SBRT处理与肿瘤样本采集
建立SBRT干预的转移性RCC患者样本队列
转移性RCC患者接受15 Gy单次SBRT照射原发灶,4周后行减瘤性肾切除术,收集肿瘤样本并制备单细胞悬液冻存
Stereotactic body radiation therapy enriches mediators of humoral immune activity in metastatic renal cell carcinoma
包含批量RNA-seq、scRNA-seq、全光谱流式及两个独立临床队列验证,并有功能与机制层面验证
转移性肾细胞癌患者肿瘤样本 SBRT处理与对照RCC肿瘤单细胞悬液 IMmotion151临床队列 HCRN-GU16-260临床队列
人源RCC肿瘤样本:SBRT组16例入组,批量RNA-seq n=8 SBRT vs n=8对照,scRNA-seq n=4 SBRT vs n=2对照,流式 n=5 SBRT vs n=8对照 SBRT方案:15 Gy单次照射原发灶,4周后行减瘤性肾切除术 IMmotion151队列:atezolizumab/bevacizumab对比sunitinib一线治疗,基于RECIST v1.1客观反应评估B细胞亚群 HCRN-GU16-260队列:nivolumab单药一线治疗,基于客观反应评估类别转换记忆B细胞 流式分析:每例随机选取10000个活细胞及至多1000个CD19+细胞进行FlowSOM聚类和tSNE降维
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立SBRT干预的转移性RCC患者样本队列
转移性RCC患者接受15 Gy单次SBRT照射原发灶,4周后行减瘤性肾切除术,收集肿瘤样本并制备单细胞悬液冻存
评估SBRT对RCC肿瘤微环境整体免疫组成及B细胞相关通路的影响
对SBRT组和对照组肿瘤进行批量RNA测序、差异表达分析、GSEA、xCell免疫解卷积和免疫受体重建
在单细胞水平验证SBRT对B细胞成熟和浆细胞分化的影响
对SBRT组和对照组肿瘤进行scRNA-seq,计算UMAP、Leiden聚类、拟时序分析和差异表达分析
在蛋白水平验证SBRT后B细胞成熟和抗体分泌表型
对冻存单细胞悬液进行15标志物全光谱流式染色,FlowSOM聚类和tSNE降维,分析B细胞亚群丰度
在独立临床队列中验证SBRT富集的B细胞亚群与ICB治疗反应的关系
利用IMmotion151和HCRN-GU16-260队列的肿瘤转录组数据,通过xCell解卷积评估B细胞亚群与客观反应和生存的关系
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 肿瘤组织消化 | 胶原酶和透明质酸酶 | Stem Cell Technologies | -- |
| 含L-谷氨酰胺的RPMI1640培养基 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| gentleMACS组织解离仪 | Miltenyi Biotec | H-tumor_01.01 | |
| 流式分析 | 人TruStain FcX Fc受体阻断液 | BioLegend | -- |
| FoxP3/转录因子染色试剂盒 | eBiosciences | -- | |
| LIVE/DEAD Blue活性染料 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Cytek Aurora流式细胞仪 | Cytek Biosciences | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| SBRT干预与手术 | SBRT剂量15 Gy单次,照射后4周行减瘤性肾切除术,患者为系统治疗初治转移性RCC 阅读提示:Methods中Clinical trial and acquisition of RCC tumor samples小节 |
| 肿瘤组织消化与冻存 | 1:10稀释胶原酶和透明质酸酶消化,gentleMACS H-tumor_01.01程序,90% FBS+10% DMSO冻存 阅读提示:Methods中Clinical trial and acquisition of RCC tumor samples小节 |
| 批量RNA-seq分析 | SBRT组n=8对照n=8,CPM≥1在至少2样本中,GSEA NES≥3,xCell解卷积使用TIMER2.0 阅读提示:Methods中Analysis of bulk RNA sequencing data小节 |
| scRNA-seq分析 | SBRT组n=4对照n=2,去除线粒体基因表达>20%的细胞,聚类分辨率0.01 阅读提示:Methods中Analysis of single-cell RNA sequencing data小节 |
| 全光谱流式分析 | SBRT组n=5对照n=8,15标志物panel,每例10000活细胞和至多1000 CD19+细胞,显著性p<0.05 q<0.25 阅读提示:Methods中Full spectrum flow cytometry小节及在线补充表S1 |
| 临床队列验证 | IMmotion151和HCRN-GU16-260中仅纳入透明细胞组织学且有RECIST v1.1客观反应数据的样本,中位数截断值分组 阅读提示:Methods中Analysis of bulk RNA sequencing data from TCGA KIRC, IMmotion151, and HCRN-GU16-260小节 |