建立幼虫期蛋白质限制(ePR)方案
验证仅在幼虫阶段限制蛋白质是否足以影响成体表型与寿命。
将约68 h AEL的晚二龄幼虫经30%甘油浮选后转移至8%、2%或1%酵母饮食(另用holidic medium或HolFast限制氨基酸),成虫羽化后转回标准酵母饮食,检测发育时长、羽化率、体重、翅大小、繁殖力与寿命。
Lsp2 links early-life diet to adult translation and lifespan in Drosophila
含体内pSILAC同位素示踪、蛋白质组、RNA-seq、遗传敲低、Lsp2-muGFP敲入及寿命分析多层次功能与机制验证
Canton-S果蝇幼虫至成体 果蝇脂肪体(Cg-Gal4、r4-Gal4、pGnmtGS、WBFBGS驱动) Lsp2-muGFP敲入果蝇 果蝇头部与腹部体壁组织样本
幼虫晚期(约68 h AEL)转移至1%或2%酵母饮食,成虫后回到标准饮食 体内pSILAC:幼虫+8 Lys/+10 Arg重标,成虫+4 Lys/+6 Arg中标,于成虫第1、2、3、6天取样 Lsp2脂肪体特异性RNAi(Cg-Gal4联合tub-Gal80ts等)并检测翻译(SUnSET)和寿命 寿命实验每组25只雌蝇或30只雄蝇,25 °C、60%湿度,每周换管2–3次并记录死亡 幼虫特异性限制Tyr、Phe、His或Ile(HolFast中必需氨基酸降至25%)并检测Lsp2-muGFP与寿命
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证仅在幼虫阶段限制蛋白质是否足以影响成体表型与寿命。
将约68 h AEL的晚二龄幼虫经30%甘油浮选后转移至8%、2%或1%酵母饮食(另用holidic medium或HolFast限制氨基酸),成虫羽化后转回标准酵母饮食,检测发育时长、羽化率、体重、翅大小、繁殖力与寿命。
确定ePR是否改变胰岛素、JH和ATF4等营养感知通路。
对成虫第2天和第7天腹部体壁进行p-Akt免疫印迹,qRT–PCR检测InR、Ilp6、Kr-h1及头部Ilp2/Ilp3/Ilp5,并用fit>GFP和4E-BPintron-dsRed报告基因检测信号活性。
确定幼虫膳食氨基酸是否被保留至成体并整合进特定蛋白。
幼虫在含重标Lys(+8)/Arg(+10)的HolFast饮食中饲养,成虫转至含中标Lys(+4)/Arg(+6)的holidic medium,于成虫第1、2、3、6天取头部样本进行nanoLC–MS/MS定量。
确定ePR是否选择性减少核糖体蛋白并抑制翻译。
对成虫第2天头部进行蛋白质组分析(6,025个蛋白定量)、RNA-seq、氨基酸定量及SUnSET翻译检测。
确定Lsp2是否介导ePR对翻译和寿命的作用。
检测ePR后Lsp2 mRNA与蛋白水平,构建Lsp2-muGFP敲入果蝇观察蛋白动态,并用脂肪体特异性RNAi(Cg-Gal4、r4-Gal4、Cg-Gal4+tub-Gal80ts、pGnmtGS、WBFBGS)检测蛋白质组、翻译与寿命。
确定限制Lsp2富集的特定氨基酸是否足以降低Lsp2并延长寿命。
用holidic medium从68 h AEL起去除Tyr,或用HolFast将Phe、His、Ile降至25%,检测寿命、Lsp2-muGFP荧光、翻译及发育速度。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 果蝇饲养 | 玉米粉 | Nippn Corporation | -- |
| 啤酒酵母 | Asahi Breweries | HB-P02 | |
| 葡萄糖 | Nihon Shokuhin Kako | -- | |
| 琼脂 | Ina Food Industries | S-6 | |
| 对羟基苯甲酸丁酯 | FUJIFILM Wako | 028-03685 | |
| 饮食配制 | 面包酵母 | Lesaffre | -- |
| 葡萄糖 | FUJIFILM Wako | 049-31165 | |
| 琼脂 | FUJIFILM Wako | 010-15815 | |
| 体重测量 | 微量天平XPR2 | METTLER TOLEDO | XPR2 |
| Western blot | RIPA裂解液 | FUJIFILM Wako | 188-02453 |
| 蛋白酶抑制剂 | FUJIFILM Wako | 165-26021 | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | Roche | 4906845001 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | FUJIFILM Wako | 164-25935 | |
| 6× SDS–PAGE上样缓冲液 | Nacalai | 09499-14 | |
| EveryBlot封闭液 | Bio-Rad | 12010020 | |
| 抗α+β微管蛋白抗体 | Abcam | ab44928 | |
| 抗组蛋白H3抗体 | CST | 14269S | |
| 抗磷酸化Akt抗体 | CST | 4060T | |
| 抗总Akt抗体 | CST | 9272S | |
| 抗GFP抗体 | Nacalai | 04404-26 | |
| HRP标记抗小鼠IgG抗体 | CST | 7076S | |
| HRP标记抗兔IgG抗体 | CST | 7074S | |
| HRP标记抗大鼠IgG抗体 | Jackson ImmunoResearch | 81211 | |
| Immobilon化学发光底物 | Millipore | WBLUF0100 | |
| Amersham ImageQuant 800成像仪 | Cytiva | -- | |
| 翻译检测 | 嘌呤霉素 | FUJIFILM Wako | 160-23154 |
| 5–20%梯度胶 | FUJIFILM Wako | 194-15021 | |
