大规模T细胞受体库与转录组研究揭示系统性红斑狼疮中的T细胞可塑性

目的：我们旨在利用T细胞受体（TCR）库特征作为既往谱系状态的标志，整合TCR和转录组分析来刻画人类系统性红斑狼疮（SLE）中CD4+ T细胞的可塑性，描绘可塑性模式并评估其与临床疾病活动的关联。方法：我们将TCR库数据作为分子特征与转录组数据集一并使用。利用一个大型ImmuNexUT自身免疫性疾病患者数据库（包括117例SLE患者），我们在13种精细T细胞类型中量化了T细胞可塑性。我们共分析了6,392份样本。我们定义了“细胞类型”和“疾病”特征，并通过这些特征之间的相关性以及供者内TCR克隆型重叠来评估可塑性。在独立的bulk和单细胞队列中进行了重复验证。结果：我们识别出TCR库和转录组的两个正交特征，即细胞类型特征和疾病特征，使我们能够全面研究CD4+ T细胞可塑性。在所有可能的模式中，最强的信号出现在效应性Treg细胞（eTreg细胞）与Th1细胞之间，并在独立队列中得到重复。SLE Th1细胞表现出Treg样TCR特征和转录组谱，与健康对照相比，eTreg细胞与Th1细胞的克隆型共享增加。Th1“Tregness”评分与SLE疾病活动度呈正相关。结论：我们的研究在人类SLE中识别出一种Treg相关的Th1状态，与Treg细胞向Th1细胞可塑性一致。