肿瘤产生MMA并激活成纤维细胞
验证肿瘤细胞产生的MMA是否能以旁分泌方式激活成纤维细胞。
在A549和A375细胞中敲低MUT以增加MMA产生,与MRC-5或BJ成纤维细胞共培养,或用外源性MMA处理成纤维细胞,检测CAF标志物。
Tumor-produced and aging-associated oncometabolite methylmalonic acid promotes cancer-associated fibroblast activation to drive metastatic progression.
包含体外细胞模型、共培养、EV处理、动物移植瘤模型和患者单细胞数据,并进行功能与机制验证
A549非小细胞肺癌细胞 A375黑色素瘤细胞 MRC-5人肺成纤维细胞和BJ包皮成纤维细胞 雌性nu/nu裸鼠皮下移植瘤模型
肿瘤细胞中MUT敲低后与成纤维细胞共培养或条件培养基处理,检测CAF标志物 外源性MMA(1 mM或5 mM)处理成纤维细胞5天,检测CAF标志物和MMP表达 从MMA处理成纤维细胞中分离EVs,以5 μg/ml处理肿瘤细胞3小时至5天,检测信号激活和功能 使用SB431542、cryptotanshinone、IKK16、Takinib、NAC、SkQ1等抑制剂处理,验证信号通路和ROS的作用 裸鼠皮下共注射或注射EVs处理的肿瘤细胞,评估原发瘤和转移形成
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证肿瘤细胞产生的MMA是否能以旁分泌方式激活成纤维细胞。
在A549和A375细胞中敲低MUT以增加MMA产生,与MRC-5或BJ成纤维细胞共培养,或用外源性MMA处理成纤维细胞,检测CAF标志物。
验证MMA活化的成纤维细胞是否通过EVs促进肿瘤细胞EMT和转移。
从MMA处理或对照成纤维细胞的条件培养基中分离EVs,处理A549或A375肿瘤细胞,检测EMT标志物、耐药、克隆形成、侵袭迁移和体内转移。
确定成纤维细胞EVs中驱动肿瘤细胞侵袭性的关键分子及信号通路。
对EVs进行蛋白质组学分析,发现IL-6富集;用IL6R敲低或tocilizumab阻断,检测JAK/STAT3和TGFβ信号及EMT等功能。
阐明MMA如何诱导成纤维细胞CAF表型和IL-6负载至EVs。
RNA-seq分析MMA处理成纤维细胞的通路变化;用ROS清除剂NAC或SkQ1、TGFβR抑制剂SB431542、TAK1抑制剂Takinib、IKK抑制剂IKK16处理,检测信号激活、CAF标志物和EVs中IL-6。
在动物模型中验证MMA活化成纤维细胞分泌的EVs促进肿瘤转移。
将EVs处理的A549或A375细胞皮下注射到裸鼠,评估原发瘤和转移;或用NAC处理成纤维细胞来源的EVs。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Corning | -- |
| 胎牛血清 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| 高糖DMEM | Gibco | -- | |
| EMEM培养基 | ATCC | -- | |
| 聚凝胺 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 嘌呤霉素 | Sigma-Aldrich | -- | |
| EV分离 | DC蛋白测定试剂盒II | BioRad | -- |
| Nanosight NS500纳米颗粒跟踪分析仪 | -- | -- | |
| 电子显微镜 | Formvar/碳包覆镍网 | EMS | FCF400H-NI-SB |
| 2%甲基纤维素 | Sigma | M6385 | |
| 醋酸铀溶液 | EMS | 22400 | |
| 免疫印迹 | RIPA缓冲液 | -- | -- |
| 蛋白酶抑制剂 | -- | -- | |
| 4×LDS上样缓冲液 | -- | -- | |
| 硝酸纤维素膜 | GE Healthcare | -- | |
| Odyssey封闭缓冲液 | LI-COR | -- | |
| FAP抗体 | Cell Signaling Technology | 66562 s | |
| SMA抗体 | Abcam | ab5694 | |
| CAV-1抗体 | Abcam | ab2910 | |
| PAI-1抗体 | BD | 612024 | |
| PCCA抗体 | Abcam | ab187686 | |
| Vinculin抗体 | Sigma Aldrich | V9264 | |
| MMP-2抗体 | Cell Signaling Technology | 4022 S | |
| MMP-14抗体 | Abcam | ab51074 | |
| MMP-13抗体 | Abcam | ab39012 | |
| CTGF抗体 | Abcam | ab6992 | |
| E-Cadherin抗体 | BD | 610181 | |
| Fibronectin抗体 | Abcam | ab2413 | |
| Vimentin抗体 | Cell Signaling Technology | 5741 S | |
| Snail抗体 | Cell Signaling Technology | 3879 S | |
| p-JAK2(Y1007/1008)抗体 | Cell Signaling Technology | 3771 | |
| JAK2抗体 | Cell Signaling Technology | 3230 | |
| p-Stat3 Y705抗体 | Abcam | ab76315 | |
| p-Stat3 S727抗体 | Cell Signaling Technology | 9136 S | |
| Stat3抗体 | Cell Signaling Technology | 9139 S | |
| p-Smad3 S423/425抗体 | Abcam | ab52903 | |
| Smad3抗体 | Cell Signaling Technology | 9523 S | |
| IL-6抗体 | Cell Signaling Technology | 12153 S | |
| CD81抗体 | Cell Signaling Technology | 56039 S | |
| CD9抗体 | Abcam | ab223052 | |
| Flotillin-1抗体 | BD | 610820 | |
| GM130抗体 | BD | 610823 | |
| Lamin抗体 | Cell Signaling Technology | 4777 | |
| Calnexin抗体 | Abcam | ab112995 | |
