构建iPSC来源WAT与肝脏MPS
建立可灌注的功能性人脂肪和肝脏微组织,用于后续衰老诱导。
将hiPSC分化为脂肪细胞和肝细胞,加载至PDMS芯片细胞腔,以10 μl/h灌注培养。
Human microphysiological systems of aging recreate the in vivo process expediting evaluation of anti-geronic strategies
含iPSC来源脂肪与肝MPS体外模型、异时血清处理、脂肪-肝互联、BONCAT蛋白组、RNA-seq、机器学习年龄预测及药物/ siRNA功能验证
人iPSC来源白色脂肪组织微生理系统(iADIPO MPS) 人iPSC来源肝脏微生理系统(iHEP MPS) WAT-肝脏互联微生理系统 年轻/年老供体人血清
血清供体年龄与性别:年轻21–34岁,年老>62岁,亚撒哈拉裔健康供体;肝MPS使用5供体混合男性血清 OCM/YCM处理:HPLM+5%人血清灌注4天;部分实验延长至8天或切换血清 WAT-肝脏互联:脂肪与肝细胞比例5:1,单次通过流速20 μl/h,基础HPLM+5% KSR 药物处理:dasatinib 200 nM + quercetin 20 μM(DQ)、ALK5i 342 nM、oxytocin 15 μM、rapamycin 20 nM,处理4天 siRNA敲低:CDKN2A/p16 siRNA 100 nM经Lipofectamine RNAiMAX转染,过夜灌注
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立可灌注的功能性人脂肪和肝脏微组织,用于后续衰老诱导。
将hiPSC分化为脂肪细胞和肝细胞,加载至PDMS芯片细胞腔,以10 μl/h灌注培养。
验证年老血清能否在短期内建立人类衰老标志。
WAT和肝MPS以HPLM+5%年轻或年老供体血清灌注4天,检测衰老、SASP、氧化DNA损伤及代谢功能。
验证衰老脂肪能否通过循环因子将衰老传播至肝脏。
WAT MPS先经YCM或OCM预处理建立细胞记忆,再与未处理肝MPS单向互联,以基础HPLM灌注。
解析OCM与YCM下新合成蛋白及分泌组差异。
MetRSL274G hiPSC来源WAT MPS在YCM/OCM处理时加入ANL标记新合成蛋白,经click化学标记后用人抗体阵列检测。
评估芯片衰老是否重现人类自然衰老并预测组织年龄。
对血清处理WAT MPS进行bulk RNA-seq,与GTEx等数据库比较GO/KEGG、衰老标志和转录噪声;用GTEx数据训练年龄预测模型并预测MPS年龄。
测试衰减或逆转芯片衰老的干预措施。
在OCM同时、OCM后继续或去血清稀释条件下给予DQ、ALK5i、OT、Rapa;并用CDKN2A siRNA敲低验证p16功能。
验证从年老血清切换至年轻血清能否逆转芯片衰老。
WAT和肝MPS先以OCM灌注4天,再切换YCM灌注4天,与持续OCM对照比较衰老和代谢指标。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 芯片制备 | SU-8 3100光刻胶 | MicroChem | -- |
| 聚二甲基硅氧烷(Sylgard 184) | Fisher Scientific | NC9285739 | |
| 活检打孔器 | World Precision Instruments | 504529 | |
| PET等孔膜 | SABEU | 030060 | |
| 双(3-三甲氧基硅基丙基)胺 | Sigma-Aldrich | 413356 | |
| 细胞培养 | ReLeSR细胞解离试剂 | StemCell Technologies | 100-0483 |
| mTeSR Plus培养基 | StemCell Technologies | 100-0276 | |
| 基质胶 | Corning | 356231 | |
| 脂肪分化 | STEMdiff间充质祖细胞试剂盒 | StemCell Technologies | 05240 |
| 地塞米松 | Sigma-Aldrich | D1756 | |
| 3-异丁基-1-甲基黄嘌呤 | Sigma-Aldrich | I5879 | |
| 罗格列酮 | Sigma-Aldrich | R2408 | |
| 胰岛素(Humulin R) | Eli Lilly | 0002-8315-01 | |
| 多西环素 | Sigma-Aldrich | D5207 | |
| 肝分化 | 激活素A | StemCell Technologies | 78001 |
| CHIR99201 | StemCell Technologies | 100-1042 | |
| 碱性成纤维细胞生长因子 | Peprotech | 100-18B | |
| 骨形态发生蛋白4 | Peprotech | 120-05ET | |
| PI103 | ThermoFisher | 501932056 | |
| 肝细胞生长因子 | Peprotech | 100-39 | |
