肿瘤相关髓系细胞中CysLTR1表达筛选与验证
确定肿瘤相关髓系细胞中差异表达且与应急髓系生成相关的受体。
分析GSE21927、GSE39807、GSE223028等数据集,并用qPCR和流式验证Cysltr1在肿瘤浸润CD11b+Gr1+细胞及Ly6G+中性粒细胞中的表达。
Targeting cysteinyl leukotriene receptor 1 reprograms tumor-promoting myelopoiesis and overcomes immune checkpoint therapy resistance
包含体外分化、RNA-seq/ATAC-seq/scRNA-seq、多种小鼠肿瘤模型及患者PBMC与TNBC组织验证,并有机制和功能验证。
Cysltr1−/−与Cysltr1+/+小鼠骨髓来源GM-CSF/IL-6诱导中性粒细胞 EMT6、E0771、MC38、LLC1、BPS1、CT26、YUMMER1.7等小鼠肿瘤模型 Cysltr1f/fLyz2-cre与骨髓移植嵌合体小鼠 人PBMC及卵巢癌患者PBMC诱导中性粒细胞
CysLTR1缺失或MTK处理对肿瘤生长及生存期的影响 中性粒细胞Ly6G+/Ly6C+比例及PMN-MDSC抑制T细胞增殖能力 MXD1和NFE2对Elane、Mpo、S100a8、S100a9等颗粒基因的调控 STAT3结合Cysltr1启动子及AKT/ERK通路激活 MTK联合anti-PD-1在多种小鼠肿瘤模型中的疗效
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定肿瘤相关髓系细胞中差异表达且与应急髓系生成相关的受体。
分析GSE21927、GSE39807、GSE223028等数据集,并用qPCR和流式验证Cysltr1在肿瘤浸润CD11b+Gr1+细胞及Ly6G+中性粒细胞中的表达。
验证CysLTR1在肿瘤诱导的髓系生成和肿瘤生长中的作用。
使用Cysltr1−/−、Cysltr1f/fLyz2-cre、MTK处理及骨髓移植小鼠,检测BM、脾和肿瘤中LSK、HPC、CMP、GMP、MEP及中性粒细胞成熟阶段,并记录肿瘤生长和生存。
验证CysLTR1是否影响PMN-MDSC抑制功能和CD8+ T细胞依赖性抗肿瘤免疫。
检测肿瘤浸润T细胞亚群、Treg、耗竭标志物、T细胞抑制实验、抗原呈递标志物、ELISPOT及CD8清除实验。
解析CysLTR1下游调控中性粒细胞颗粒基因表达的分子机制。
对GM-CSF、GM-CSF+IL-6或GM-CSF+EMT6条件培养基诱导的BM来源CD11b+Gr1+细胞进行bulk RNA-seq和ATAC-seq,并用qPCR、Western blot和ChIP-qPCR验证MXD1/NFE2及颗粒基因。
在单细胞水平识别中性粒细胞分化轨迹、颗粒程序和转录调控模块。
对EMT6荷瘤Cysltr1+/+和Cysltr1−/−小鼠BM、脾和肿瘤CD45+细胞进行scRNA-seq,分析UMAP聚类、Monocle轨迹、granule score和regulon。
明确上游细胞因子-STAT3与下游AKT/ERK如何调控CysLTR1及颗粒合成。
检测p-AKT、p-ERK1/2、pSTAT3、CSF2RA,使用AKTi、ERKi、WP1066及GM-CSF/IL-6中和抗体,并进行ChIP-qPCR检测STAT3结合Cysltr1启动子。
验证小鼠机制在人类中性粒细胞和癌症患者中的保守性及临床关联。
使用健康供者和卵巢癌患者PBMC诱导中性粒细胞,进行CYSLTR1、MXD1或NFE2敲低,检测分化、MPO、S100A8/9和T细胞抑制;分析TCGA、METABRIC、GSE78220、phs000452等数据集。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI1640培养基 | -- | -- |
| 青霉素/链霉素 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| MEM非必需氨基酸溶液 | Gibco | -- | |
| Matrigel基质胶 | -- | -- | |
| 药物处理 | 孟鲁司特 | -- | -- |
| 齐留通 | -- | -- | |
| WP1066 | -- | -- | |
| 多西环素 | -- | -- | |
| 流式分析 | 抗MPO抗体 | Bio-Rad | 0400-0002 |
| ELISA | 抗DNA抗体 | Sigma-Aldrich | 11544675001 |
| ABTS底物 | Sigma-Aldrich | 10102946001 | |
| S100a8/9 ELISA试剂盒 | eBioscience | -- | |
| 半胱氨酰白三烯ELISA试剂盒 | Cayman Chemical | -- | |
| G-CSF ELISA试剂盒 | Biolegend | -- | |
| GM-CSF ELISA试剂盒 | Biolegend | -- | |
| IL-6 ELISA试剂盒 | Biolegend | -- | |
| CitH3 ELISA试剂盒 | Cayman Chemical | -- | |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| qPCR | SYBR Green | Bio-Rad | -- |
| RNA-seq建库 | Direct-zol RNA小量提取试剂盒 | Zymo Research | -- |
| NEBNext Poly(A) mRNA磁分离模块 | NEB | -- | |
| Ultra II RNA文库制备试剂盒 | NEB | -- | |
| 流式分析 | BD LSR II分析仪 | BD | -- |
| 流式分选 | BD FACS Aria II分选仪 | BD | -- |
| 流式分析 | Live/Dead可固定UV/Yellow/Red染料 | -- | -- |
| 免疫荧光 | DAPI | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 肿瘤模型与处理 | 肿瘤细胞接种数量、途径、小鼠品系、MTK剂量10 mg/kg每日、anti-PD-1 150 μg每鼠每3天、分组和样本量 阅读提示:Methods中Tumor challenge and treatments;Figure 2、Figure 3相关图注 |
| CysLtr1缺失或髓系特异性敲除 | Cysltr1−/−品系、Cysltr1f/fLyz2-cre构建、骨髓移植照射剂量10 Gy和供体细胞1×10^7 阅读提示:Methods中Experimental animals和BM reconstitution;Supplementary Fig. 1、Supplementary Fig. 3 |
| 体外中性粒细胞诱导 | BM细胞来源、GM-CSF 40 ng/ml、IL-6 40 ng/ml、条件培养基1:1、MTK 20 μM、诱导4至5天 阅读提示:Methods中In vitro induction of neutrophils by proinflammatory cytokines |
| T细胞抑制和抗原呈递实验 | CD8+ T细胞来源与标记、anti-CD3/CD28刺激、E:T比例1:1、共培养3天、OTI共培养体系 阅读提示:Methods中T cell-suppression assay & priming assay;Figure 3图注 |
| 机制验证实验 | bulk RNA-seq和ATAC-seq诱导条件、ChIP-qPCR抗体与靶基因、AKTi/ERKi/WP1066处理浓度未明确说明 阅读提示:Methods中Bulk RNA seq analysis、Single-cell RNA library preparation;Figure 4、Figure 7图注 |