患者队列和样本采集
获取不同疾病状态的食管活检样本以进行后续分析
纳入活动性EoE、缓解期EoE和对照个体的食管活检样本,分别用于scRNA-seq、流式细胞术和免疫荧光分析。
Single-cell RNA sequencing of mast cells in eosinophilic esophagitis reveals heterogeneity, local proliferation, and activation that persists in remission
包括scRNA-seq、流式细胞术、免疫荧光等独立实验层级,并包含功能验证和机制验证。
人食管活检组织 肥大细胞亚群
scRNA-seq分析中,细胞过滤标准为unique feature counts >200且<4,800,线粒体计数<20% 流式细胞术鉴定MC为CD45highc-KIThighFcεRIα high 免疫荧光染色使用tryptase作为MC标志物,KI67作为增殖标志物 MC群体分为resident、transient、persistent和proliferative四种类型
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取不同疾病状态的食管活检样本以进行后续分析
纳入活动性EoE、缓解期EoE和对照个体的食管活检样本,分别用于scRNA-seq、流式细胞术和免疫荧光分析。
鉴定食管细胞类型和MC亚群及其转录特征
对食管活检制备的单细胞悬液进行scRNA-seq,鉴定主要细胞类型,并进一步对MC进行亚群分析。
验证不同疾病状态下MC的比例和免疫表型
使用流式细胞术分析食管活检消化后的单细胞悬液,鉴定MC(CD45highc-KIThighFcεRIα high)和嗜酸性粒细胞。
评估MC在食管组织中的空间分布和增殖情况
对食管活检组织进行免疫荧光染色,使用tryptase标记MC,KI67标记增殖细胞,IL-13标记细胞因子。
评估MC与EoE相关炎症介质的相关性
利用先前发表的bulk RNA-seq数据,分析MC标志基因(TPSAB1, CPA3)与IL13、IL5等细胞因子的表达相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 样本消化 | 胶原酶A | Roche | -- |
| 流式细胞术 | LIVE/DEAD可固定死细胞染料 | Invitrogen | L34957 |
| Fc受体阻断剂 | BD Biosciences | 564219 | |
| 抗人CD45抗体 | Biolegend | 103147 | |
| 抗人FcεR1α抗体 | Biolegend | 334608 | |
| 抗人c-KIT抗体 | Biolegend | 313204 | |
| 免疫荧光 | 抗人tryptase抗体 | Biolegend | 369402 |
| 抗人KI-67抗体 | Invitrogen | PA-19462 | |
| 抗人IL-13抗体 | Biolegend | 501902 | |
| Hoechst 33342 | Invitrogen | H3570 | |
| 驴抗小鼠Alexa Fluor 647 | Jackson | 715605151 | |
| 驴抗大鼠Alexa Fluor 488 | Invitrogen | A21208 | |
| 驴抗兔Alexa Fluor 488 | Jackson | 711545152 | |
| ProLong Gold抗淬灭剂 | Invitrogen | P10144 | |
| R-UNIVERSAL抗原修复液 | EMS | 62719-20 | |
| scRNA-seq | 10X Genomics Chromium | 10X Genomics, Inc. | -- |
| Illumina HiSeq 2500 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本处理 | 食管活检样本的酶消化条件,包括胶原酶A浓度(2.4 mg/mL)和消化时间(30分钟) 阅读提示:Methods: Enzymatic digestion of esophageal biopsies to produce a single-cell suspension |
| 流式细胞术 | MC的免疫表型标记物(CD45, c-KIT, FcεR1α)及抗体克隆和稀释度 阅读提示:Methods: Flow cytometry staining |
| 免疫荧光 | 用于MC、增殖和IL-13染色的抗体以及抗原修复条件 阅读提示:Methods: Immunofluorescence staining |
| scRNA-seq分析 | 细胞过滤标准、聚类参数(如维度数、分辨率)以及MC亚群的定义标记基因 阅读提示:Methods: Single-cell RNA sequencing analysis |
| 数据分析 | 用于相关性分析的统计数据来源和统计方法 阅读提示:Results: Esophageal MCs increase in human active EoE... |