确认GLUT1发生S-棕榈酰化并影响质膜定位
验证GLUT1是否被棕榈酰化以及该修饰是否维持其质膜定位。
用2-BP处理U87和T98G细胞,通过免疫荧光、细胞分级和alkynyl palmitic acid代谢标记结合click反应及链霉亲和素pull-down检测GLUT1棕榈酰化和质膜定位;用APE实验半定量棕榈酰化水平。
DHHC9-mediated GLUT1 S-palmitoylation promotes glioblastoma glycolysis and tumorigenesis.
含体外细胞、纯化蛋白体外实验、动物移植瘤模型及68例患者标本,并有功能与机制验证
U87人胶质母细胞瘤细胞系 T98G人胶质母细胞瘤细胞系 正常人类星形胶质细胞(NHAs) 原位颅内注射U87细胞的裸鼠移植瘤模型 GBM患者肿瘤标本(68例)
2-BP处理浓度50 μM、8 h,用于U87和T98G细胞 alkynyl palmitic acid代谢标记50 μM、4 h,结合click反应和链霉亲和素pull-down检测GLUT1棕榈酰化 DHHC9敲除后以WT rDHHC9或催化失活rDHHC9 C169S回补,检测GLUT1棕榈酰化与质膜定位 GLUT1敲除后以WT rGLUT1或rGLUT1 C207S回补,检测棕榈酰化、质膜定位及糖酵解 颅内注射5×10^5 U87细胞至4周龄雌性裸鼠,每组5只用于生物发光成像,每组10只用于生存分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证GLUT1是否被棕榈酰化以及该修饰是否维持其质膜定位。
用2-BP处理U87和T98G细胞,通过免疫荧光、细胞分级和alkynyl palmitic acid代谢标记结合click反应及链霉亲和素pull-down检测GLUT1棕榈酰化和质膜定位;用APE实验半定量棕榈酰化水平。
确定GLUT1棕榈酰化的具体半胱氨酸位点及其对质膜定位的必要性。
将GLUT1各半胱氨酸突变为丝氨酸,用alkynyl palmitic acid掺入实验筛选位点;在GLUT1敲除细胞中回补WT rGLUT1或rGLUT1 C207S,检测棕榈酰化和质膜定位。
鉴定负责GLUT1棕榈酰化的PAT及其催化活性依赖性。
构建靶向PAT的gRNA进行CRISPR筛选,用shRNA敲低DHHC9,Co-IP和GST pull-down检测DHHC9与GLUT1相互作用,split-GFP和免疫荧光检测共定位;在DHHC9敲除细胞中回补WT rDHHC9或rDHHC9 C169S,检测GLUT1棕榈酰化和质膜定位。
验证DHHC9/GCP16是否直接催化GLUT1 Cys207棕榈酰化。
将纯化的WT DHHC9/GCP16或DHHC9 C169S/GCP16与纯化的WT GLUT1或GLUT1 C207S在palmitoyl alkyne-CoA或palmitoyl-CoA存在下孵育,通过click反应和APE检测棕榈酰化。
验证该修饰对葡萄糖摄取、糖酵解、增殖和集落形成的作用。
在DHHC9敲除或GLUT1敲除的U87和T98G细胞中回补WT或突变体,检测2-DG摄取、糖酵解速率、葡萄糖消耗、乳酸产生、细胞增殖和集落形成。
验证DHHC9介导的GLUT1棕榈酰化对GBM肿瘤生长和生存的影响。
将表达荧光素酶的U87细胞(DHHC9或GLUT1敲除并回补WT或突变体)颅内注射至裸鼠,生物发光成像监测肿瘤生长,记录生存时间,IHC检测Ki67和cleaved PARP1,检测肿瘤组织2-DG摄取和GLUT1棕榈酰化。
评估DHHC9表达与GLUT1质膜定位及GBM患者预后的关系。
对68例GBM患者标本进行DHHC9和GLUT1免疫组化染色,评分并分析相关性;结合临床因素进行生存分析和多因素分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫荧光 | GLUT1兔单克隆抗体 | Abcam | ab115730 |
| 免疫印迹 | GAPDH小鼠单克隆抗体 | Abcam | ab8245 |
| ATP1A1兔单克隆抗体 | Abcam | ab76020 | |
| 微管蛋白兔单克隆抗体 | Abcam | ab176560 | |
| 免疫组化 | Ki67兔单克隆抗体 | Abcam | ab92742 |
| 免疫印迹 | GCP16小鼠单克隆抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-101278 |
| GLUT3小鼠单克隆抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-74399 | |
| 蛋白纯化 | 正十二烷基-β-D-麦芽糖苷 | Santa Cruz Biotechnology | sc-281071 |
| 正壬基-β-D-吡喃葡萄糖苷 | Santa Cruz Biotechnology | sc-281084 | |
| 免疫印迹 | Flag标签小鼠单克隆抗体 | Sigma | F3165 |
| GLUT1 pS226兔多克隆抗体 | Sigma | ABN991 | |
| 蛋白纯化 | 镍亲和凝胶 | Sigma | P6611 |
| 免疫共沉淀 | 抗Flag M2亲和凝胶 | Sigma | A2220 |
| 葡萄糖摄取实验 | 2-脱氧-D-葡萄糖 | Sigma | D8375 |
| 棕榈酰化实验 | 棕榈酸 | Sigma | P0500 |
| 蛋白裂解 | 二硫苏糖醇 | Sigma | D9779 |
| 亮抑酶肽 | Sigma | L2884 | |
| 棕榈酰化抑制 | 2-溴十六烷酸 | Sigma | 21604 |
| 棕榈酰化检测 | 羟胺 | Sigma | 159417 |
| Palmostatin B | Sigma | 178501 | |
| N-乙基马来酰亚胺 | Sigma | 04260 | |
| APE实验 | mPEG-马来酰亚胺5 kDa | Sigma | 63187 |
| 三(2-羧乙基)膦 | Sigma | 646547 | |
| 集落形成实验 | 结晶紫 | Sigma | C0775 |
| 免疫印迹 | GST小鼠单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 2624 |
| HA标签兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 3724 | |
| 细胞分级 | 钙联蛋白兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 2679 |
