鉴定PDK1的E3连接酶
通过CRISPR筛选鉴定降解PDK1的E3泛素连接酶
构建EGFP-PDK1报告细胞,感染CRISPR/Cas9 E3连接酶文库,流式分选后测序,筛选出SPOP。随后通过Western blot和流式验证SPOP敲除增加PDK1水平。
SPOP-mediated ubiquitination and degradation of PDK1 suppresses AKT kinase activity and oncogenic functions
包含CRISPR筛选、体外/体内泛素化、激酶实验、细胞功能实验(集落形成、软琼脂)、动物异种移植模型及患者样本IHC等多个独立证据层级,且有明确功能与机制验证。
HEK293T细胞 C4-2、22Rv1、PC3、DU145等前列腺癌细胞系 Spop+/+和Spop-/-小鼠胚胎成纤维细胞 DLD1-PDK1-/-细胞系及异种移植小鼠模型 前列腺癌患者组织样本
E3连接酶筛选:CRISPR/Cas9文库筛选PDK1 E3连接酶,报告基因EGFP-PDK1/DsRed SPOP与PDK1相互作用:免疫共沉淀、GST pull-down,验证Cullin3SPOP结合 SPOP介导PDK1泛素化:体内外泛素化实验,检测polyubiquitin化 CK1/GSK3磷酸化PDK1:体外激酶实验、磷酸化位点突变,使用IC261/D4476/CHIR-99021 功能验证:集落形成、软琼脂、异种移植模型(每组8只裸鼠),及患者样本IHC
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
通过CRISPR筛选鉴定降解PDK1的E3泛素连接酶
构建EGFP-PDK1报告细胞,感染CRISPR/Cas9 E3连接酶文库,流式分选后测序,筛选出SPOP。随后通过Western blot和流式验证SPOP敲除增加PDK1水平。
确认SPOP是否直接结合并泛素化PDK1
通过免疫共沉淀和GST pull-down检测SPOP与PDK1结合;通过体内外泛素化实验检测SPOP介导的PDK1多聚泛素化。
确定SPOP识别PDK1所需的保守降解决定子序列
通过截短突变和肽段pull-down实验,定位PDK1降解决定子“VSSSSSS”,并验证降解决定子缺失(Δ6S)阻断SPOP结合和降解。
研究CK1和GSK3是否磷酸化PDK1从而促进SPOP识别
通过体外激酶实验和磷酸化突变实验检测GSK3β和CK1δ对PDK1 PolyS区域的磷酸化;使用抑制剂IC261、D4476和CHIR-99021处理验证磷酸化对SPOP结合和PDK1降解的调控。
验证SPOP功能丧失突变和PDK1降解决定子突变对细胞恶性表型及体内肿瘤生长的影响
在HEK293T和C4-2细胞中表达SPOP突变体(Y87C、F102C等)和PDK1突变体(Q387R、Q387H、S390L等),检测PDK1稳定性、AKT磷酸化和细胞功能;通过异种移植实验评估体内肿瘤生长。
评估SPOP突变与PDK1表达的相关性
用免疫组化检测前列腺癌组织样本中PDK1表达,并根据SPOP突变状态分组比较。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | 文中未明确说明 | -- |
| RPMI 1640培养基 | 文中未明确说明 | -- | |
| 胎牛血清 | 文中未明确说明 | -- | |
| 药物处理 | MG132 | 文中未明确说明 | -- |
| CK1抑制剂 | Calbiochem | 400090 | |
| CK1抑制剂 | Sigma | D1994 | |
| GSK3抑制剂 | Selleck | S2924 | |
| 质粒构建 | QuikChange XL定点突变试剂盒 | Stratagene | -- |
| 蛋白纯化 | 谷胱甘肽-琼脂糖珠 | GE Healthcare | -- |
| 镍树脂 | Qiagen | -- | |
| 免疫沉淀 | Protein A琼脂糖珠 | GE Healthcare | -- |
| Western blot | 抗PDK1抗体 | BD Biosciences | 8292787 |
| 抗SPOP抗体 | Proteintech | 16750-1-AP | |
| 抗CK1抗体 | Proteintech | 14388-1-AP | |
| 抗pS473-AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| 抗pT308-AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 2965 | |
| 抗AKT1抗体 | Cell Signaling Technology | 2938 | |
| 抗总AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 4691 | |
| 抗Cullin3抗体 | Cell Signaling Technology | 2759 | |
| 抗GST抗体 | Cell Signaling Technology | 2625 | |
| 多克隆抗Myc标签抗体 | Cell Signaling Technology | 2278 | |
| 抗GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 5174 | |
| 单克隆抗Myc标签抗体 | Cell Signaling Technology | 2276 | |
