达对自噬流(RFP-GFP-LC3)和脂滴积累的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证CHIP表达是否与NAFLD进展相关
检测NASH患者肝活检组织及HFD或HFHFD喂养小鼠肝脏中CHIP的蛋白表达水平,并分析GEO数据库(GSE89632)中CHIP转录水平。
明确CHIP是否通过E3连接酶活性调控脂噬
在HepG2细胞中敲低或过表达CHIP及其突变体(H260Q、K30A),使用OA诱导脂滴积累,结合BafA1处理、RFP-GFP-LC3自噬流检测、Nile red/BODIPY染色和Western blot检测P62/LC3。
在体内验证CHIP缺失对NAFLD进展的影响
构建H-KO小鼠,分别给予NCD、HFD(20周)或HFHFD(24周),检测肝脏重量/体重比、组织学(H&E、Oil red O、f4/80、Sirius red)、肝TG/TC、血清ALT/AST、GTT/ITT及自噬标志物。
解析CHIP缺失对肝脏非实质细胞激活的影响
对HFD喂养的WT和H-KO小鼠肝脏进行单核RNA测序,分析肝细胞、HSCs、Kupffer细胞和T细胞的转录变化。
阐明CHIP调控STX17泛素化及SNARE复合物形成的分子机制
通过免疫共沉淀、免疫荧光、泛素化实验(使用K63/K27泛素突变体)和STX17点突变体(K198R等)确定CHIP介导的STX17泛素化类型和关键残基。
验证STX17 K198位点泛素化对脂噬和NAFLD的保护作用
HFD喂养小鼠10周后,通过尾静脉注射in-vivo-jetPEI递送HA-mSTX17-WT或HA-mSTX17-1KR质粒,检测肝脏脂质积累、自噬体/自噬溶酶体形成及STX17泛素化。
评估CHIP过表达对HFD或HFHFD诱导的NAFLD的改善作用
HFD喂养8周或HFHFD喂养10周后,尾静脉注射AAV8-GFP或AAV8-CHIP-GFP,继续喂养8或10周,检测肝脏表型、自噬标志物、STX17泛素化及SNARE复合物形成。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | 抗CHIP兔多克隆抗体 | Millipore Sigma | HPA041222 |
| 抗STX17兔多克隆抗体 | Invitrogen | PA5-40127 | |
| Western blot | CHIP (C-10)抗体 | Santa Cruz | sc-133083 |
| CHIP抗体 | Cell signaling technology | 2080 | |
| GAPDH抗体 | Cell signaling technology | 5714 | |
| P62抗体 | BD transduction | 610832 | |
| LC3抗体 | Sigma | L8918 | |
| β-ACTIN抗体 | Sigma | A5316 | |
| FLAG抗体 | Sigma | A8592 | |
| HA抗体 | Santa Cruz | sc-7392 | |
| AKT1 (2H10)抗体 | Cell signaling technology | 2967 | |
| 磷酸化AKT1 (S473)抗体 | Cell signaling technology | 9271 | |
| STX17抗体 | Abcam | ab229646 | |
| SNAP29抗体 | Santa Cruz | sc-390602 | |
| 泛素抗体 | Cell signaling technology | 14049 | |
| K63连接泛素抗体 | Cell signaling technology | 5621 | |
| K27连接泛素抗体 | Abcam | ab181537 | |
| ULK1抗体 | Cell signaling technology | 8054 | |
| mTOR抗体 | Cell signaling technology | 2983 | |
| BECN1抗体 | Cell signaling technology | 3738S | |
| ATG3抗体 | MBL | M133-3 | |
| ATG5抗体 | MBL | M153-3 | |
| AMPKα抗体 | Cell signaling technology | 2603 | |
| VPS34抗体 | Cell signaling technology | 4263 | |
| LAMP2A抗体 | Abcam | ab125068 | |
| c-Myc (9E10)抗体 | Santa Cruz | sc-40 | |
| GFP抗体 | Santa Cruz | sc8334 | |
| 免疫荧光 | Alexafluor偶联STX17抗体 | Santa Cruz | sc518187AF594 |
