细胞周期阻滞对铁死亡敏感性的影响
验证细胞周期阻滞是否抑制铁死亡。
用hydroxyurea、thymidine、colcemid、nocodazole或palbociclib处理多种癌细胞系和MEFs,或用CRISPR-Cas9敲除CDK1或RB1,检测erastin或RSL3诱导的PI阳性细胞和脂质过氧化。
Cell cycle arrest induces lipid droplet formation and confers ferroptosis resistance.
包含多种细胞系体外实验、慢 cycling 耐药细胞模型、脂质组学及小鼠移植瘤体内验证,并有功能与机制验证。
Caki-1肾癌细胞系 HCT116结直肠癌细胞系及5-FU耐药HCT116 FR细胞 T47D乳腺癌细胞系及palbociclib耐药T47D PR细胞 HCT116和HCT116 FR皮下移植瘤 nude 小鼠模型
细胞周期抑制剂处理浓度与时间:hydroxyurea 0.3 mM、thymidine 1 mM、colcemid 0.035 μg/ml、nocodazole 200 nM处理48 h(细胞周期分析)或预处理24 h(铁死亡实验) 铁死亡诱导剂处理:erastin 2 μM处理18 h、RSL3 50 nM处理24 h、ML162 10 μM或200 nM处理24 h(因细胞系而异) DGAT抑制剂:T863和PF06427878联合(iDGAT1/2)体外预处理24 h,体内A-922500 3 mg/kg和PF-06427878 2 mg/kg每日两次口服灌胃 体内铁死亡诱导:IKE 30 mg/ml每日腹腔注射;liproxstatin-1 10 mg/kg每日腹腔注射 移植瘤模型:HCT116或HCT116 FR细胞2.5×10^6个混合50% Matrigel皮下植入,肿瘤达200 mm3后随机分组
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证细胞周期阻滞是否抑制铁死亡。
用hydroxyurea、thymidine、colcemid、nocodazole或palbociclib处理多种癌细胞系和MEFs,或用CRISPR-Cas9敲除CDK1或RB1,检测erastin或RSL3诱导的PI阳性细胞和脂质过氧化。
探究细胞周期阻滞是否改变脂质代谢和脂滴积累。
对nocodazole处理的Caki-1细胞进行非靶向脂质组学分析,用BODIPY 493/503染色检测脂滴,用Triglyceride Assay Kit测定TAG水平,并用iDGAT1/2或DGAT1/2基因敲除干预。
验证DGAT介导的TAG合成和脂滴形成是否负责铁死亡抗性。
在细胞周期抑制剂或CDK1缺失条件下,用iDGAT1/2或DGAT1/2基因敲除,检测erastin诱导的PI阳性细胞和脂质过氧化。
验证慢 cycling 治疗耐药癌细胞是否具有脂滴积累和铁死亡抗性。
构建5-FU耐药HCT116 FR、palbociclib耐药T47D PR和放射耐药H460 RR细胞,检测脂滴水平、增殖和铁死亡敏感性,并用iDGAT1/2干预。
评估联合治疗对5-FU耐药移植瘤生长的抑制作用。
用HCT116和HCT116 FR皮下移植瘤 nude 小鼠模型,给予IKE、iDGAT1/2、liproxstatin-1等处理,测量肿瘤体积和重量,并进行4-HNE、PLIN3和Ki67免疫组化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 胎牛血清 | Gibco | 26140079 |
| McCoy's 5a培养基 | ATCC | 30-2007 | |
| Eagle最低必需培养基 | ATCC | 30-2003 | |
| Dulbecco改良Eagle培养基 | Sigma | D6429 | |
| RPMI-1640培养基 | Sigma | R8758 | |
| 牛胰岛素 | Sigma | 91077C | |
| 药物处理 | 羟基脲 | Sigma | H8627 |
| 胸苷 | Sigma | T1895 | |
| 秋水仙酰胺 | Sigma | 234109-M | |
| 诺考达唑 | Sigma | 487929-M | |
| T863 | Sigma | SML0539 | |
| PF06427878 | Sigma | PZ0412 | |
| erastin | Cayman chemical | 17754 | |
| RSL3 | Tocris | 6118 | |
| ML162 | Cayman chemical | 20455 | |
| ferrostatin-1 | Sigma-Aldrich | SML0583 | |
| necrostatin-1s | BioVision | 2263 | |
| Z-VAD-fmk | R&D Systems | FMK001 | |
| N-乙酰半胱氨酸 | Sigma | A9165 | |
| 去铁胺 | Sigma | D9533 | |
| 转染与筛选 | hexadimethrine bromide | Millipore | TR-1003-G |
| 嘌呤霉素 | InvivoGen | ant-pr-1 | |
| 诱导敲除 | 多西环素 | Sigma | D9891 |
| 细胞周期分析 | 碘化丙啶 | Roche | 11348639001 |
| EdU流式检测 | Click-iT Plus EdU Alexa Fluor 488流式检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | C10632 |
| 脂质过氧化检测 | BODIPY 581/591 C11 | Invitrogen | D3861 |
| 脂滴染色 | BODIPY 493/503 | Invitrogen | D3922 |
