SPOP介导的PDK1泛素化和降解抑制AKT激酶活性及致癌功能

SPOP-mediated ubiquitination and degradation of PDK1 suppresses AKT kinase activity and oncogenic functions

作者信息Qiwei Jiang, Nana Zheng, Lang Bu, Xiaomei Zhang, Xiaoling Zhang, Yuanzhong Wu, Yaqing Su, Lei Wang, Xiaomin Zhang, Shancheng Ren, Xiangpeng Dai, Depei Wu, Wei Xie, Wenyi Wei, Yasheng Zhu, Jianping Guo
PMID34353330
发布时间2021-08-05
DOI10.1186/s12943-021-01397-5

实验完整度

包含CRISPR筛选、体外/体内泛素化、激酶实验、细胞功能实验(集落形成、软琼脂)、动物异种移植模型及患者样本IHC等多个独立证据层级,且有明确功能与机制验证。

主要模型

HEK293T细胞 C4-2、22Rv1、PC3、DU145等前列腺癌细胞系 Spop+/+和Spop-/-小鼠胚胎成纤维细胞 DLD1-PDK1-/-细胞系及异种移植小鼠模型 前列腺癌患者组织样本

重点核对

E3连接酶筛选:CRISPR/Cas9文库筛选PDK1 E3连接酶,报告基因EGFP-PDK1/DsRed SPOP与PDK1相互作用:免疫共沉淀、GST pull-down,验证Cullin3SPOP结合 SPOP介导PDK1泛素化:体内外泛素化实验,检测polyubiquitin化 CK1/GSK3磷酸化PDK1:体外激酶实验、磷酸化位点突变,使用IC261/D4476/CHIR-99021 功能验证:集落形成、软琼脂、异种移植模型(每组8只裸鼠),及患者样本IHC

摘要

背景:3-磷酸肌醇依赖性蛋白激酶-1(PDK1)作为蛋白激酶A、G和C家族(AGC)激酶的主激酶,主要调控细胞存活、增殖和代谢稳态。尽管PDK1下游底物如蛋白激酶B(AKT)和核糖体蛋白S6激酶β(S6K)的调控已被充分研究,但PDK1的上游调控因子,特别是其降解因子,尚未明确。方法:采用基于CRISPR的E3连接酶筛选方法鉴定降解PDK1的E3泛素连接酶。通过Western blotting、免疫沉淀和免疫荧光(IF)染色检测PDK1与斑点型POZ蛋白(SPOP)的相互作用或定位。免疫组化(IHC)染色用于研究前列腺癌组织中PDK1和SPOP的表达。体内和体外泛素化实验检测SPOP对PDK1的泛素化缀合。体外激酶实验和质谱方法鉴定酪蛋白激酶1(CK1)和糖原合酶激酶3(GSK3)介导的PDK1磷酸化。通过集落形成、软琼脂实验和体内异种移植小鼠模型研究PDK1突变的生物学效应及其与SPOP突变的相关性。结果:我们确定PDK1经历SPOP介导的泛素化和随后的蛋白酶体依赖性降解。具体而言,SPOP通过共有降解决定子以CK1/GSK3β介导的磷酸化依赖性方式直接结合PDK1。病理上,前列腺癌患者相关的SPOP突变损害PDK1降解,从而激活AKT激酶,导致肿瘤恶性。同时,发生在PDK1降解决定子周围或内部的突变,通过阻断SPOP结合降解决定子或抑制CK1或GSK3β介导的PDK1磷酸化,可显著逃避SPOP介导的PDK1降解,并通过激活AKT激酶发挥强致癌作用。结论:我们的结果不仅揭示了E3连接酶SPOP对PDK1的生理调控,还强调了SPOP功能丧失突变或PDK1功能获得突变通过激活AKT激酶在肿瘤发生中的致癌作用。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
PDK1的上游调控因子,特别是介导其降解的E3泛素连接酶,以及SPOP或PDK1突变如何影响PDK1稳定性、AKT活性和肿瘤发生。
核心机制
SPOP作为Cullin3SPOP E3连接酶,通过识别PDK1的降解决定子在CK1/GSK3β介导的磷酸化依赖性方式下,促进PDK1泛素化和蛋白酶体降解,从而抑制AKT激酶活性;SPOP功能丧失突变或PDK1降解决定子突变可逃避这一调控,导致PDK1积累、AKT过度激活和肿瘤恶性。
主要证据
CRISPR筛选鉴定SPOP为PDK1 E3连接酶;免疫共沉淀和体外泛素化证明SPOP直接结合并泛素化PDK1;体外激酶实验和磷酸化位点突变证明CK1/GSK3磷酸化PDK1;细胞功能实验和异种移植模型显示SPOP突变或PDK1突变促进肿瘤生长,患者样本IHC显示SPOP突变组织中PDK1高表达。
研究意义
揭示了SPOP介导的PDK1降解生理调控,并强调PDK1-AKT通路可作为SPOP突变或PDK1突变驱动的癌症的潜在治疗靶点。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

