患者样本GSEA鉴定TP63下游通路
在体内无偏倚地寻找TP63调控的 signaling pathways
对TCGA中ESCC(n=81)、HNSC(n=436)和LUSC(n=501)RNA-Seq数据按TP63表达高低分组后进行GSEA,并在GSE53624等独立队列验证。
Interplay and cooperation between SREBF1 and master transcription factors regulate lipid metabolism and tumor-promoting pathways in squamous cancer.
含TCGA/GEO队列GSEA、ESCC细胞系功能实验、ChIP-Seq/4C/CRISPRi机制验证、脂质组学及裸鼠移植瘤体内验证
ESCC细胞系TE5、KYSE150、KYSE510等 TCGA及GEO的ESCC/HNSC/LUSC患者队列 裸鼠皮下移植瘤模型 食管鳞癌患者组织芯片(179例肿瘤及57例癌旁)
TP63高低表达分组(前30% vs 后30%)及差异基因分析 TP63/SREBF1敲低或过表达对脂滴和脂肪酸合成酶的影响 Fatostatin处理浓度(0、3.25、6.5、13 μM)及脂质组学检测 裸鼠移植瘤shRNA敲低或Fatostatin 30 mg/kg/day腹腔注射21天 IHC队列的SREBF1/TP63/KLF5核质染色评分与生存分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
在体内无偏倚地寻找TP63调控的 signaling pathways
对TCGA中ESCC(n=81)、HNSC(n=436)和LUSC(n=501)RNA-Seq数据按TP63表达高低分组后进行GSEA,并在GSE53624等独立队列验证。
验证TP63对脂肪酸代谢的调控
在ESCC细胞中沉默TP63,进行RNA-Seq GSEA,检测脂滴含量及脂肪酸代谢调节因子mRNA水平。
确定SREBF1是否介导TP63对脂肪酸代谢的效应
敲低TP63后检测SREBF1表达,过表达SREBF1回补脂滴和脂肪酸合成酶表达,敲低SREBF1逆转TP63过表达效应。
阐明TP63/KLF5调控SREBF1转录的机制及三者相互关系
4C-seq、ChIP-Seq、荧光素酶报告基因、定点突变和CRISPRi鉴定SREBF1超级增强子元件,并检测SREBF1对TP63/KLF5的调控。
确定SREBF1对脂肪酸、鞘脂和甘油磷脂合成的影响
敲低或Fatostatin抑制SREBF1后检测合成酶表达,LC-MS/MS脂质组学分析KYSE510细胞脂质谱,整合RNA-Seq和ChIP-Seq。
评估SREBF1对SCC细胞增殖、迁移和体内成瘤的影响
集落形成、Trans-well迁移、划痕愈合实验,以及裸鼠移植瘤shRNA敲低和Fatostatin治疗实验。
解析SREBF1在SCC中的细胞类型特异性结合及协同调控
比较ESCC、HepG2和MCF7的SREBF1 ChIP-Seq,基序分析,分析ESCC特异性峰的三因子共占据及RNA-Seq变化,KEGG通路分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | Omega Scientific | -- | |
| RNA提取 | RNeasy小型试剂盒 | QIAGEN | 70106 |
| cDNA合成 | Maxima H Minus cDNA合成预混液(含dsDNase) | Thermo Scientific | M1682 |
| qRT-PCR | PowerUp SYBR Green预混液 | Thermo Scientific | A25918 |
| Western blot | 抗SREBF1抗体 | Proteintech | 14088-1-AP |
| Western blot/ChIP | 抗KLF5抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-398409X |
| Western blot | 抗TP63抗体 | R&D Systems | AF1916-SP |
| 抗Actin抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-8432 | |
| 抗ACLY抗体 | Cell Signaling Technology | 4332 | |
| 抗FASN抗体 | Cell Signaling Technology | 3180 | |
| 抗GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 2118 | |
| 抗mTOR抗体 | Cell Signaling Technology | 2972S | |
| 抗磷酸化mTOR (S2448)抗体 | Cell Signaling Technology | 5536T | |
| 抗磷酸化MEK1 (Ser298)抗体 | Cell Signaling Technology | 9128S | |
| 抗MEK1/2 (D1A5)兔抗体 | Cell Signaling Technology | 9124S | |
| 抗p70 S6激酶抗体 | Cell Signaling Technology | 9202S | |
