鉴定FVIII中的MCFD2结合基序
寻找FVIII B结构域中与MCFD2/ERGIC-53CRD复合物相互作用的特定序列。
使用15N标记的FVIII片段(Asn776–Asp838)进行NMR滴定实验,加入MCFD2/ERGIC-53CRD复合物或单独MCFD2,分析化学位移扰动并计算解离常数。
Improved secretion of glycoproteins using an N-glycan-restricted passport sequence tag recognized by cargo receptor.
包含NMR结构分析、CRISPR/Cas9基因敲除细胞系分泌实验、RUSH活细胞成像等多层级功能与机制验证。
HCT116细胞(野生型及MCFD2、ERGIC-53、ERGL敲除细胞) HEK293T细胞 Expi293F细胞 COS-7细胞(用于FV分泌验证)
HCT116细胞中FVIII、EPO等重组蛋白的转染与分泌水平检测 CRISPR/Cas9介导的MCFD2、ERGIC-53、ERGL单敲除及双敲除细胞验证 NMR滴定实验测定FVIII/FV肽段与MCFD2/ERGIC-53CRD复合物的解离常数 EPO-N-糖基化位点突变体(N24Q、N38Q、N84Q)的分泌水平比较 RUSH系统检测EPO从ER到高尔基体的转运效率
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
寻找FVIII B结构域中与MCFD2/ERGIC-53CRD复合物相互作用的特定序列。
使用15N标记的FVIII片段(Asn776–Asp838)进行NMR滴定实验,加入MCFD2/ERGIC-53CRD复合物或单独MCFD2,分析化学位移扰动并计算解离常数。
确定MCFD2通过其EF-hand螺旋与FV/FVIII基序结合,且该结合受ERGIC-53CRD或ERGL变构激活。
使用15N标记的MCFD2进行HSQC实验,分别加入FV肽段(Asp926–Lys953)或FVIII肽段,在存在或 absence of ERGIC-53CRD衍生三肽或ERGL衍生三肽的条件下观察化学位移变化。
检验删除MCFD2结合基序或敲除货物受体组分对FVIII分泌的影响。
在HCT116细胞中转染野生型FVIII或基序缺失突变体(FVIIIΔmotif),并在野生型、MCFD2-KO、ERGIC-53-KO、ERGIC-53/ERGL双KO细胞中检测培养基中FVIII抗原水平。
研究将MCFD2结合基序融合至EPO不同位置对其分泌水平的影响。
构建EPO-N-motif、EPO-C-motif、EPO-N-long、EPO-C-long等融合蛋白,转染HCT116细胞,检测培养基中EPO水平,并在MCFD2-KO或ERGIC-53-KO细胞中验证依赖性。
确定N-糖基化位点和基序中关键氨基酸对通行证序列功能的影响。
使用EPO N-糖基化位点突变体(N24Q、N38Q、N84Q)以及基序中丙氨酸替换突变体,在HCT116细胞中检测分泌水平;同时通过NMR分析丙氨酸替换对MCFD2结合的影响。
利用RUSH系统观察通行证序列标签是否促进EPO从ER到高尔基体的顺向运输。
在HCT116细胞中转染表达mScarlet-I-EPO或mScarlet-I-EPO-motif的RUSH质粒,加入生物素触发转运,30分钟后固定细胞,免疫荧光标记GM130,共聚焦显微镜成像并计算共定位系数。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| NMR spectroscopy | AVANCE 800 波谱仪 | Bruker BioSpin | -- |
| AVANCE 500 波谱仪 | Bruker BioSpin | -- | |
| CRISPR/Cas9 genome editing | pRGEN-U6-sgRNA质粒 | ToolGen | -- |
| Cas9-GFP质粒 | Addgene | 44719 | |
| Guide-it CRISPR/Cas9系统(绿色/红色) | Takara Bio Inc. | -- | |
| 细胞培养与转染 | 聚乙烯亚胺“Max” | Polysciences Inc. | -- |
| ExpiFectamine 293转染试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞培养 | Expi293表达培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 蛋白表达与纯化 | pET28a质粒 | -- | -- |
| 泛素羧基末端水解酶YUH1 | -- | -- | |
| 镍离子亲和层析 | -- | -- | |
| 抗Flag M2亲和凝胶 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 3×FLAG标签肽 | Sigma-Aldrich | -- | |
| ELISA | VisuLize FVIII抗原检测试剂盒 | Affinity Biologicals Inc. | -- |
| Asssay Max™人因子V ELISA试剂盒 | ASSAYPRO | -- | |