鉴定PDK1的E3连接酶

通过CRISPR筛选鉴定降解PDK1的E3泛素连接酶

构建EGFP-PDK1报告细胞,感染CRISPR/Cas9 E3连接酶文库,流式分选后测序,筛选出SPOP。随后通过Western blot和流式验证SPOP敲除增加PDK1水平。

2

验证SPOP与PDK1的相互作用及泛素化

确认SPOP是否直接结合并泛素化PDK1

通过免疫共沉淀和GST pull-down检测SPOP与PDK1结合;通过体内外泛素化实验检测SPOP介导的PDK1多聚泛素化。

3

鉴定SPOP结合PDK1的降解决定子

确定SPOP识别PDK1所需的保守降解决定子序列

通过截短突变和肽段pull-down实验,定位PDK1降解决定子“VSSSSSS”,并验证降解决定子缺失(Δ6S)阻断SPOP结合和降解。

4

验证CK1/GSK3磷酸化PDK1并调控SPOP结合

研究CK1和GSK3是否磷酸化PDK1从而促进SPOP识别

通过体外激酶实验和磷酸化突变实验检测GSK3β和CK1δ对PDK1 PolyS区域的磷酸化;使用抑制剂IC261、D4476和CHIR-99021处理验证磷酸化对SPOP结合和PDK1降解的调控。

5

评估SPOP和PDK1突变对PDK1降解及功能的影响

验证SPOP功能丧失突变和PDK1降解决定子突变对细胞恶性表型及体内肿瘤生长的影响

在HEK293T和C4-2细胞中表达SPOP突变体(Y87C、F102C等)和PDK1突变体(Q387R、Q387H、S390L等),检测PDK1稳定性、AKT磷酸化和细胞功能;通过异种移植实验评估体内肿瘤生长。

