分析选择驱动毒理基因组效力估计：转录组出发点的系统评价

组学技术正日益被整合到下一代风险评估中，但定量毒理基因组学结果仍然高度依赖于分析选择，因此有必要系统评价生物信息学工作流程如何影响危害表征和转录组出发点（tPOD）。在此，我们将5个独立的转录组学分析流程应用于一个共享数据集，该数据集为人肾近端小管上皮细胞RPTEC/TERT1暴露于顺铂的多个浓度和时间点，比较了预处理、基准浓度建模和基于通路的解释策略的影响。在不同工作流程之间，基因水平基准浓度（BMC）存在显著差异。这种差异与归一化、过滤和建模软件的差异有关，尽管本研究设计并未分离单个工作流程选择的贡献。尽管存在这种差异，随着转录反应增强，后期时间点的一致性增加，其中24小时在基因水平上被一致确定为最敏感的时间点。将基因水平BMC聚合为基于通路的指标减少了差异，但并未消除差异，通路定义成为tPOD估计的主要决定因素。值得注意的是，不同的通路资源之间基因重叠极少，与更广泛的通路注释相比，更小的、生物学上连贯的基因集（例如共表达模块和生物标志物面板）产生的BMC更低且更分散。此外，与基于中位数的聚合相比，直接建模通路活性评分产生的tPOD系统性地不同，其方法依赖性保守程度受通路覆盖度和反应强度影响。总体而言，我们的研究结果表明，分析工作流程设计和通路选择都关键性地影响毒理基因组学推导的效力估计，凸显了需要统一、透明的方法学，以实现转录组学在化学安全评估和监管决策中的稳健应用。