| Alexafluor偶联SNAP29抗体 | Santa Cruz | sc390602AF546 | |
| VAMP8抗体 | Abcam | ab202828 | |
| CHIP抗体 | Abcam | ab310058 | |
| Alexa 594山羊抗兔抗体 | Thermo | A11012 | |
| Alexa 488山羊抗小鼠IgG | Thermo | A28175 | |
| 细胞培养 | 巴弗洛霉素A1 | Sigma | 19-148 |
| 油酸 | Sigma | O1008 | |
| Hoechst 33342 | Invitrogen | H3570 | |
| 尼罗红 | Sigma | 19123 | |
| BODIPY 493/503 | Invitrogen | D3922 | |
| 组织学 | 伊红 | Sigma | 318906 |
| 天狼星红 | Abcam | ab246832 | |
| f4/80抗体 | Abcam | ab111101 | |
| 油红O | Sigma | O0625 | |
| Tissue-Tek O.C.T包埋剂 | SAKURA | 4583 | |
| RNA提取 | TRIzol | Invitrogen | BRL-15596-018 |
| qRT-PCR | QuantiTect SYBR Green PCR试剂盒 | Qiagen | 204143 |
| 肝TG/TC检测 | 甘油三酯定量比色/荧光试剂盒 | Biovision | K622-100 |
| 肝TC检测 | 总胆固醇和胆固醇酯比色/荧光检测试剂盒 | Biovision | K603-100 |
| 血清β-羟基丁酸检测 | β-羟基丁酸检测试剂盒 | Abcam | ab83390 |
| 血清胰岛素检测 | 大鼠/小鼠胰岛素ELISA | Sigma | EZRMI-13K |
| GTT | 葡萄糖 | Sigma | G8769 |
| ITT | 胰岛素 | Sigma | I9278 |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23225 |
| Western blot | 硝酸纤维素膜 | Amersham | 10600003 |
| 免疫共沉淀 | 蛋白G琼脂糖珠 | Sigma | 11243233001 |
| 泛素化实验 | N-乙基马来酰亚胺 | Sigma | E3876 |
| 体内基因递送 | 体内jetPEI转染试剂 | Polyplus | 101000030 |
| AAV8包装 | AAV8-CMV-GFP和AAV8-EF1α-mCHIP-CMV-GFP | Virovek Inc. | -- |
| 细胞培养 | Plasmocin | InvivoGen | -- |
| 转染 | 聚乙烯亚胺 | Sigma | 408727 |
| 病毒包装 | 聚凝胺 | Santacruz | sc-134220 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| H-KO小鼠NAFLD模型构建 | 小鼠性别(雄性)、年龄(8周龄)、饮食类型(HFD: 60% kcal fat, D12492; HFHFD: HFD+30%果糖水)、喂养时长(HFD 20周,HFHFD 24周)、样本量(n=5-13) 阅读提示:Methods中Mice小节及图3a、图5a的图注 |
| AAV8介导的肝脏CHIP过表达 | AAV8血清型(AAV8)、启动子(EF1α)、注射剂量(5E^11 vg/只)、注射途径(尾静脉)、注射时间点(HFD喂养8周后或HFHFD喂养10周后)、继续喂养时长(8周或10周) 阅读提示:Methods中In-vivo gene delivery小节及图9a、9j的图注 |
| STX17 K198R突变体体内递送 | 质粒剂量(50 µg/只)、递送试剂(in-vivo-jetPEI, n/p=8)、注射时间(处死前4天和1天)、HFD喂养时长(10周)、小鼠性别和年龄(雄性,8周龄) 阅读提示:Methods中In-vivo-jetPEI transfection小节及图8e的图注 |
| 细胞脂滴积累和自噬流检测 | OA浓度(1 mM)和处理时间(过夜)、BafA1浓度(100 nM)、RFP-GFP-LC3转染方法、CHIP突变体(H260Q和K30A) 阅读提示:Methods中Cell culture小节及图2的图注 |
| STX17泛素化类型鉴定 | 泛素突变体(K63-only、K27-only、K63K27、K63RK27R)、STX17突变体(1KR、3KR、4KR)、OA处理条件、免疫沉淀抗体 阅读提示:图7d-h的图注及Methods中Ubiquitination assays小节 |