6

临床样本验证

评估SPOP突变与PDK1表达的相关性

用免疫组化检测前列腺癌组织样本中PDK1表达,并根据SPOP突变状态分组比较。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
DMEM培养基文中未明确说明--
RPMI 1640培养基文中未明确说明--
胎牛血清文中未明确说明--
MG132文中未明确说明--
CK1抑制剂Calbiochem400090
CK1抑制剂SigmaD1994
GSK3抑制剂SelleckS2924
QuikChange XL定点突变试剂盒Stratagene--
谷胱甘肽-琼脂糖珠GE Healthcare--
镍树脂Qiagen--
Protein A琼脂糖珠GE Healthcare--
抗PDK1抗体BD Biosciences8292787
抗SPOP抗体Proteintech16750-1-AP
抗CK1抗体Proteintech14388-1-AP
抗pS473-AKT抗体Cell Signaling Technology4060
抗pT308-AKT抗体Cell Signaling Technology2965
抗AKT1抗体Cell Signaling Technology2938
抗总AKT抗体Cell Signaling Technology4691
抗Cullin3抗体Cell Signaling Technology2759
抗GST抗体Cell Signaling Technology2625
多克隆抗Myc标签抗体Cell Signaling Technology2278
抗GAPDH抗体Cell Signaling Technology5174
单克隆抗Myc标签抗体Cell Signaling Technology2276
单克隆抗HA抗体BiolegendMMS-101P
抗TRIM24抗体Santa CruzC-4
多克隆抗HA抗体Santa CruzSC-805
抗p27抗体Santa CruzSC-528
多克隆抗Flag抗体SigmaF-2425
单克隆抗Flag抗体SigmaF-3165
抗Tubulin抗体SigmaT-5168
抗Vinculin抗体SigmaV-4505
抗Flag琼脂糖珠SigmaA-2220
抗HA琼脂糖珠SigmaA-2095
过氧化物酶偶联抗小鼠二抗SigmaA-4416
过氧化物酶偶联抗兔二抗SigmaA-4914
BL21 (DE3)大肠杆菌菌株文中未明确说明--
异丙基β-D-1-硫代吡喃半乳糖苷文中未明确说明--
牛血清白蛋白文中未明确说明--
肽段Sangon Biotechnology--
UltraSensitive TM SP(兔)免疫组化试剂盒Fuzhou Maixin BiotechKIT-9706
PDK1抗体(IHC)Abcamab52893
DAB底物Fuzhou Maixin BiotechDAB-2031
Olympus相机Olympus--
His标记泛素文中未明确说明--
Ni-NTA树脂Qiagen--
MG132文中未明确说明--
E1酶UBbiotech--
E2酶(UbcH5a和UbcH3)UBbiotech--
泛素UBbiotech--
MTS试剂PromegaG3530
Nobel琼脂文中未明确说明--
碘硝基氯化四氮唑SigmaI10406
Beckman Coulter DU-800分光光度计Beckman Coulter--
Bio-Rad蛋白测定试剂Bio-Rad--
QExactive HF Orbitrap质谱仪Thermo Fisher Scientific--
Proxeon EASY-nLc II纳米高效液相色谱Thermo Fisher Scientific--
Mascot软件Matrix Science--
Scaffold软件Proteome Software--
磷酸酶抑制剂混合物I和IICalbiochem--
Complete Mini蛋白酶抑制剂Roche--
嘌呤霉素Sigma--
结晶紫文中未明确说明--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
CRISPR筛选
CRISPR文库构建、报告细胞系构建、筛选时间(7天)、流式分选阈值
阅读提示:Methods: CRISPR/Cas9 library screening,补充图S1C
细胞培养与处理
所用细胞系(HEK293T、C4-2、22Rv1等)、培养基、FBS浓度、抑制剂浓度(MG132 10μM、CHX 100μg/ml、IC261 50μM、D4476 20μM、CHIR-99021 10μM)及处理时间
阅读提示:Methods: Cell culture, transfection and cell fractionations;Figure legends
泛素化实验
体内泛素化:转染His-Ub、MG132处理时间(12h)、Ni-NTA pull-down步骤;体外泛素化:E1、E2、Ub来源及浓度、反应时间(2h)和温度(37°C)
阅读提示:Methods: In cell ubiquitination assays;In vitro ubiquitination assays
激酶实验
激酶来源(免疫沉淀或重组)、ATP浓度(200μM)、反应缓冲液成分、反应时间(30min)和温度(30°C)
阅读提示:Methods: In vitro kinase assays
体内异种移植实验
细胞数量(5×10^6)、小鼠品系(裸鼠)和数量(8只)、注射部位、肿瘤测量频率(每两天)和体积计算公式
阅读提示:Methods: Mouse xenograft assays;Figure legends 5I-K, 6I-K
临床样本IHC
样本来源(上海长海医院)、伦理批准、PDK1抗体稀释比例(1:300)、染色评分标准(1-3级)、SPOP突变状态测定方法
阅读提示:Methods: IHC staining