跨物种时空图谱构建
重建表皮突脊发育的时空动态并确定起始时间。
对猪E90至出生后6个月多个阶段进行scRNA-seq,并在P3、P10和6个月进行Stereo-seq;同时重新分析已发表的人胎儿、新生儿及成人皮肤转录组数据。
Bone morphogenetic protein signaling drives rete ridge morphogenesis: a distinct epidermal appendage program.
本文为对Thompson等Nature研究的述评,未提供原始实验方法细节,仅转述跨物种组学与遗传验证结果
猪皮肤发育阶段样本(E90至出生后6个月) 人胎儿、新生儿及成人皮肤转录组数据集 Lef1条件性敲除小鼠、K14-Noggin转基因小鼠及Bmpr1a条件性敲除小鼠
猪E90至出生后6个月scRNA-seq与P3、P10及6个月Stereo-seq的取样时间点 新生猪背侧皮肤创伤后表皮突脊再生的模型与观察终点 K14-Noggin转基因小鼠及他莫昔芬诱导Bmpr1a敲除的基因型与诱导时间 EDA-KO猪在P5和5月龄与野生型同窝对照的比较
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
重建表皮突脊发育的时空动态并确定起始时间。
对猪E90至出生后6个月多个阶段进行scRNA-seq,并在P3、P10和6个月进行Stereo-seq;同时重新分析已发表的人胎儿、新生儿及成人皮肤转录组数据。
比较哺乳动物表皮厚度、毛囊密度与表皮突脊有无的关系。
对鲸类、灰熊、家猪与小型猪、非人灵长类、裸鼹鼠及小鼠进行组织学调查。
鉴定驱动表皮突脊形成的信号通路及表皮-真皮交互。
整合scRNA-seq分析,比较LEF1/EDAR高表达的表皮基板细胞与出生后KRT15阳性基底细胞;对Stereo-seq数据进行空间CellChat分析、对scRNA-seq数据进行CellChat分析。
检验LEF1/WNT、EDA/EDAR与BMP通路对表皮突脊形成的必要性。
利用Lef1-eKO小鼠、EDA-KO猪、K14-Noggin转基因小鼠及他莫昔芬诱导的K14-CreERT;Bmpr1afl/fl小鼠,观察指垫表皮突脊密度与形成情况,并检测SMAD1/5磷酸化。
评估新生皮肤能否从头再生表皮突脊。
在新生猪背侧皮肤制造创面,观察表皮突脊再生及血管化真皮囊的重建。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 猪与小鼠皮肤发育时空图谱 | 取样阶段(E90至出生后6个月)、Stereo-seq时间点(P3、P10、6个月);样本量与重复数:文中未明确说明 阅读提示:Thompson et al. Nature 原文Methods中测序与取样部分 |
| 跨物种组织学调查 | 各物种具体个体数、取样部位与年龄:文中未明确说明 阅读提示:Thompson et al. 原文组织学比较相关图注与Methods |
| 功能遗传验证 | Lef1-eKO、K14-Noggin、K14-CreERT;Bmpr1afl/fl小鼠的基因型、诱导时间与剂量;EDA-KO猪的P5与5月龄时间点 阅读提示:Thompson et al. 原文遗传模型相关图注 |
| 新生猪创面再生 | 创面大小、观察时间点与重复数:文中未明确说明 阅读提示:Thompson et al. 原文新生猪创面实验图注 |