miRNA筛选与鉴定
鉴定SARS-CoV-2感染期间在肺泡上皮细胞和小鼠肺中诱导的miRNA
在A549-hACE2细胞和C57BL6小鼠中进行miRNA阵列筛选,RT-qPCR确认候选miRNA
Hypoxia Inducible Factor 1α-dependent Induction of Alveolar miR-147b Dampens SARS-CoV-2-associated Acute Respiratory Distress Syndrome via Direct Targeting of Viral RNA
涵盖人肺泡上皮细胞、SARS-CoV-2感染小鼠模型和患者样本,包含功能缺失/获得、机制验证及体内保护实验
A549-hACE2人肺上皮细胞 Calu-3人 airway上皮细胞 miR147fl/fl SPC-CreER小鼠 K18-hACE2小鼠
SARS-CoV-2感染剂量:A549-hACE2细胞0.1 MOI(WA1),MA10小鼠2.25×10^5 PFU,K18-hACE2小鼠1.4×10^4 PFU或280 PFU(WA1) miR-147b诱导确认:RT-qPCR检测hsa-miR-147b-3p和mmu-miR-147-3p,n=3-10每组 HIF1A调控验证:siRNA介导HIF1A抑制后SARS-CoV-2感染(0.2 MOI,24h),RT-qPCR检测miR-147b miR-147b功能缺失:miR147fl/fl SPC-CreER小鼠tamoxifen 50 mg/kg腹腔注射5天,休息10天后感染MA10 miR-147b过表达:DOPC包装miR-147b mimic 10 µg腹腔注射,每48h从感染后第3天开始
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定SARS-CoV-2感染期间在肺泡上皮细胞和小鼠肺中诱导的miRNA
在A549-hACE2细胞和C57BL6小鼠中进行miRNA阵列筛选,RT-qPCR确认候选miRNA
验证HIF1A在肺泡损伤或SARS-CoV-2感染期间对miR-147b的转录调控作用
使用 cyclic mechanical stretch、缺氧、DMOG处理、ChIP、启动子荧光素酶报告基因和siRNA敲低HIF1A
评估肺泡上皮细胞特异性miR-147b缺失对SARS-CoV-2感染肺损伤的影响
使用miR147fl/fl SPC-CreER小鼠,tamoxifen诱导删除,感染MA10后检测肺水肿、损伤评分和病毒滴度
评估纳米颗粒介导miR-147b过表达对SARS-CoV-2感染小鼠的保护作用
使用DOPC包装miR-147b mimic,K18-hACE2小鼠感染WA1后治疗,监测生存、肺损伤和病毒载量
验证miR-147b直接结合SARS-CoV-2 ORF8区域并介导保护作用
使用双荧光素酶报告基因检测WT和siMUT ORF8,生成ORF8 siMUT重组病毒,感染K18-hACE2小鼠并治疗
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Advanced Minimum Essential Medium | GIBCO | -- |
| Dulbecco改良Eagle培养基–F12 | GIBCO | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| L-谷氨酰胺 | -- | -- | |
| 病毒增殖 | SARS相关冠状病毒2,小鼠适应MA10变异株 | BEI Resources | NR-55329 |
| SARS相关冠状病毒2,分离株USA-WA1/2020 | BEI Resources | NR-52281 | |
| 动物实验 | 他莫昔芬 | Cayman Chemical | -- |
| 玉米油 | -- | -- | |
| 分子实验 | Lipofectamine 2000 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| ON-TARGETplus人HIF1A小干扰RNA | Horizon Discovery | 3091 | |
| RNA提取 | miRNeasy微量试剂盒 | Qiagen | -- |
| 逆转录 | High-Capacity cDNA逆转录试剂盒 | Applied Biosystems | -- |
| miRNA profiling | 人Panel I, V5, miRCURY LNA miRNA miRNome PCR Panel | Qiagen | YAHS-301YE |
| 小鼠免疫病理Focus, miRCURY LNA miRNA Focus PCR Panel | Qiagen | YAMM-204ZD | |
| 荧光素酶检测 | 双荧光素酶报告基因检测 | Promega | -- |
| Western blot | HIF1A抗体 | Cell Signaling Technology | 14179S |
| HIF2A抗体 | Novus | NB100-122 | |
| SARS-CoV-2 ORF8抗体 | R&D Systems | MAB10820 | |
| β-actin抗体 | Cell Signaling Technology | 5125 | |
| 肺泡上皮细胞分离 | Dispase | STEMCELL | 07913 |
| 体内治疗 | miR-147b模拟物 | Dharmacon | -- |
| 体内递送 | 1,2-二油酰-sn-甘油-3-磷酸胆碱 | -- | -- |
| 细胞因子检测 | MILLIPLEX小鼠细胞因子/趋化因子磁珠Panel | MILLIPLEX | -- |
| 蛋白质定量 | Pierce Rapid Gold BCA蛋白检测试剂盒 | Pierce | -- |
| 染色质免疫沉淀 | 染色质免疫沉淀检测试剂盒 | Active Motif | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| SARS-CoV-2感染模型 | 病毒株(WA1或MA10)、感染剂量(A549-hACE2 0.1 MOI;MA10小鼠2.25×10^5 PFU;K18-hACE2小鼠1.4×10^4 PFU或280 PFU)、感染途径(口咽)和小鼠年龄(MA10用4-6月龄,K18-hACE2用2-3月龄) 阅读提示:Methods部分'Murine SARS-CoV-2 Infection Model'和'Cell Culture and SARS-CoV-2 Infection' |
| miR-147b功能缺失 | miR147fl/fl SPC-CreER小鼠基因型、tamoxifen剂量(50 mg/kg)和给药方案(腹腔注射5天,休息10天)、感染后检测时间点(第3天) 阅读提示:Methods部分'Animal Study'和Results部分'Deletion of miR-147b in Alveolar Epithelia Increases Susceptibility to SARS-CoV-2 Infection' |
| miR-147b过表达治疗 | DOPC包装miR-147b mimic剂量(10 µg)、给药途径(腹腔注射)、给药频率(每48h)、起始时间(感染后第3天)、生存分析终点 阅读提示:Methods部分'In Vivo Treatment of miR-147b Mimic'和Figure 3 legend |
| HIF1A调控验证 | siRNA转染浓度和时间(48h)、SARS-CoV-2感染剂量(0.2 MOI,24h)、缺氧条件(1% O2)、DMOG浓度(1 µM,24h) 阅读提示:Methods部分'Small Interfering RNA Transfection in Pulmonary Epithelial Cells'和Figure 2 legend |
| miR-147b-ORF8结合验证 | ORF8 WT/siMUT质粒来源(Genecopoeia定制)、共转染条件(12孔板,48h)、双荧光素酶检测时间点、ORF8 siMUT病毒剂量(280 PFU)和治疗方案 阅读提示:Methods部分'Binding of miR-147b to ORF8'和'Generation of Mutated SARS-CoV-2 Virus'以及Figure 5 legend |