毛囊细胞单细胞转录组图谱构建
定义人毛囊细胞群体并建立参考图谱
对5例HS患者病灶周围皮肤和2例健康供体的毛囊细胞进行scRNA-seq,整合公共数据集(OEP002321、GSE129611),基于标志基因注释细胞类型。
Hair follicle stem cell fate supports distinct clinical endotypes in hidradenitis suppurativa
包含scRNA-seq(5例HS/2例健康)、49例患者队列qPCR验证、免疫荧光及基因组变异分析,具备功能与机制验证。
5例HS患者及2例健康供体的毛囊细胞(scRNA-seq) 49例HS患者(Fol-Hydra队列)的毛囊样本 公共scRNA-seq数据集(OEP002321、GSE129611)整合的毛囊细胞图谱
scRNA-seq样本:5例HS患者病灶周围皮肤毛囊 vs 2例健康供体 49例HS患者队列:每例取5个新鲜分离毛囊进行RT-qPCR检测ORS、IFE基底和T细胞标志物 免疫荧光验证CD4、GZMA与DAPI在HS患者毛囊切片的表达 NCSTN单核苷酸变异分析(49例患者) 聚类分析:基于临床特征的自组织映射(SOM)算法
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
定义人毛囊细胞群体并建立参考图谱
对5例HS患者病灶周围皮肤和2例健康供体的毛囊细胞进行scRNA-seq,整合公共数据集(OEP002321、GSE129611),基于标志基因注释细胞类型。
探究HF-SC的分化命运分支
基于整合scRNA-seq数据构建扩散图,使用Slingshot和TInGa算法进行轨迹推断,GSEA比较ORS与IFE基底细胞的通路富集。
比较HS患者与健康供体HF-SC、IFE基底和ORS细胞的转录组差异
对HF-SC、IFE基底细胞和ORS细胞分别进行差异表达分析,鉴定炎症相关基因和通路变化。
表征HS中毛囊周围免疫细胞群体及活化状态
对免疫细胞进行tSNE降维和差异表达分析,免疫荧光验证CD4、GZMA表达。
基于临床特征和HF细胞组成定义疾病内型
对49例Fol-Hydra队列患者进行临床特征SOM聚类,同时用RT-qPCR定量毛囊中ORS、IFE基底和T细胞标志物,并进行NCSTN变异分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单细胞RNA测序 | 10X Genomics技术 | 10X Genomics | -- |
| 全基因组测序 | Illumina技术 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞RNA测序 | 样本来源:HS患者病灶周围皮肤毛囊 vs 健康供体;细胞数:12,111个通过质控;测序平台:10X Genomics 阅读提示:Methods及Results第一段;Table S1 |
| 49例患者队列qPCR | 每例患者5个新鲜分离毛囊;检测基因:ORS、IFE基底、T细胞标志物及OAZ1参照 阅读提示:Methods及Results中SOM分析段落;Table 1 |
| 免疫荧光 | 抗体:CD4、GZMA;核染:DAPI;样本:HS患者毛囊切片 阅读提示:Figure 4g图注 |
| SOM聚类 | 聚类特征:年龄、性别、诊断年龄、家族史、吸烟等临床参数;聚类数:5个临床簇 阅读提示:Figure 5及Table 1;Appendix S1 |
| NCSTN变异分析 | 49例患者;变异位点:p.Leu30、p.Gln83;方法:全基因组测序 阅读提示:Results中SOM分析段落 |