人APAP ALF数据库分析
探索VMP1及自噬相关基因在APAP诱导ALF中的表达变化
分析GSE255777和GSE223559两个人类APAP ALF RNA-seq数据集,检测VMP1、SQSTM1/p62、MAP1LC3B mRNA水平
Loss of Vacuole Membrane Protein 1 Protects Against Acetaminophen-induced Liver Injury by Modulating Inflammation and Hepatocyte Proliferation
包含人APAP ALF RNA-seq数据集分析、肝特异性Vmp1敲除小鼠体内模型、原代肝细胞及肝组织生化与组织学验证,具备功能与机制验证。
C57BL/6J野生型小鼠 肝脏特异性Vmp1敲除(Vmp1LKO)小鼠 人APAP急性肝衰竭RNA-seq数据集(GSE255777、GSE223559)
APAP给药剂量500 mg/kg,腹腔注射,取材时间2、6、24、48 h 每组3至6只小鼠,2至3月龄雄性 血清ALT活性与H&E染色坏死面积定量 肝脏GSH浓度及APAP蛋白加合物(APAP-AD)免疫印迹 PCNA免疫组化与免疫印迹评估肝细胞增殖
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探索VMP1及自噬相关基因在APAP诱导ALF中的表达变化
分析GSE255777和GSE223559两个人类APAP ALF RNA-seq数据集,检测VMP1、SQSTM1/p62、MAP1LC3B mRNA水平
明确APAP诱导肝损伤的动态变化及VMP1表达改变
2至3月龄雄性C57BL/6J WT小鼠腹腔注射APAP 500 mg/kg,于2、6、24、48 h采集血液和肝组织,检测血清ALT、H&E染色、免疫印迹检测VMP1、LC3B、p62、p-JNK
验证肝脏Vmp1缺失是否影响APAP诱导的肝损伤
2至3月龄雄性Vmp1LKO及匹配WT小鼠腹腔注射APAP 500 mg/kg,于2、6、24 h采集血液和肝组织,检测血清ALT、H&E染色坏死面积、F4/80和CD68免疫组化、TUNEL染色
探究Vmp1缺失是否改变APAP生物活化及GSH代谢
检测肝脏GSH浓度,免疫印迹检测肝脏和血清APAP-AD、CYP2E1、p-JNK蛋白水平
评估Vmp1缺失对线粒体损伤和过氧亚硝酸盐形成的影响
提取胞质和线粒体组分,免疫印迹检测线粒体APAP-AD、p-JNK、AIF、endo G、cytochrome c、Bax;qPCR检测Nrf2靶基因Gclc、Gclm、Nqo1;免疫组化检测硝基酪氨酸
验证Vmp1缺失是否促进APAP损伤后的肝再生
PCNA免疫组化和免疫印迹,检测p-S6、p-4EBP1、SOX9、p-YAP S127和YAP蛋白水平
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫印迹 | SQSTM1/p62抗体 | Abnova | H00008878-M01 |
| β-肌动蛋白抗体 | Sigma | A5441 | |
| 核酸内切酶G抗体 | Cell Signaling Technologies | 4969 | |
| 增殖细胞核抗原抗体 | Cell Signaling Technologies | 13110 | |
| ATG6/Beclin-1抗体 | Cell Signaling Technologies | 3495 | |
| 磷酸化c-Jun N端激酶抗体 | Cell Signaling Technologies | 4668 | |
| JNK抗体 | Cell Signaling Technologies | 9252 | |
| 甘油醛3-磷酸脱氢酶抗体 | Cell Signaling Technologies | 2118 | |
| VMP1抗体 | Cell Signaling Technologies | 12929 | |
| 磷酸化S6抗体 | Cell Signaling Technologies | 4858 | |
| S6抗体 | Cell Signaling Technologies | 2217 | |
| 磷酸化4EBP1抗体 | Cell Signaling Technologies | 9451 | |
| 4EBP1抗体 | Cell Signaling Technologies | 9452 | |
| 磷酸化YAP S127抗体 | Cell Signaling Technologies | 4911 | |
| YAP抗体 | Cell Signaling Technologies | 14074 | |
| Sox9抗体 | Cell Signaling Technologies | 82630 | |
| 凋亡诱导因子抗体 | Abcam | ab32516 | |
| 细胞色素P450 2E1抗体 | Abcam | ab28146 | |
| 免疫组化 | 3-硝基酪氨酸抗体 | Abcam | ab61392 |
| 免疫印迹 | Bcl-2相关X蛋白抗体 | BD Pharmingen | 556467 |
| 细胞色素c抗体 | BD Pharmingen | 556433 | |
| 电压依赖性阴离子通道抗体 | Calbiochem | 529534 | |
| 免疫组化 | ImmPRESS HRP抗兔IgG(过氧化物酶)聚合物检测试剂盒 | Vector Laboratories | MP-7401-50 |
| 动物实验 | 对乙酰氨基酚 | Sigma Aldrich | A7085 |
| 0.9%氯化钠溶液 | Hyclone | Z1377 | |
| 免疫印迹 | 蛋白酶抑制剂混合物 | Selleck Chemicals | B14001 |
| SuperSignal West Pico plus化学发光底物 | ThermoFisher Scientific | 34580 | |
| TUNEL染色 | 原位细胞死亡检测TUNEL试剂盒 | Sigma-Aldrich | 11684817910 |
| GSH测定 | GSH检测试剂盒 | MedChem Express | 100 T |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | ThermoFisher Scientific | 15596026 |
| 逆转录 | RevertAid H minus逆转录酶 | Thermo Fisher Scientific | EP0451 |
| qRT-PCR | SYBR Green混合液 | Bimake | B21202 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| APAP诱导肝损伤动物模型 | 小鼠品系(C57BL/6J)、性别(雄性)、年龄(2-3月龄)、APAP剂量(500 mg/kg)、给药途径(腹腔注射)、取材时间点(2、6、24、48 h)、每组动物数(3-6只)、是否 fasting(未 fasting) 阅读提示:Methods中Animal experiments小节及对应Figure legend(Fig.1-5) |
| Vmp1LKO小鼠基因型验证 | Vmp1flox小鼠背景(C57BL/6N)、Cre品系(Albumin-Cre,C57BL/6J)、对照(Vmp1LWT同窝小鼠) 阅读提示:Methods中Animal experiments小节 |
| 肝脏GSH和APAP-AD检测 | GSH检测试剂盒(MedChem Express #100 T)、取材时间(2、6、24 h)、免疫印迹抗体(抗APAP-AD抗体由Dr Lance Pohl提供) 阅读提示:Methods中Hepatic GSH measurement小节及Results中对应描述(Fig.3) |
| 肝细胞增殖评估 | PCNA免疫组化与免疫印迹、取材时间(6、24 h)、抗体(Cell Signaling Technologies #13110) 阅读提示:Methods中Histology and immunohistochemistry及Immunoblot小节,Fig.5 legend |
| 人APAP ALF RNA-seq数据分析 | 数据集GSE255777(2例健康,1例APAP-ALF)和GSE223559(3例健康,2例APAP-ALF)、样本量限制(GSE25577未进行统计分析) 阅读提示:Methods中RNA sequencing analysis小节 |