| 抗AAT抗体 | Agilent | -- | |
| 抗Flag M2抗体 | Sigma-Aldrich | -- | |
| Western blotting | 聚偏二氟乙烯膜 | Millipore | -- |
| Blocking One封闭液 | Nacalai Tesque | -- | |
| 鼠单克隆抗Flag M2抗体 | Sigma-Aldrich | F1804 | |
| 抗人LMAN1(ERGIC-53)抗体 | Proteintech | 13364 | |
| 抗人SDNSF/MCFD2抗体 | R&D System | MAB2357 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | A2228 | |
| 抗小鼠IgG抗体-HRP | GE Healthcare | -- | |
| 抗兔Ig抗体-HRP | Cell Signaling Technology | -- | |
| Immobilon Western化学发光HRP底物溶液 | Millipore | -- | |
| Reverse transcription-PCR | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| SuperScriptIII逆转录酶 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| AmpliTaq Gold DNA聚合酶 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| SYBR safe DNA凝胶染料 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RUSH system | li-Str_ST-SBP-mCherry质粒 | Addgene | 65269 |
| Expifectamine™ 293试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 免疫荧光 | 兔多克隆抗GM130抗体 | Proteintech | 11308-1-AP |
| Alexa Fluor 488标记抗兔IgG抗体 | Jackson ImmunoResearch | 711-545-152 | |
| 荧光成像 | 荧光显微镜BZ-X700 | Keyence Co. | -- |
| BZ-H3XF/切片模块 | Keyence Co. | -- | |
| 流式细胞分选 | BD FACSAria II细胞分选仪 | BD Biosciences | -- |
| 肽段合成 | FV衍生肽段 | AnyGen Co., Ltd. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| NMR滴定实验 | 15N标记FVIII片段浓度(0.1 mM)、MCFD2/ERGIC-53CRD滴定范围(0.02–0.3 mM)、缓冲液组成(20 mM MES pH 6.0,10 mM CaCl2,150 mM NaCl,10% D2O)、采集温度(283 K) 阅读提示:Methods中NMR spectroscopy小节及Fig. 1b, c图注 |
| NMR MCFD2相互作用实验 | 15N标记MCFD2浓度(0.2 mM)、FV/FVIII肽段加入量(2倍摩尔过量)、ERGIC-53CRD或ERGL三肽加入量(5倍摩尔过量)、缓冲液含2% DMSO-d6、采集温度(303 K) 阅读提示:Methods中NMR spectroscopy小节及Fig. 2a, 3a图注 |
| FVIII分泌实验 | HCT116细胞(野生型及MCFD2、ERGIC-53、ERGIC-53/ERGL敲除细胞)、转染后检测时间(72小时)、ELISA试剂盒(VisuLize FVIII Antigen Kit)、独立转染次数(n=4)、统计方法(双尾非配对Student t检验) 阅读提示:Methods中Secretion level assays of recombinant proteins小节及Fig. 4b图注 |
| EPO分泌实验 | EPO融合蛋白构建设计(N端/C端,含或不含TEV序列)、HCT116细胞(野生型及MCFD2-KO、ERGIC-53-KO)、ELISA检测(抗Flag M2抗体)、独立转染次数(n=3) 阅读提示:Methods中Secretion level assays of recombinant proteins小节及Fig. 4a, c–f图注 |
| RUSH转运实验 | RUSH质粒(li-Str_ST-SBP-mCherry替换为mScarlet-I-EPO或EPO-motif)、生物素浓度(40 μM)、转运时间(30分钟)、固定条件(2%多聚甲醛10分钟)、GM130抗体稀释比(1:1000)、至少9个细胞用于定量、Manders' M1系数分析 阅读提示:Methods中Retention using selective hooks system小节及Fig. 5图注 |