circEXOC6B的特征鉴定及临床相关性分析
验证circEXOC6B的环状RNA特性,并分析其在CRC组织中的表达与临床病理特征及预后的关系。
通过Sanger测序、RNase R消化和放线菌素D处理验证circEXOC6B的环状结构;RT-qPCR检测78例CRC组织及癌旁组织中的表达;结合临床数据进行生存分析和Cox回归分析。
circEXOC6B interacting with RRAGB, an mTORC1 activator, inhibits the progression of colorectal cancer by antagonizing the HIF1A-RRAGB-mTORC1 positive feedback loop
包含临床组织样本表达与预后分析、体外细胞功能实验、皮下移植瘤模型、机制研究(RNA pull-down、Co-IP、ChIP等)及体内外5-FU敏感性验证。
人结直肠癌细胞系SW620、HCT116 皮下移植瘤裸鼠模型 结直肠癌患者组织样本
circEXOC6B在78对结直肠癌组织中表达下调,其低表达与肿瘤大小、淋巴转移和TNM分期相关 5-FU处理浓度及时间:SW620和HCT116分别用5μg/ml和1μg/ml处理24小时 体内5-FU给药方案:皮下肿瘤长至0.5cm时腹腔注射20μg/g体重,每周3次,持续2周 RNA pull-down、RIP和FISH/IF验证circEXOC6B与RRAGB结合,Co-IP显示circEXOC6B干扰RRAGB与RRAGC/D的异源二聚化 ChIP和双荧光素酶实验证实HIF1A结合RRAGB启动子第二个HRE位点促进其转录
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证circEXOC6B的环状RNA特性,并分析其在CRC组织中的表达与临床病理特征及预后的关系。
通过Sanger测序、RNase R消化和放线菌素D处理验证circEXOC6B的环状结构;RT-qPCR检测78例CRC组织及癌旁组织中的表达;结合临床数据进行生存分析和Cox回归分析。
确定circEXOC6B对CRC细胞增殖、克隆形成、细胞周期和凋亡的影响,并验证其在体内的肿瘤生长抑制作用。
使用siRNA或过表达载体改变circEXOC6B表达,通过CCK8、EdU、克隆形成、流式细胞术检测增殖和凋亡;建立皮下移植瘤模型,比较敲低与对照组的肿瘤生长。
寻找circEXOC6B结合的蛋白,并证明circEXOC6B通过结合RRAGB阻断其与RRAGC/D的异源二聚体形成。
通过RNA pull-down结合质谱鉴定相互作用蛋白;RIP验证RRAGB与circEXOC6B结合;FISH和IF检测共定位;构建不同长度RRAGB表达载体,通过RIP定位结合区域;Co-IP检测circEXOC6B对RRAGB-RRAGC/D异源二聚化的影响。
证明circEXOC6B通过干扰RRAGB异源二聚化进而抑制mTORC1通路活性。
Western blot检测过表达或敲低circEXOC6B后p-mTOR、p-S6K、HIF1A的表达;IHC检测移植瘤中p-mTOR和HIF1A;拯救实验验证RRAGB回复效应能否被circEXOC6B逆转。
证明HIF1A直接结合RRAGB启动子促进其转录,形成HIF1A-RRAGB-mTORC1正反馈环路,并验证circEXOC6B对该环路的拮抗作用。
RT-qPCR检测HIF1A和RRAGB表达相关性;ChIP实验验证HIF1A结合RRAGB启动子;双荧光素酶报告基因检测HIF1A对RRAGB启动子活性的影响;Western blot检测ML228上调HIF1A后RRAGB表达变化及circEXOC6B的抑制作用。
检验circEXOC6B能否增强CRC细胞对5-FU的敏感性,并探索其机制。
体外TUNEL、Western blot检测凋亡标志物、CCK8检测增殖;体内建立皮下移植瘤,比较敲低与对照在5-FU处理下肿瘤体积和凋亡标志物变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | C11875500BT |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine3000转染试剂 | Invitrogen | L3000015 |
| 药物处理 | 5-氟尿嘧啶 | Shanghai Xudong Haipu Pharmaceutical Co., Ltd. | H31020593 |
| 细胞增殖检测 | EdU细胞增殖检测试剂盒 | Epizyme | CX003 |
| RNA检测 | 荧光原位杂交试剂盒 | RiboBio | C10910 |
| 免疫荧光 | 抗Flag抗体 | Immunoway | YM3001 |
