全片免疫荧光表征免疫细胞空间分布
确定WT和Aire−/−角膜中主要免疫细胞类型及其在角膜缘与中央角膜的分布和丰度
对WT和Aire−/−小鼠全角膜进行CD31、LYVE1、KRT12、KRT13、IBA1、CD3、CD45R、CD4等免疫荧光染色,以血管和淋巴管界定角膜缘边界,定量角膜缘和中央角膜免疫细胞
Immune Landscape and Intercellular Crosstalk in the Cornea of an Autoimmune-Mediated Dry Eye Disease
全片免疫荧光、角膜切片免疫荧光、scRNA-seq及CellChat分析,涵盖蛋白与转录本两个独立证据层级并验证多种免疫亚群。
Aire−/−小鼠(BALB/c背景,7–11周龄,经丽丝胺绿染色确认干眼表型) 野生型(WT)BALB/c小鼠角膜 Aire−/−与WT小鼠角膜单细胞悬液(scRNA-seq)
Aire−/−小鼠纳入标准:7–11周龄且丽丝胺绿染色确认干眼表型 scRNA-seq每基因型合并5只小鼠角膜,每样本目标15,000个细胞 免疫荧光定量:T细胞和B细胞数归一化至3D图像体积,巨噬细胞以信号体积归一化 免疫荧光每组n=3–5只雌鼠,每只动物至少3个视野,每视野计数共定位细胞 scRNA-seq质控阈值:min_genes≥200、线粒体基因<10%、血红蛋白基因<10%,双细胞评分>0.2剔除
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定WT和Aire−/−角膜中主要免疫细胞类型及其在角膜缘与中央角膜的分布和丰度
对WT和Aire−/−小鼠全角膜进行CD31、LYVE1、KRT12、KRT13、IBA1、CD3、CD45R、CD4等免疫荧光染色,以血管和淋巴管界定角膜缘边界,定量角膜缘和中央角膜免疫细胞
无偏解析WT和Aire−/−角膜中免疫与非免疫细胞的转录组异质性
消化5只小鼠角膜合并为单细胞悬液,使用10× Genomics Chromium Single Cell 5' V3 GEM-X建库测序,Scanpy进行质控、聚类和注释
解析T细胞、B细胞和髓系细胞亚群,并在蛋白水平验证关键亚群
基于标记基因特征评分鉴定T细胞、B细胞和单核/巨噬细胞亚群;用FOXP3/GZMB/CD3、CD138/CD45R、CD68/C1QC等免疫荧光验证
比较WT和Aire−/−角膜的细胞间信号网络,识别驱动免疫浸润的通路
使用CellChat V2和CellChatDB.mouse推断分泌信号和细胞接触信号,比较两组差异交互
为CellChat预测的CD40–CD40L相互作用提供正交支持
全片免疫荧光共染CD154(CD40L)与CD4、CD40与CD45R,观察配体与受体在Aire−/−角膜中的共存在
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 角膜消化 | 角质形成细胞无血清培养基 | Gibco | 17005042 |
| 胶原酶A | -- | -- | |
| scRNA-seq建库 | Chromium单细胞5' V3 GEM-X试剂盒 | 10× Genomics | -- |
| 全片免疫荧光封片 | Fluoro-Gel封片剂 | Electron Microscopy Sciences | 17985-10 |
| 切片免疫荧光封片 | Fluoromount-G封片剂 | Invitrogen | 00-4958-02 |
| 切片制备 | Tissue Tek OCT包埋剂 | Sakura Finetek | -- |
| 冷冻切片机 | Leica | -- | |
| 全片及切片免疫荧光 | 抗CD31抗体 | BD | 553370 |
| 抗LYVE1抗体 | R&D | AF2125 | |
| 抗KRT12抗体 | Abcam | ab125627 | |
| 抗KRT13抗体 | Abcam | ab92551 | |
| 抗IBA1抗体 | Wako | WDJ3047 | |
| 抗CD3抗体 | Biolegend | 100202 | |
| 抗CD45R抗体 | Invitrogen | 14-0452-81 | |
| 抗CD45R-FITC抗体 | Invitrogen | 11-0452-82 | |
| 抗CD4抗体 | BD | 550280 | |
| 抗Ly6G抗体 | Biolegend | 127602 | |
| 抗FOXP3抗体 | CellSignaling | 12653 | |
| 抗GZMB抗体 | CellSignaling | 17215 | |
| 抗IgD抗体 | BD | 553438 | |
| 抗CD68抗体 | Biolegend | 137001 | |
| 抗C1qc抗体 | Proteintech | 16889-1-AP | |
| 抗CD138抗体 | BD | 553712 | |
| 抗CD154(CD40L)抗体 | Invitrogen | 13-1541-82 | |
| 抗CD40抗体 | Abcam | AB317586 | |
| 核染色 | Hoechst 33342核染料 | Sigma-Aldrich | -- |
| 免疫荧光检测 | Alexa荧光团偶联二抗 | Jackson ImmunoResearch Inc. | -- |
| 全片及切片成像 | Zeiss Yokogawa转盘共聚焦显微镜 | Zeiss | -- |
| 切片成像 | Zeiss LSM 900共聚焦显微镜 | Zeiss | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型与分组 | 小鼠品系(BALB/c背景WT与Aire−/−)、纳入周龄7–11周、丽丝胺绿染色确认干眼表型;性别比例未均衡,文中未明确说明各实验性别分布 阅读提示:Materials and Methods的Animals小节及各Figure legend |
| scRNA-seq样本与建库 | 每基因型合并5只小鼠角膜、目标15,000细胞、消化时间与酶浓度、质控阈值 阅读提示:Materials and Methods的Single-Cell RNA Sequencing and Analysis小节 |
| 全片免疫荧光定量 | 每组n=3–5只雌鼠、T细胞和B细胞数及巨噬细胞信号体积的归一化方式、抗体稀释比 阅读提示:Materials and Methods的Image Quantification小节及Figure 1 legend |
| 细胞间通讯分析 | CellChat参数truncatedMean及trim=0.1、排除的细胞类型(黑色素细胞和血管内皮细胞)、保留角膜内皮细胞 阅读提示:Materials and Methods的Single-Cell RNA Sequencing and Analysis小节 |
| CD40–CD40L免疫荧光验证 | CD154与CD4、CD40与CD45R分开展示,仅证明配体与受体共存在而非直接结合;3只雌性Aire−/−小鼠 阅读提示:Figure 5E legend及Results中相关描述 |