跨组织代谢组学鉴定PDR相关代谢物
鉴定血清和玻璃体中一致改变的代谢物,筛选与PDR进展负相关的候选代谢物。
交叉分析已发表的血清和玻璃体代谢组学数据集,选择P<0.05且倍数变化>1.5或<0.67的代谢物,通过HMDB或KEGG ID匹配,保留方向一致的代谢物;ROC曲线分析评估生物标志物潜力。
L-Threonic Acid Inhibits Pathological Retinal Neovascularization by Modulation of CCL3-CCR5 Signaling Pathway
包含患者玻璃体样本、OIR小鼠模型、体外共培养等多种独立证据层级,并有功能验证和机制验证
PDR患者玻璃体样本 OIR小鼠模型 BV2小胶质细胞与HUVEC共培养体系
OIR模型:P7小鼠75%氧气暴露5天,P12返回常氧,P12玻璃体腔注射L-ThA(3或30 mg/mL),P17分析 体外共培养:BV2细胞分别接受对照、LPS(5 µg/mL)、LPS+L-ThA(10 mmol/L)处理24小时,条件培养基处理HUVEC 12小时 rCCL3 rescue实验:OIR模型中共注射rCCL3(30 ng/eye),体外共培养中加入rCCL3(10 ng/mL) 样本量:患者玻璃体PDR组n=20,对照iERM组n=18;OIR实验每组n=4-5只;体外实验n=3-4独立重复 CD31和Iba1免疫荧光定量新生血管面积和小胶质细胞激活
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定血清和玻璃体中一致改变的代谢物,筛选与PDR进展负相关的候选代谢物。
交叉分析已发表的血清和玻璃体代谢组学数据集,选择P<0.05且倍数变化>1.5或<0.67的代谢物,通过HMDB或KEGG ID匹配,保留方向一致的代谢物;ROC曲线分析评估生物标志物潜力。
验证L-ThA在PDR患者玻璃体中的浓度变化。
收集PDR患者和iERM对照的玻璃体样本,通过LC-MS/MS定量L-ThA浓度。
评估L-ThA对视网膜新生血管和血管渗漏的抑制作用。
建立OIR小鼠模型,P12玻璃体腔注射L-ThA(3或30 mg/mL),P17处死,通过CD31免疫荧光定量无血管区和新生血管面积,Evans blue渗漏实验评估血视网膜屏障功能。
阐明L-ThA抑制视网膜新生血管的分子机制。
对NC、OIR+vehicle、OIR+L-ThA三组视网膜组织进行RNA测序,鉴定差异表达基因,并进行KEGG通路富集分析。
验证L-ThA是否抑制视网膜微胶质细胞/巨噬细胞激活及CCL3表达和分泌。
视网膜铺片免疫荧光染色观察Iba1阳性细胞形态和数量;Western blot检测视网膜CCL3和CCR5蛋白水平;免疫荧光共定位分析CCL3与Iba1、CCR5与CD31。
验证L-ThA通过抑制微胶质细胞CCL3分泌和内皮细胞CCR5表达来抑制血管生成。
建立BV2-HUVEC共培养体系,BV2细胞接受对照、LPS(5 µg/mL)、LPS+L-ThA(10 mmol/L)处理24小时,收集条件培养基处理HUVEC 12小时,检测CCL3分泌、CCR5表达和管形成。
通过补充外源rCCL3验证L-ThA的抗血管生成作用是否依赖于CCL3减少。
在OIR模型中共注射rCCL3(30 ng/eye)和L-ThA,评估视网膜无血管区、新生血管面积和Evans blue渗漏;在体外共培养中加入rCCL3(10 ng/mL),评估管形成。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | L-苏糖酸半钙盐 | Sigma-Aldrich | 380644-5G |
| L-苏糖酸镁 | MedChemExpress | HY-134240 | |
| Western blot | CD31抗体 | BioLegend | 102402 |
| 免疫荧光 | Iba1抗体 | FUJIFILM Wako | 019-19741 |
| Western blot | CCL3抗体 | Abcam | 179638 |
| CCR5抗体 | Signalway Antibody | 35367-2 | |
| TLR4抗体 | Abmart | T61519 | |
| 磷酸化p44/42 MAPK Thr202/Tyr204抗体 | Cell Signaling Technology | 4370 | |
| ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 9120 | |
| 转铁蛋白抗体 | Signalway Antibody | 41645-2 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Signalway Antibody | 41645-2 | |
| 体外共培养 | 人源重组CCL3蛋白 | MedChemExpress | HY-P7768 |
| 小鼠源重组CCL3蛋白 | MedChemExpress | HY-P7256 | |
| Evans blue渗透性实验 | Evans blue染料 | Thermo Fisher Scientific | A16774.09 |
| 超声波清洗器 | Laboratory Supplies | G1125P1T | |
| 0.45微米无菌滤器 | MilliporeSigma | SLHPR33RB | |
| H&E染色 | H&E染色试剂盒 | Solarbio | G1120 |
| TUNEL凋亡检测 | 原位细胞死亡检测试剂盒 | Roche Diagnostics | 11684817910 |
| Western blot | RIPA裂解缓冲液 | MIKX Technology | DB258 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | MIKX Technology | DB405 | |
| 聚偏二氟乙烯膜 | MilliporeSigma | 3010040001 | |
| 增强化学发光试剂盒 | MIKX Technology | MK-0100 | |
| 眼球冷冻切片 | OCT包埋剂 | Sakura Finetek USA | 4583 |
| 管形成实验 | 生长因子减少型Matrigel | Corning | 356230 |
| 倒置显微镜 | Olympus | IX53 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| OIR模型建立和L-ThA处理 | 小鼠品系(C57BL/6J)、氧气浓度(75%)、暴露时间(P7-P12,5天)、L-ThA剂量(3或30 mg/mL)、注射时间(P12)、分析时间(P17) 阅读提示:Methods 'Induction of OIR Mouse Models and L-ThA Acid Treatment' |
| 临床样本收集 | 样本类型(玻璃体)、样本量(PDR n=20,iERM n=18)、样本体积(50–100 µL)、纳入排除标准 阅读提示:Methods 'Clinical Sample Collection and Preparation' 及 Supplementary Table S1 |
| 体外共培养实验 | 细胞类型(BV2和HUVEC)、LPS浓度(5 µg/mL)、L-ThA浓度(10 mmol/L)、处理时间(BV2 24小时,HUVEC 12小时)、rCCL3浓度(10 ng/mL) 阅读提示:Methods 'Cocultures of Cells' 及 Figure 6 legend |
| RNA测序分析 | 每组样本量(n=3)、测序平台(Illumina)、差异表达阈值(|log2fold change| ≥ 1且adjusted P < 0.05) 阅读提示:Methods 'RNA Sequencing Analysis' 及 Figure 3 legend |
| Evans blue渗透性实验 | Evans blue剂量(150 mg/kg)、循环时间(2小时)、检测波长(620 nm和740 nm)、每组样本量(n=4) 阅读提示:Methods 'Evans Blue Permeability Assay' 及 Figure 2F legend |