血小板RNA谱分析无创鉴别结直肠癌与健康供体及非癌性肠道疾病:一项回顾性队列研究

RNA profiling of blood platelets noninvasively differentiates colorectal cancer from healthy donors and noncancerous intestinal diseases: a retrospective cohort study

作者信息Luming Xu, Xinbo Li, Xiangchun Li, Xingyue Wang, Qian Ma, Dan She, Xiaohuan Lu, Jiao Zhang, Qianqian Yang, Shijun Lei, Lin Wang, Zheng Wang
PMID35236405
发布时间2022-03
DOI10.1186/s13073-022-01033-x

摘要

背景:肿瘤教育血小板(TEPs)的RNA谱具有可用于早期癌症检测的病理特征。然而,TEP RNA谱在区分早期结直肠癌(CRC)与非癌性结直肠疾病方面的应用潜力尚未得到研究。本研究评估了TEP RNA谱在CRC患者与非癌性疾病患者队列中的诊断能力。方法:对132例早期及晚期CRC患者、190例对照者(包括健康供体及溃疡性疾病、克罗恩病、息肉和腺瘤患者)分离的血小板进行转录组测序,并采用二元粒子群优化算法结合支持向量机进行分析,以识别有助于区分CRC患者与对照者的基因。评估了受试者工作特征曲线下面积(AUROCs)及TEP RNA谱在CRC诊断中的准确性。结果:TEP RNA谱在区分CRC患者与对照者及分期方面表现出高性能。通过群体智能算法,识别出921个对区分CRC患者与对照者贡献最大的基因。训练集通过留一法交叉验证获得的AUROC为0.928,验证集为0.92,均显著高于临床常用的血清生物标志物:癌胚抗原和癌抗原19-9。值得注意的是,在外部验证集中获得了0.915的AUROC。在预测不同CRC分期方面,训练集的AUROC为0.984,内部验证集为1.000。结论:TEPs的RNA谱在从非癌性疾病中识别早期CRC方面具有潜在的诊断价值。需要前瞻性研究来验证其临床相关性。

实验方法

产品清单

名称品牌货号
紫色盖真空采血管Zhiyuan Medical Technology Co., Ltd.--
RNAisotakaraNO9109
Direct-zol RNA Miniprep试剂盒ZYMO RESEARCHR2052
Agilent 2100生物分析仪Agilent--
SMARTer试剂盒Clontech Laboratories, Inc.--
DNA高灵敏度芯片Agilent--
Ovation® SoLo RNA测序系统--HUMAN PART NO0500
Illumina HiSeq X-ten测序仪Illumina--