| 单克隆抗HA抗体 | Biolegend | MMS-101P | |
| 抗TRIM24抗体 | Santa Cruz | C-4 | |
| 多克隆抗HA抗体 | Santa Cruz | SC-805 | |
| 抗p27抗体 | Santa Cruz | SC-528 | |
| 多克隆抗Flag抗体 | Sigma | F-2425 | |
| 单克隆抗Flag抗体 | Sigma | F-3165 | |
| 抗Tubulin抗体 | Sigma | T-5168 | |
| 抗Vinculin抗体 | Sigma | V-4505 | |
| 免疫沉淀 | 抗Flag琼脂糖珠 | Sigma | A-2220 |
| 抗HA琼脂糖珠 | Sigma | A-2095 | |
| Western blot | 过氧化物酶偶联抗小鼠二抗 | Sigma | A-4416 |
| 过氧化物酶偶联抗兔二抗 | Sigma | A-4914 | |
| 蛋白表达纯化 | BL21 (DE3)大肠杆菌菌株 | 文中未明确说明 | -- |
| 异丙基β-D-1-硫代吡喃半乳糖苷 | 文中未明确说明 | -- | |
| 牛血清白蛋白 | 文中未明确说明 | -- | |
| 肽段合成与pull-down | 肽段 | Sangon Biotechnology | -- |
| 免疫组化 | UltraSensitive TM SP(兔)免疫组化试剂盒 | Fuzhou Maixin Biotech | KIT-9706 |
| PDK1抗体(IHC) | Abcam | ab52893 | |
| DAB底物 | Fuzhou Maixin Biotech | DAB-2031 | |
| 成像 | Olympus相机 | Olympus | -- |
| 泛素化实验 | His标记泛素 | 文中未明确说明 | -- |
| Ni-NTA树脂 | Qiagen | -- | |
| MG132 | 文中未明确说明 | -- | |
| 体外泛素化 | E1酶 | UBbiotech | -- |
| E2酶(UbcH5a和UbcH3) | UBbiotech | -- | |
| 泛素 | UBbiotech | -- | |
| 细胞增殖 | MTS试剂 | Promega | G3530 |
| 软琼脂实验 | Nobel琼脂 | 文中未明确说明 | -- |
| 碘硝基氯化四氮唑 | Sigma | I10406 | |
| 蛋白浓度测定 | Beckman Coulter DU-800分光光度计 | Beckman Coulter | -- |
| Bio-Rad蛋白测定试剂 | Bio-Rad | -- | |
| 质谱分析 | QExactive HF Orbitrap质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Proxeon EASY-nLc II纳米高效液相色谱 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Mascot软件 | Matrix Science | -- | |
| Scaffold软件 | Proteome Software | -- | |
| 抑制剂 | 磷酸酶抑制剂混合物I和II | Calbiochem | -- |
| Complete Mini蛋白酶抑制剂 | Roche | -- | |
| 细胞培养 | 嘌呤霉素 | Sigma | -- |
| 结晶紫染色 | 结晶紫 | 文中未明确说明 | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| CRISPR筛选 | CRISPR文库构建、报告细胞系构建、筛选时间(7天)、流式分选阈值 阅读提示:Methods: CRISPR/Cas9 library screening,补充图S1C |
| 细胞培养与处理 | 所用细胞系(HEK293T、C4-2、22Rv1等)、培养基、FBS浓度、抑制剂浓度(MG132 10μM、CHX 100μg/ml、IC261 50μM、D4476 20μM、CHIR-99021 10μM)及处理时间 阅读提示:Methods: Cell culture, transfection and cell fractionations;Figure legends |
| 泛素化实验 | 体内泛素化:转染His-Ub、MG132处理时间(12h)、Ni-NTA pull-down步骤;体外泛素化:E1、E2、Ub来源及浓度、反应时间(2h)和温度(37°C) 阅读提示:Methods: In cell ubiquitination assays;In vitro ubiquitination assays |
| 激酶实验 | 激酶来源(免疫沉淀或重组)、ATP浓度(200μM)、反应缓冲液成分、反应时间(30min)和温度(30°C) 阅读提示:Methods: In vitro kinase assays |
| 体内异种移植实验 | 细胞数量(5×10^6)、小鼠品系(裸鼠)和数量(8只)、注射部位、肿瘤测量频率(每两天)和体积计算公式 阅读提示:Methods: Mouse xenograft assays;Figure legends 5I-K, 6I-K |
| 临床样本IHC | 样本来源(上海长海医院)、伦理批准、PDK1抗体稀释比例(1:300)、染色评分标准(1-3级)、SPOP突变状态测定方法 阅读提示:Methods: IHC staining |