| 抗嘌呤霉素抗体 | Millipore | MABE343 | |
| HRP标记抗小鼠IgG2a抗体 | Jackson ImmunoResearch | 115-035-206 | |
| RNA提取 | ReliaPrep RNA组织微量提取试剂盒 | Promega | z6112 |
| RNA-seq建库 | Illumina链特异性mRNA建库试剂盒 | Illumina K.K. | 20040534 |
| IDT for Illumina RNA UD Index Set C连接试剂盒 | Illumina K.K. | 20091659 | |
| KAPA SYBR FAST qPCR预混液 | Roche | KK4603 | |
| qRT–PCR | Revertra Ace逆转录预混液 | Toyobo | FSQ-201 |
| Taq Pro Universal SYBER qPCR预混液 | Vazyme Biotech | Q712-02-AA | |
| qTOWER3 G实时定量PCR仪 | Analytik Jena | -- | |
| 载体构建 | DNA连接试剂盒 | Takara | 6023 |
| Q5高保真2×预混液 | New England BioLabs | M0492L | |
| NEBuilder HiFi DNA组装预混液 | New England BioLabs | E2621X | |
| PrimeSTAR Max DNA聚合酶 | Takara | R045A | |
| 同位素标记蛋白组 | 重标L-赖氨酸·2HCl (+8) | Cambridge Isotope Laboratories (CIL) | CNLM-291-H-0.1 |
| 重标L-精氨酸·HCl (+10) | Cambridge Isotope Laboratories (CIL) | CNLM-539-H-0.1 | |
| 中标L-赖氨酸·2HCl (+4) | Cambridge Isotope Laboratories (CIL) | DLM-2640-0.1 | |
| 中标L-精氨酸·HCl (+6) | Cambridge Isotope Laboratories (CIL) | CLM-2265-H-0.1 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Vanquish Neo超高效液相色谱系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Orbitrap Astral Zoom质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Aurora Ultimate色谱柱 | IonOpticks | -- | |
| 全局蛋白组分析 | Q Exactive Plus质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| EASY-nLC 1200液相色谱 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| NanoSpray Flex离子源 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Bioruptor BR-11超声破碎仪 | -- | -- | |
| 氨基酸定量 | 压盖玻璃样品瓶 | Chromacol | 03-CVG |
| 硼硅玻璃瓶 | Wheaton | 224832 | |
| 色胺 | FUJIFILM Wako | -- | |
| Mininert阀 | Pierce | 10130 | |
| 成像分析 | MZ10F荧光体视显微镜 | Leica Microsystems | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 幼虫期蛋白质限制(ePR) | 酵母浓度(8%对照、2%、1%或0%)、幼虫转移时间(约68 h AEL或94 h AEL)、转移后成虫回到标准饮食、每组样本量 阅读提示:Methods“Dietary manipulations”及Fig. 1a、Extended Data Fig. 1 |
| 体内pSILAC同位素示踪 | 重标与中标Lys/Arg同位素形式、取样时间点(成虫第1、2、3、6天)、每条件4个生物学重复、12只雌蝇头部/样本 阅读提示:Methods“In vivo pulse SILAC analysis”、Fig. 2a,i及Supplementary Table 2 |
| Lsp2脂肪体特异性敲低 | RNAi品系来源(NIG 6806R-2)、Gal4驱动(Cg-Gal4、r4-Gal4、pGnmtGS、WBFBGS)、Gal80ts温度(18 °C/29 °C)、RU486浓度200 μM及给药时长 阅读提示:Methods“Drosophila stocks and husbandry”、Fig. 3h、Fig. 4r及Extended Data Fig. 9 |
| 翻译活性检测(SUnSET) | 嘌呤霉素浓度600 μM、喂食24 h、取样时间点、每组n=3 阅读提示:Methods“Protein synthesis assay”及Fig. 2n,o、Extended Data Fig. 8j,k |
| 寿命分析 | 每组25只雌蝇或30只雄蝇、温度25 °C、湿度60%、12 h光暗周期、换管频率、统计方法 阅读提示:Methods“Lifespan analysis”及各寿命图注 |
| Lsp2富集氨基酸限制 | holidic medium中Tyr完全去除、HolFast中Phe/His/Ile降至25%、开始时间68 h AEL、Lsp2-muGFP荧光检测 阅读提示:Methods“Dietary manipulations”及Fig. 5c–j |