| 免疫组化 | cleaved PARP兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 5625 |
| 免疫印迹 | AKT pT308兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 13038 |
| AKT兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 4691 | |
| DHHC9兔多克隆抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-56868 | |
| 蛋白纯化 | 10 kDa离心柱 | Thermo Fisher Scientific | 88513 |
| 棕榈酰化检测 | 链霉亲和素琼脂糖珠 | Thermo Fisher Scientific | SA10004 |
| 蛋白裂解 | 无EDTA蛋白酶抑制剂混合物 | Thermo Fisher Scientific | A32965 |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 594标记的霍乱毒素B亚基 | Thermo Fisher Scientific | C34777 |
| 免疫印迹 | 辣根过氧化物酶标记山羊抗小鼠二抗 | Thermo Fisher Scientific | G-21040 |
| 辣根过氧化物酶标记山羊抗兔二抗 | Thermo Fisher Scientific | G-21234 | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 488标记山羊抗兔二抗 | Thermo Fisher Scientific | A-11008 |
| Alexa Fluor 594标记山羊抗兔二抗 | Thermo Fisher Scientific | A-11012 | |
| DNA转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 体外棕榈酰化实验 | 棕榈酰炔基辅酶A | Cayman | 15968 |
| 代谢标记 | 炔基花生四烯酸 | Cayman | 10538 |
| 炔基棕榈酸 | Click Chemistry Tools | 1165 | |
| 炔基肉豆蔻酸 | Click Chemistry Tools | 1164 | |
| 炔基硬脂酸 | Click Chemistry Tools | 1166 | |
| 点击化学 | 生物素吡啶甲基叠氮化物 | Click Chemistry Tools | 1167 |
| 糖酵解速率实验 | D-[5-3H]-葡萄糖 | PerkinElmer | -- |
| 葡萄糖摄取实验 | 葡萄糖摄取试剂盒 | Promega | J1342 |
| 葡萄糖消耗测定 | 葡萄糖检测试剂盒 | Sigma | GAGO20 |
| 乳酸产生测定 | 乳酸检测试剂盒 | Promega | J5022 |
| 细胞培养 | Dulbecco改良Eagle培养基 | -- | -- |
| 牛小牛血清 | HyClone | -- | |
| 正常人星形胶质细胞 | Lonza | CC-2565 | |
| 质膜分级 | 质膜/胞内质膜蛋白提取试剂盒 | Abcam | ab65400 |
| 慢病毒包装 | pMD2.G包装质粒 | Addgene | 12259 |
| psPAX2包装质粒 | Addgene | 12260 | |
| 免疫组化 | VECTASTAIN ABC试剂盒 | Vector Laboratories | -- |
| 生物发光成像 | D-荧光素 | Cayman Chemical | -- |
| 免疫荧光 | 4',6-二脒基-2-苯基吲哚 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| ProLong Gold抗淬灭封片剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| GLUT1棕榈酰化检测 | alkynyl palmitic acid浓度50 μM、标记时间4 h、HAM处理与否;细胞裂解液中需含palmostatin B 1 μM和NEM 50 mM 阅读提示:Methods“Metabolic labeling, click reaction, and streptavidin pulldown”及Fig. 1c、1d图注 |
| 2-BP处理与质膜定位 | 2-BP浓度50 μM、处理时间8 h;CTB-Alexa Fluor 594浓度1 μg/ml、孵育5 min、37 °C 阅读提示:Fig. 1a、1b图注及Results第一部分 |
| DHHC9-GLUT1体外棕榈酰化 | DHHC9/GCP16各100 ng、GLUT1 2 μg、palmitoyl alkyne-CoA 10 μM、25 °C孵育1 h;DHHC9催化失活位点为C169S 阅读提示:Methods“In vitro protein acyltransferase (PAT) assay”及Fig. 3a、3b图注 |
| 糖酵解功能检测 | 2-DG 1 mM处理10 min;D-[5-3H]葡萄糖10 μCi、5.5 mM葡萄糖孵育1 h;无血清DMEM处理6 h(乳酸)或16 h(葡萄糖消耗);数据为三次独立实验均值±SD 阅读提示:Fig. 4a–d图注及Methods“Glycolytic rate assays”“Glucose uptake assay”“Measurements of glucose consumption and lactate production” |
| 颅内移植瘤实验 | 细胞数5×10^5、注射体积5 μl、4周龄雌性athymic nude小鼠;成像每组5只、生存分析每组10只;注射后28天取材;2-DG 500 mg/kg腹腔注射处死前6 h 阅读提示:Methods“Xenograft study”、Fig. 5a、5b图注 |
| 临床标本相关性分析 | 68例GBM患者标本;DHHC9和GLUT1质膜染色评分0–8;高低分组界值0–4与5–8;多因素分析校正年龄、性别和全切除状态 阅读提示:Methods“Immunohistochemical staining”、Fig. 6a–c图注及Supplementary Table 1 |