胚胎心脏中HSPG及6-O-内硫酸酯酶表达谱分析
系统描绘HSPG和6-O-内硫酸酯酶在胚胎心脏不同发育阶段和细胞类型中的表达模式。
分析已发表和自产的E10.5、E13.5、E17.5小鼠心脏scRNA-seq数据,结合荧光原位杂交(ISH)验证Sulf1和Sulf2的细胞定位。
Regulated HSPG Signaling Directs Epicardial Behavior to Support Cardiac Formation
包含单细胞RNA-seq、谱系追踪、条件敲除小鼠、CUT&RUN-seq、荧光素酶报告及体外功能验证
MEC1小鼠胚胎心外膜细胞系 Wt1敲除小鼠胚胎 Sulf1条件性诱导敲除小鼠 Wt1CreERT2;Rosa26tdTomato谱系追踪小鼠
Wt1敲除胚胎在E11.5-E12.5心外膜中Sulf1表达显著下调,Sulf2上调 Sulf1 iKO小鼠在E11.5心室心外膜覆盖率显著降低46% MEC1细胞中Wt1 siRNA敲低48小时导致Sulf1表达降低69% CUT&RUN-seq鉴定WT1结合Sulf1内含子1增强子E1 Sulf1敲低增强TGF-β1诱导的SMAD2磷酸化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
系统描绘HSPG和6-O-内硫酸酯酶在胚胎心脏不同发育阶段和细胞类型中的表达模式。
分析已发表和自产的E10.5、E13.5、E17.5小鼠心脏scRNA-seq数据,结合荧光原位杂交(ISH)验证Sulf1和Sulf2的细胞定位。
验证WT1缺失是否导致心外膜中Sulf1和Sulf2表达失调。
构建Wt1敲除胚胎(Wt1CreERT2/CreERT2),在E11.5和E12.5通过荧光ISH和心外膜外植体量化Sulf1和Sulf2转录本。
确定Sulf1在心外膜形成中的功能必要性。
构建心外膜限制性诱导Sulf1敲除小鼠(Sulf1fl/fl;Wt1CreERT2/+;Rosa26tdTomato),在E9.5给予他莫昔芬,E11.5评估心室心外膜覆盖和WT1+心外膜细胞数量。
在单细胞水平和体外验证WT1与Sulf1的表达关系及敲低效应。
分析E13.5心外膜谱系scRNA-seq数据,使用MEC1细胞进行Wt1 siRNA时间过程敲低,qRT-PCR检测Sulf1和Sulf2表达;在原代心外膜外植体中验证。
确定WT1是否直接转录调控Sulf1。
对E13.5分选心外膜细胞进行ATAC-seq和CUT&RUN-seq,结合荧光素酶报告基因实验验证WT1结合Sulf1内含子1增强子E1并驱动转录。
推断E13.5心外膜接收的HSPG依赖性信号,并验证WT1-Sulf1调控对心外膜增殖和EMT的影响。
使用CellChat分析scRNA-seq数据;在MEC1细胞中敲低Wt1或Sulf1,用候选因子处理,通过EdU掺入评估增殖,通过β-CATENIN和α-SMA免疫荧光评估EMT,Western blot检测SMAD2磷酸化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 他莫昔芬 | -- | -- |
| 免疫荧光 | 抗硫酸乙酰肝素抗体AO4B08 | -- | -- |
| 抗硫酸乙酰肝素抗体HS3A8 | -- | -- | |
| Western blot | 抗磷酸化SMAD2抗体 | -- | -- |
| 细胞培养 | 转化生长因子β1 | -- | -- |
| 成纤维细胞生长因子2 | -- | -- | |
| 荧光素酶报告基因实验 | mCMVp_E1荧光素酶报告载体 | -- | -- |
| mCMVp_E1mut5荧光素酶报告载体 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| Wt1敲除与Sulf1条件性敲除小鼠 | 他莫昔芬给药剂量(100 mg/kg)、给药途径(口服灌胃)、给药时间(E9.5) 阅读提示:Methods中Animal Models小节 |
| 心外膜细胞siRNA敲低 | siRNA转染浓度、转染试剂、敲低效率验证时间点(48小时) 阅读提示:Results中Wt1 Positively Correlates With Sulf1 in the Epicardial Lineage小节及Figure 4图注 |
| CUT&RUN-seq | WT1抗体货号、细胞数量、测序深度、重复数(WT1 n=3) 阅读提示:Figure 5图注及Supplemental Methods |
| 荧光素酶报告基因实验 | 转染质粒量、内参、细胞接种密度、检测时间(转染后48小时) 阅读提示:Figure 5图注及Supplemental Methods |
| EdU增殖实验 | EdU掺入时间、细胞因子处理浓度与时间(24小时)、重复数(n=11) 阅读提示:Figure 7图注及Supplemental Methods |
| TGF-β1诱导SMAD2磷酸化Western blot | TGF-β1浓度(10 ng/mL)、时间响应点、重复数(n=3) 阅读提示:Figure 7I-7K图注 |