建立K14-Confetti小鼠模型并诱导荧光标记
实现体内对单个角质形成细胞及其后代的永久荧光标记,以便追踪进化支动力学。
将ROSA26-BRainbow2.1与K14-ERT2Cre小鼠杂交,再与SKH1-E无毛小鼠杂交;局部涂抹他莫昔芬诱导Cre重组,使K14+基底细胞随机表达四种荧光蛋白之一。
In vivo Tracking of Clonal Dynamics in UV-Induced Skin Carcinogenesis Reveals Tumor Development from Goliath Clades
体内系列3D成像追踪>25,000进化支,结合靶向DNA测序、全基因组测序和单细胞RNA测序,含功能与机制验证。
K14-CreERT2 Confetti SKH1-E无毛小鼠 UV诱导皮肤鳞状细胞癌模型 FACS分选的RFP阳性角质形成细胞进化支 单细胞RNA测序皮肤样本
K14-Confetti小鼠经他莫昔芬(10 mg/ml,连续3天)诱导荧光标记,UV暴露2.5–5 kJ/m2,每周一、三、五,共90天 部分背部皮肤用防UV织物遮盖作为同一小鼠内对照 共聚焦成像每视野1.55×1.55 mm,z轴步距3 μm(肿瘤成像可增至10 μm),每月成像 靶向76基因panel深度约1,000–1,500×测序,VAF阈值0.5% 21个goliath进化支每周或每两周追踪6–14周,观察病变形成
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
实现体内对单个角质形成细胞及其后代的永久荧光标记,以便追踪进化支动力学。
将ROSA26-BRainbow2.1与K14-ERT2Cre小鼠杂交,再与SKH1-E无毛小鼠杂交;局部涂抹他莫昔芬诱导Cre重组,使K14+基底细胞随机表达四种荧光蛋白之一。
追踪UV暴露及停止后进化支大小和分布的时间动态。
小鼠背部部分区域用防UV织物遮盖作为内对照,暴露于太阳模拟器UV;在基线和暴露后1、2、3个月(部分至6个月)进行活体激光扫描共聚焦成像,每个区域随机取5个视野。
量化进化支体积、高度、水平不规则性、偏度和峰度,识别goliath进化支。
对图像进行线性解混、去噪、形态学滤波和Otsu阈值分割,计算进化支体积;以2^13=8192 μm3为多细胞进化支阈值,以log2体积≥22(约512细胞)定义goliath。
检验goliath进化支是否比随机选择的进化支更可能形成肉眼病变。
在6只小鼠中随机选择21个红色或黄色goliath进化支,在病变形成前用墨水标记,每周或每两周成像追踪6–14周;另用6只小鼠统计病变数量,结合德雷克方程计算概率。
确定goliath进化支是否富集已建立的驱动突变,以及突变负荷与大小、UV和时间的关系。
对FACS分选的RFP+角质形成细胞进行76基因靶向深度测序(约1,000–1,500×)和全基因组测序(约30×,25个进化支),分析体细胞突变、VAF、拷贝数变异和突变特征。
识别从正常皮肤到UV暴露皮肤再到肿瘤的转录组变化和免疫细胞组成改变。
对20个解离皮肤样本进行10X Genomics单细胞RNA测序,比较未暴露皮肤(n=10)、UV暴露皮肤(n=6)和cuSCC(n=4),进行细胞分型和通路分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| UV暴露与体内成像 | UV剂量2.5–5 kJ/m2,每周一、三、五,共90天;成像时间点基线、1、2、3个月(部分至6个月);成像区域1.55×1.55 mm,z轴步距3 μm;内对照为防UV织物遮盖同一小鼠背部。 阅读提示:Methods 'Intravital laser confocal microscopy and volumetry'及Figure 1 legend。 |
| goliath进化支追踪与病变评估 | 21个goliath进化支(来自6只小鼠,每只3–4个),每周或每两周成像6–14周;病变标准为可见浅表突起、触之坚硬、至少1.5×1.5 mm;另用6只小鼠统计病变总数和面积。 阅读提示:Results 'The Drake Equation of cancer initiation'及Figure 3 legend。 |
| 靶向外显子测序 | 76基因panel,靶区域约0.4 Mb,测序深度约1,000–1,500×,VAF阈值0.5%;比较UV暴露与非暴露皮肤,以及3个月和7个月采样;FACS分选RFP+角质形成细胞。 阅读提示:Methods 'Targeted panel design'、'DNA Sequencing'及Figure 4 legend。 |
| 单细胞RNA测序 | 19个样本、47,226个细胞通过QC;10X Genomics Chromium NextGEM Single Cell 3’ Reagent Kit v3.1;Illumina NextSeq 2000,每细胞50,000 reads;样本分组为未暴露皮肤(n=10)、UV暴露皮肤(n=6)和cuSCC(n=4)。 阅读提示:Methods '10X single-cell sequencing'及Figure 5 legend。 |