| 制瘤素M | Peprotech | 300-10 | |
| 肝细胞培养基BulletKit | Lonza | CC-3198 | |
| MPS灌注 | 注射泵 | Harvard Apparatus | 703007 |
| 血清处理 | 人血浆样培养基 | Gibco | A4899101 |
| 药物处理 | 达沙替尼 | Sigma-Aldrich | SML2589 |
| 槲皮素 | Sigma-Aldrich | Q4951 | |
| ALK5抑制剂 | Enzo Life Sciences | ALX-270-445 | |
| 醋酸催产素 | Bachem | 4016373 | |
| 雷帕霉素 | Sigma-Aldrich | R8781 | |
| siRNA转染 | RNAiMAX转染试剂 | ThermoFisher | 13778075 |
| Opti-MEM培养基 | ThermoFisher | 31985070 | |
| 对照siRNA | Cell Signaling Technology | 6568 | |
| CDKN2A/p16 siRNA | Cell Signaling Technology | 6598 | |
| 功能检测 | Bodipy 500/510 C1, C12荧光脂肪酸 | ThermoFisher | D3823 |
| Amplex Red葡萄糖/葡萄糖氧化酶检测试剂盒 | ThermoFisher | A22189 | |
| TNF ELISA试剂盒 | ThermoFisher | KHC3011 | |
| 8-OHdG ELISA试剂盒 | G-Biosciences | IT7974 | |
| P16 ELISA试剂盒 | Abcam | ab227903 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | ThermoFisher | 23225 | |
| 免疫荧光 | 抗CDKN2A/p16INK4a抗体 | Abcam | ab108349 |
| Alexa Fluor 647抗兔IgG | ThermoFisher | B40926 | |
| DAPI | ThermoFisher | D1306 | |
| Bodipy 493/503脂肪酸染料 | ThermoFisher | D3923 | |
| β-半乳糖苷酶染色试剂盒 | Cell Signaling Technology | 9860 | |
| BONCAT | Click-iT蛋白反应缓冲液试剂盒 | ThermoFisher | C10276 |
| 人L507抗体阵列 | RayBiotech Life | -- | |
| qPCR | TaqMan通用PCR预混液 | ThermoFisher | 4304437 |
| Maxima第一链cDNA合成试剂盒 | ThermoFisher | K1641 | |
| 成像 | EVOS M5000成像系统 | ThermoFisher | -- |
| LSM710共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| LSM900共聚焦显微镜 | Zeiss | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 异时血清处理 | 血清供体年龄(年轻21–34岁,年老≥62岁)、性别、健康状态及亚撒哈拉裔背景;血清浓度5%;处理4天 阅读提示:Methods中“Old and young circulatory milieu treatment”及Supplementary Table 2 |
| WAT-肝脏互联 | 脂肪:肝细胞比例5:1;单向流速20 μl/h;连接前WAT冲洗条件;基础培养基为HPLM+5% KSR 阅读提示:Methods中“Interconnection of WAT and liver MPS” |
| 药物处理 | DQ(dasatinib 200 nM + quercetin 20 μM)、ALK5i 342 nM、oxytocin 15 μM、rapamycin 20 nM;处理4天;三种给药方案及对照组设置 阅读提示:Methods中“Drug administration”及Fig. 6图注 |
| siRNA敲低 | CDKN2A/p16 siRNA 100 nM;Lipofectamine RNAiMAX用量;过夜灌注;转染起始时间(day 14或day 12) 阅读提示:Methods中“siRNA knockdown in WAT MPS”及Fig. 6d,e图注 |
| 年龄预测模型 | GTEx训练/验证样本比例70%/30%;各性别和脂肪库样本量;高变基因筛选及LDA降维;6个年龄组分类 阅读提示:Methods中“Transcriptome-based age-group prediction model”及Extended Data Fig. 4 |