| 甘油三酯测定 | 甘油三酯检测试剂盒 | Abcam | ab65336 |
| 胱氨酸摄取 | [14C]胱氨酸 | PerkinElmer | NEC854010UC |
| 谷胱甘肽测定 | GSH-Glo谷胱甘肽检测 | Promega | V6911 |
| 不稳定铁池检测 | 钙黄绿素-AM | Invitrogen | C3099 |
| 免疫印迹 | RIPA裂解液 | Millipore | 20-188 |
| Bradford检测 | Bio-Rad | 500-0006 | |
| 磷酸化Rb (S780)抗体 | Cell Signaling Technology | 9307 | |
| RB1抗体 | Cell Signaling Technology | 9309 | |
| CDK1抗体 | Cell Signaling Technology | 9116 | |
| ACSL4抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-271800 | |
| GPX4抗体 | R&D Systems | MAB5457 | |
| SLC7A11抗体 | Cell Signaling Technology | 12691 | |
| FSP1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-377120 | |
| DHODH抗体 | Proteintech | 14877-1-AP | |
| DGAT1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-271934 | |
| vinculin抗体 | Sigma | V4505 | |
| tubulin抗体 | Sigma | T9026 | |
| 山羊抗兔IgG二抗 | Thermo Scientific | 31460 | |
| 山羊抗鼠IgG二抗 | Proteintech | SA00001-1 | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596018 |
| SuperScript II逆转录酶 | Invitrogen | 18064-014 | |
| SYBR GreenER qPCR SuperMix Universal | Invitrogen | 11762-500 | |
| 克隆形成实验 | 结晶紫 | Sigma | V5265 |
| 动物实验 | Matrigel | Corning | 354234 |
| IKE | Kadmon Corporation | -- | |
| liproxstatin-1 | Sigma | SML1414 | |
| A-922500 | Selleckchem | S2674 | |
| PF-06427878 | Sigma | PZ0412 | |
| 免疫组化 | 4-HNE抗体 | Abcam | ab46545 |
| PLIN3抗体 | Abcam | ab47638 | |
| Ki-67抗体 | Cell Signaling Technology | 9027 | |
| VECTASTAIN Elite ABC试剂盒 | Vector Laboratories | PK-6101 | |
| DAB过氧化物酶底物试剂盒 | Vector Laboratories | SK-4100 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞周期阻滞处理 | 细胞周期抑制剂种类、浓度和处理时间:hydroxyurea 0.3 mM、thymidine 1 mM、colcemid 0.035 μg/ml、nocodazole 200 nM处理48 h(细胞周期分析)或预处理24 h(铁死亡实验);palbociclib 2 μM处理48 h或预处理24 h 阅读提示:Methods细胞培养研究和Cell cycle analysis部分;Fig. 1a, i;Supplementary Table 1 |
| 铁死亡诱导处理 | erastin和RSL3浓度及处理时间因细胞系而异:Caki-1用erastin 2 μM 18 h或RSL3 50 nM 24 h;ACHN用erastin 5 μM 24 h;HT1080用erastin 10 μM 24 h;A375用erastin 20 μM 24 h;MEFs用erastin 2 μM 16 h;ML162浓度见原文 阅读提示:Fig. 1图注;Methods细胞死亡检测和脂质过氧化测定;Supplementary Table 1 |
| DGAT抑制处理 | 体外iDGAT1/2为T863和PF06427878联合,预处理24 h,具体浓度未在正文明确说明;体内A-922500 3 mg/kg和PF-06427878 2 mg/kg每日两次口服灌胃 阅读提示:Methods细胞培养研究和Xenograft experiments;Fig. 3图注;Supplementary Table 1 |
| 移植瘤模型与给药 | HCT116或HCT116 FR细胞2.5×10^6个混合50% Matrigel皮下植入;肿瘤达200 mm3后随机分组;IKE 30 mg/ml每日腹腔注射;liproxstatin-1 10 mg/kg每日腹腔注射;n=6-10每组 阅读提示:Methods Xenograft experiments;Fig. 4k-n图注 |
| 脂滴和脂质过氧化检测 | BODIPY 493/503 2 μM孵育15 min;BODIPY 581/591 C11 5 μM孵育30 min;流式细胞术至少分析5000个单细胞;实验独立重复三次 阅读提示:Methods脂滴染色和脂质过氧化测定;Fig. 2c, d;Fig. 3e-h |