建立并验证曲妥珠单抗耐药细胞与体内模型
确认耐药表型并分析IGF2/IGF-1R/IRS1信号变化
比较SKBR3与pool2、BT474与HR20细胞的Herceptin敏感性,检测IGF-1R/Akt/mTOR/FOXO3a磷酸化及IRS1蛋白,ELISA检测条件培养基IGF1/IGF2,并建立裸鼠移植瘤验证耐药表型。
Disruption of FOXO3a-miRNA feedback inhibition of IGF2/IGF-1R/IRS1 signaling confers Herceptin resistance in HER2-positive breast cancer.
含敏感/耐药细胞系、动物移植瘤、40例患者样本,并有敲低/过表达、CRISPR、ChIP、荧光素酶等功能与机制验证。
HER2阳性乳腺癌细胞系SKBR3及其曲妥珠单抗耐药亚系pool2 HER2阳性乳腺癌细胞系BT474及其曲妥珠单抗耐药亚系HR20 pool2细胞裸鼠皮下移植瘤模型 HER2阳性乳腺癌患者血清与肿瘤组织(23例反应良好,17例反应不佳)
曲妥珠单抗敏感与耐药细胞系(SKBR3/pool2、BT474/HR20)的耐药表型鉴定 IRS1敲低(shRNA)或CRISPR-Cas9敲除后耐药细胞对曲妥珠单抗的再敏感化 rhIGF2处理剂量(5–20 ng/ml与40–80 ng/ml)对IGF-1R/Akt/mTOR信号及IRS1的双相调控 FOXO3a对miR-128-3p、miR-30a-5p、miR-193a-5p启动子的结合(ChIP-qPCR)及荧光素酶报告验证 移植瘤模型Herceptin 10 mg/kg每5天腹腔注射,n=5
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确认耐药表型并分析IGF2/IGF-1R/IRS1信号变化
比较SKBR3与pool2、BT474与HR20细胞的Herceptin敏感性,检测IGF-1R/Akt/mTOR/FOXO3a磷酸化及IRS1蛋白,ELISA检测条件培养基IGF1/IGF2,并建立裸鼠移植瘤验证耐药表型。
确定IRS1在耐药及信号激活中的作用
用shRNA或CRISPR-Cas9下调IRS1,检测耐药细胞对Herceptin的敏感性及IGF-1R/Akt/mTOR/FOXO3a磷酸化;在敏感细胞中过表达IRS1联合rhIGF2检测耐药转化。
验证FOXO3a通过miRNA控制IRS1和IGF2表达
rhIGF2剂量处理检测信号双相变化;FOXO3a敲低/敲除检测IRS1和miRNA;miRNA模拟物/抑制剂、3′-UTR荧光素酶报告、ChIP-qPCR和启动子荧光素酶报告验证直接靶向与转录调控。
阐明耐药细胞中p-FOXO3a升高的上游机制
用磷酸酶抑制剂筛选、PPP3CB敲低/过表达、entinostat和SU6656处理、STAT6敲低、ChIP-qPCR和Co-IP检测PPP3CB转录抑制及p-STAT6/HDAC1相互作用。
在体内和患者样本中验证PPP3CB-FOXO3a-IRS1轴与Herceptin反应的关系
pool2细胞IRS1敲低或敲除后建立裸鼠移植瘤,给予Herceptin或PBS;检测患者血清IGF2及肿瘤IRS1、p-FOXO3a、PPP3CB表达,并进行Kaplan-Meier生存分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞处理 | 重组人IGF2 | R&D Systems | -- |
| 雷帕霉素 | Selleck Chemicals | -- | |
| 恩替诺特 | Selleck Chemicals | -- | |
| SU6656 | Selleck Chemicals | -- | |
| WAY-600 | Selleck Chemicals | -- | |
| 磷酸酶抑制剂筛选 | 斑蝥酸 | Merck | -- |
| BN-82002 | Merck | -- | |
| 内氧草索 | Enzo Biochemicals | -- | |
| Western blot | IRS1抗体 | Cell Signaling Technology | 2382 |
| IGF-1R抗体 | Cell Signaling Technology | 3018 | |
| p-IGF-1R(Tyr1131)/IR(Tyr1146)抗体 | Cell Signaling Technology | 80732 | |
| Akt抗体 | Cell Signaling Technology | 4691 | |
| p-Akt(Thr308)抗体 | Cell Signaling Technology | 13038 | |
| p-Akt(Ser473)抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| S6K抗体 | Cell Signaling Technology | 2708 | |
| p-S6K(Thr389)抗体 | Cell Signaling Technology | 97596 | |
| FOXO3a抗体 | Cell Signaling Technology | 12829 | |
| p-FOXO3a(Ser253)抗体 | Cell Signaling Technology | 9466 | |
| STAT6抗体 | Cell Signaling Technology | 5397 | |