| Alexa Fluor 488标记的山羊抗小鼠IgG | ZSGB-BIO | ZF-0512 | |
| RNA pull-down | 快速银染试剂盒 | Beyotime | P00175 |
| 免疫沉淀 | A/G琼脂糖珠 | SANTA Cruz Biotechnology | SC-2003 |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 |
| 抗RRAGB抗体 | Proteintech | 13,023-1-AP | |
| 抗mTOR抗体 | Proteintech | 66,888-1-IG | |
| 抗p-mTOR (Ser2448)抗体 | Immunoway | YP0176 | |
| 抗S6K抗体 | Immunoway | YT3555 | |
| 抗p-S6K (Thr389)抗体 | Immunoway | YP1427 | |
| 抗HIF1A抗体 | Immunoway | YT2133 | |
| 抗pro-caspase3抗体 | Abcam | AB32150 | |
| 抗cleaved-caspase3抗体 | Immunoway | YM3431 | |
| 抗PARP抗体 | Abcam | AB191217 | |
| 抗cleaved-PARP抗体 | Abcam | AB32064 | |
| 抗β-tubulin抗体 | Proteintech | 10,094-1-AP | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Bioworld | BS12478 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Bioworld | BS13278 | |
| FDBio-Dura ECL试剂盒 | FDbio | FD8020 | |
| ChIP | SimpleChIP酶法染色质免疫沉淀试剂盒 | Cell Signaling Technology | 9003 |
| 双荧光素酶报告基因 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1910 |
| 药物处理 | ML228 | MCE | HY-12754 |
| 流式细胞术 | 细胞周期检测试剂盒 | KeyGen Biotech | KGA512 |
| 凋亡检测 | Annexin V-APC/PI凋亡检测试剂盒 | KeyGen Biotech | KGA1030 |
| 一步法TUNEL细胞凋亡检测试剂盒 | KeyGen Biotech | KGA7061 | |
| 统计分析 | GraphPad Prism软件 | -- | -- |
| SPSS软件 | IBM | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(ATCC),培养基(RPMI 1640含10% FBS),培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 5-FU处理 | 5-FU浓度:SW620 5μg/ml,HCT116 1μg/ml;处理时间:24小时 阅读提示:Methods: 5-fluorouracil (5-FU) treatment in vitro and in vivo |
| RNA pull-down和RIP | RNA pull-down和RIP的具体步骤未详细描述,需参考先前研究(Li et al. 2021) 阅读提示:Methods: RNA pull-down, mass spectrometry (MS) and RNA binding protein immunoprecipitation (RIP) |
| Co-IP | 抗体:anti-flag (YM3001)、anti-RRAGC (YT3992)、anti-RRAGD (YN1164);孵育条件:4°C 1小时,加A/G beads 4°C过夜 阅读提示:Methods: Coimmunoprecipitation (co-IP) |
| ChIP | 使用SimpleChIP试剂盒,HIF1A抗体(1:200) 阅读提示:Methods: Chromatin immunoprecipitation (ChIP) and dual-luciferase reporter assay |
| 体内实验 | 动物:3-4周龄雌性BALB/C裸鼠;细胞:HCT116稳定敲低circEXOC6B;肿瘤长至0.5cm时给药;5-FU剂量:20μg/g体重,腹腔注射,每周3次,共2周 阅读提示:Methods: 5-fluorouracil (5-FU) treatment in vitro and in vivo |