| 抗磷酸化p70 S6激酶抗体 | Cell Signaling Technology | 9205S | |
| 抗小鼠IgG-HRP | Jackson ImmunoResearch Laboratories, Inc. | 115-035-003 | |
| 抗兔IgG-HRP | Jackson ImmunoResearch Laboratories, Inc. | 111-035-144 | |
| 抗山羊IgG-HRP | Jackson ImmunoResearch Laboratories, Inc. | 705-035-003 | |
| 免疫荧光 | HCS LipidTOX绿色中性脂质染料 | Thermo Scientific | H34475 |
| 转染 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Thermo Scientific | 13778150 |
| 药物处理 | Fatostatin | Cayman Chemical | 12562 |
| Western blot | Laemmli上样缓冲液 | Bio-Rad | 161-0737 |
| Bio-Rad蛋白定量试剂盒 | Bio-Rad | -- | |
| ChIP | Dynabeads Protein G磁珠 | Thermo Scientific | 10004D |
| 4C-seq | HindIII限制性内切酶 | NEB | -- |
| T4 DNA连接酶 | Thermo-Fisher Scientific | -- | |
| DpnII限制性内切酶 | NEB | -- | |
| 荧光素酶报告基因 | pGL3荧光素酶报告载体 | Promega | E1761 |
| 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1960 | |
| 转染 | BioT转染试剂 | Bioland | B01-01 |
| CRISPRi | pLV hU6-sgRNA hUbC-dCas9-KRAB-T2a-puro载体 | Addgene | 71236 |
| 脂质组学 | Ultimate 3000 XRS液相色谱系统 | Thermo Scientific | -- |
| Orbitrap Fusion Lumos质谱仪 | Thermo Scientific | -- | |
| Accucore Vanquish C18色谱柱 | -- | -- | |
| LipidSearch软件 | Thermo Scientific | -- | |
| 免疫组化 | PV-9000聚合物检测系统 | ZSGB-BIO | -- |
| 抗SREBF1抗体 | Proteintech | 14088-1-AP | |
| 抗TP63抗体 | Proteintech | 60332-1 | |
| 抗KLF5抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-398409X | |
| Trans-well迁移实验 | Trans-well小室(8.0 µm聚碳酸酯膜) | COSTAR | 3422 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| GSEA与差异表达分析 | TP63高/低分组阈值为前30%和后30%;DEG标准|Log2FC|>2、q<0.05 阅读提示:Methods-GSEA and KEGG pathway analysis及Fig. 1a图注 |
| 细胞系与培养 | ESCC细胞系来源(TE5、KYSE150、KYSE510等)及RPMI-1640+10% FBS培养条件 阅读提示:Methods-Human cancer cell lines |
| siRNA敲低实验 | siRNA转染浓度30 nM、48小时后提取RNA;重复数n=3 阅读提示:Fig. 7c图注及Methods相关部分 |
| Fatostatin处理与脂质组学 | Fatostatin浓度0、3.25、6.5、13 μM;脂质组学三次重复;差异标准|Log2FC|>2、q<0.1 阅读提示:Fig. 4b、4d图注及Methods-LC-MS/MS-based lipidomics |
| 裸鼠移植瘤实验 | 5周龄雄性裸鼠,1×10^6细胞皮下注射;Fatostatin 30 mg/kg/day腹腔注射14天;每组n=8 阅读提示:Methods-Xenograft assays in nude mice及Fig. 5i-j图注 |
| IHC与生存分析 | 179例ESCC肿瘤和57例癌旁组织;SREBF1/TP63/KLF5抗体稀释比;IHC评分0–300;Log-rank检验 阅读提示:Methods-Immunohistochemistry及Fig. 5a-c图注 |
| ChIP-Seq与4C-seq | TE5/KYSE150细胞;ChIP用5 μg SREBF1或KLF5抗体;4C viewpoint chr17:17738740-17740085 (hg19) 阅读提示:Methods-Chromatin immunoprecipitation及4C-seq assay |