| p-STAT6(Tyr641)抗体 | Cell Signaling Technology | 56554 | |
| Src抗体 | Cell Signaling Technology | 2109 | |
| p-Src(Tyr416)抗体 | Cell Signaling Technology | 59548 | |
| HDAC1抗体 | Cell Signaling Technology | 34589 | |
| PPP3CB抗体 | Sigma | HPA008823 | |
| PPP3CA抗体 | Sigma | WH0005530M3 | |
| PPP3CC抗体 | Sigma | SAB1409493 | |
| PPP3R1抗体 | Sigma | WH0005534M1 | |
| PPP3R2抗体 | Sigma | SAB1406289 | |
| β-actin抗体 | Sigma | A5316 | |
| HRP标记山羊抗兔IgG | Thermo Scientific | 31460 | |
| HRP标记山羊抗鼠IgG | Thermo Scientific | 31430 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | Invitrogen | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000 | Invitrogen | -- |
| miRNA模拟物 | Ribobio | -- | |
| miRNA抑制剂 | Ribobio | -- | |
| 细胞增殖检测 | CellTiter 96 AQueous One Solution细胞增殖检测试剂盒 | Promega | -- |
| ELISA | IGF1和IGF2 ELISA试剂盒 | R&D Systems | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Thermo Scientific | -- |
| Halt蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Pierce Chemical | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Scientific | -- | |
| Immobilon-P转印膜 | Millipore | -- | |
| 增强化学发光蛋白质印迹检测试剂盒 | Millipore | -- | |
| RNA提取与RT-qPCR | RNA提取试剂盒 | QIAGEN | -- |
| 第一链合成系统 | Thermo Scientific | -- | |
| miRNA RT-qPCR | miRCURY RNA提取试剂盒 | Exiqon | -- |
| All-in-One miRNA第一链cDNA合成试剂盒 | GeneCopoeia | -- | |
| All-in-One miRNA qPCR试剂盒 | GeneCopoeia | -- | |
| 荧光素酶报告实验 | 双荧光素酶报告检测系统 | Promega | -- |
| ChIP-qPCR | EZ-CHIP染色质免疫沉淀试剂盒 | Merck Millipore | -- |
| 蛋白G琼脂糖 | Amersham Biosciences | -- | |
| 免疫组化 | 辣根过氧化物酶检测系统 | DAKO | -- |
| 细胞鉴定 | PowerPlex 18D系统 | Promega | -- |
| 支原体检测 | MycoAlert支原体检测试剂盒 | Lonza Group Ltd. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞系与耐药亚系 | SKBR3、BT474来源及pool2、HR20耐药亚系的建立与STR鉴定;支原体检测 阅读提示:Methods“Cells and cell culture” |
| Herceptin敏感性检测 | Herceptin处理浓度、72 h处理时间、MTS检测方法(2000 cells/well) 阅读提示:Methods“Cell proliferation assay”及图1、5、6图注 |
| rhIGF2剂量处理 | rhIGF2剂量(5–20 ng/ml与40–80 ng/ml)及处理时间(6 h或24 h) 阅读提示:图2、3、4图注及Results对应段落 |
| miRNA模拟物/抑制剂与荧光素酶报告 | miRNA mimic/inhibitor来源(Ribobio)、转染试剂、报告载体及内参 阅读提示:Methods“Cell transfection”“Luciferase reporter assay” |
| ChIP-qPCR | 抗体用量(5 µg)、染色质片段大小(约200–1000 bp)、引物序列 阅读提示:Methods“ChIP-qPCR analysis”及Supplementary Table 2 |
| 裸鼠移植瘤实验 | 细胞接种部位与数量、分组n=5、Herceptin 10 mg/kg每5天腹腔注射、终点肿瘤重量 阅读提示:Methods“Tumor xenograft model”及图7a、7b图注 |
| 患者样本分析 | 40例患者(23例反应良好、17例反应不佳)的疗效判定标准、血清IGF2 ELISA及肿瘤IHC 阅读提示:Methods“Clinical analyses”及图7c、7d图注 |