| β-Actin抗体 | Cell Signaling Technology | 4967 | |
| p-Smad2 S465/467抗体 | Cell Signaling Technology | 3108 S | |
| Smad2抗体 | Cell Signaling Technology | 3103 S | |
| p65抗体 | Cell Signaling Technology | 8242 S | |
| p-p65 S536抗体 | Cell Signaling Technology | 3036 S | |
| p-IκBα (Ser32/36)抗体 | Cell Signaling Technology | 9246 S | |
| IκBα抗体 | Cell Signaling Technology | 9242 S | |
| TAK1抗体 | Cell Signaling Technology | 5206 S | |
| p-TAK1 S412抗体 | Cell Signaling Technology | 9339 S | |
| 抗兔HRP二抗 | GE Healthcare | NA934 | |
| 抗鼠HRP二抗 | GE Healthcare | NA931 | |
| 抗山羊HRP二抗 | Millipore | AP180P | |
| 驴抗兔Alexa Fluor 488 | Thermo Fisher Scientific | A-21206 | |
| 驴抗鼠Alexa Fluor 555 | Thermo Fisher Scientific | A31570 | |
| 细胞处理 | SB431542 | Selleck Chemicals | -- |
| 隐丹参酮 | Cayman Chemical | -- | |
| IKK16 | Millipore Sigma | -- | |
| Takinib | Cayman Chemical | -- | |
| SkQ1 | Cayman Chemical | -- | |
| N-乙酰半胱氨酸 | Sigma Aldrich | -- | |
| 耐药实验 | 卡铂 | Cayman Chemical | -- |
| 紫杉醇 | Cayman Chemical | -- | |
| 维莫非尼 | Selleck Chemicals | -- | |
| AZD6244 | Selleck Chemicals | -- | |
| 二甲基亚砜 | -- | -- | |
| 结晶紫 | -- | -- | |
| Envision酶标仪 | Perkin Elmer | -- | |
| 侵袭迁移实验 | 牛血清白蛋白 | Sigma-Aldrich | -- |
| Boyden小室 | BD Biosciences | -- | |
| BD BioCoat侵袭小室 | BD Biosciences | -- | |
| 氧化应激检测 | 2,7-二氯二氢荧光素二乙酸酯 | Cayman Chemical | -- |
| 代谢物提取与质谱分析 | Agilent 1290液相色谱系统 | Agilent | -- |
| Agilent 6530四极杆飞行时间质谱仪 | Agilent | -- | |
| ACQUITY UPLC BEH C18色谱柱 | Waters | -- | |
| shRNA基因沉默 | X-tremeGene HP转染试剂 | Roche | -- |
| qPCR | Ambion PureLink RNA迷你试剂盒 | Life Technologies | -- |
| DNase I | Sigma-Aldrich | -- | |
| iSCRIPT cDNA合成试剂盒 | BioRad | -- | |
| SYBR green预混液 | Life Technologies | -- | |
| QuantStudio6实时PCR系统 | Life Technologies | -- | |
| RNA-seq | 2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- |
| Nanodrop系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| TruSeq链特异性mRNA样本建库试剂盒 | Illumina | -- | |
| Illumina NovaSeq6000测序仪 | Illumina | -- | |
| 动物实验 | 基质胶 | -- | -- |
| 异氟烷 | -- | -- | |
| IVIS Spectrum CT临床前活体成像系统 | Perkin-Elmer | -- | |
| 免疫组化 | αSMA抗体 | Abcam | ab150301 |
| Zeiss AxioScan7扫描仪 | Zeiss | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 肿瘤细胞与成纤维细胞共培养 | 细胞系匹配(A549与MRC-5,A375与BJ),共培养时间4-5天,MUT敲低效率 阅读提示:Methods 'Co-culture experiments' 和 Fig. 1e, f |
| 外源性MMA处理成纤维细胞 | MMA浓度(1 mM或5 mM),处理时间5天,检测CAF标志物 阅读提示:Fig. 1g 和 Results 'MMA secreted from tumor cells activates fibroblasts' |
| EV分离与处理肿瘤细胞 | EVs剂量5 μg/ml,处理时间3小时(信号)或3-5天(功能),EV表征方法 阅读提示:Methods 'Conditioned media collection and extracellular vesicle isolation' 和 'Cell culture treatments' |
| 抑制剂处理 | 抑制剂浓度:SB431542 5 μM,Cryptotanshinone 1 μM,IKK16 1 μM,Takinib 10 μM,SkQ1 1 μM,NAC 2 mM;预处理30分钟 阅读提示:Methods 'Cell culture treatments' 和 Fig. 3c, 4d, 5b |
| 动物实验 | 小鼠品系(雌性nu/nu),细胞接种数量(A549 500,000;A375 10,000;共注射100,000 A549+400,000 MRC5),终点时间(5周或6周) 阅读提示:Methods 'Subcutaneous injections and metastasis formation assay in mice' 和 Fig. 2b, h |