公共数据库与临床队列分析HLA-E/NKG2A表达及预后
评估NKG2A和HLA-E在HCC中的表达模式、与免疫浸润的相关性及预后价值。
分析TCGA LIHC队列中NKG2A(KLRC1)和HLA-E mRNA表达;对SYSU队列HCC组织进行IHC检测HLA-E;对EMC队列165例HCC TMA进行HLA-E、HLA-A/B/C和CD8免疫组化染色及生存分析。
NKG2A-HLA-E axis contributes to an immunosuppressive checkpoint network in hepatocellular carcinoma
包含HCC患者组织、外周血流式分析、单细胞RNA/TCR测序、体外功能实验及小鼠原位肝肿瘤模型体内验证。
HCC患者肿瘤组织及配对正常肝组织 HCC患者外周血单个核细胞(PBMC) HCC细胞系HepG2、Huh7、Hep3B C57BL/6小鼠Hepa1-6-luciferase原位肝肿瘤模型
SYSU队列56例HCC患者肿瘤与配对正常肝组织及PBMC的流式细胞术分析 EMC队列165例HCC患者TMA的HLA-E、HLA-A/B/C及CD8免疫组化染色与生存分析 NKG2A或PD-1阻断抗体(10 µg/mL)处理TIL 4天或1天后的流式细胞术功能检测 体外共培养杀伤实验:HLA-A匹配HCC细胞系与肿瘤浸润免疫细胞共培养,检测活肿瘤细胞计数 小鼠原位肝肿瘤模型:Hepa1-6-luciferase细胞注射C57BL/6小鼠,第7天开始给予抗NKG2A(20D5或16A11)和/或抗PD-1抗体治疗
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估NKG2A和HLA-E在HCC中的表达模式、与免疫浸润的相关性及预后价值。
分析TCGA LIHC队列中NKG2A(KLRC1)和HLA-E mRNA表达;对SYSU队列HCC组织进行IHC检测HLA-E;对EMC队列165例HCC TMA进行HLA-E、HLA-A/B/C和CD8免疫组化染色及生存分析。
验证NKG2A在肿瘤浸润CD8+ T和NK细胞上的表达及其与功能标志物的关系。
分离HCC患者肿瘤、癌旁正常肝及外周血单个核细胞,流式细胞术检测NKG2A、NKG2C、PD-1表达及CD39、CD103、granzyme B、perforin等功能标志物。
表征NKG2A、NKG2C和PD-1在不同T和NK细胞亚群中的表达模式及克隆扩增特征。
对SYSU队列3例患者配对肿瘤与正常肝组织的免疫细胞进行单细胞RNA测序和TCR测序,分析免疫亚群比例及NKG2A、NKG2C、PD-1表达分布和克隆型。
验证NKG2A阻断单独或联合PD-1阻断对肿瘤浸润T和NK细胞功能及肿瘤杀伤能力的影响。
TIL在抗CD3/CD28或IL-2条件下培养,加入NKG2A或PD-1阻断抗体(10 µg/mL),流式检测HLA-DR、CD137、granzyme B、perforin、CD107a;HLA-A匹配HCC细胞系与肿瘤浸润免疫细胞共培养,检测活肿瘤细胞计数。
评估NKG2A和PD-1联合阻断在体内对肿瘤生长和T细胞免疫的增强效果。
C57BL/6小鼠肝内注射Hepa1-6-luciferase细胞建立原位肝肿瘤模型,第7天开始给予抗NKG2A(20D5或16A11)和/或抗PD-1抗体,监测肿瘤荧光通量、体重,终点分析肿瘤浸润T细胞增殖和穿孔素表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫细胞分离 | Ficoll | DAKEWE | 7111012 |
| 组织消化 | IV型胶原酶 | Sigma-Aldrich | -- |
| DNA酶I | Roche | -- | |
| 透明质酸酶 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 含Ca2+和Mg2+的Hanks平衡盐溶液 | Servicebio | G4204-500mL | |
| 细胞过滤 | 70 µm细胞筛网 | Beijing Labgic Technology Co. | 24012637 |
| 40 µm细胞筛网 | Beijing Labgic Technology Co. | 24226131 | |
| 免疫组化 | 抗HLA-E抗体(克隆MEM-E/02) | Santa Cruz Biotechnology | -- |
| 抗HLA-A/B/C抗体(克隆EMR8-5) | Abcam | -- | |
| 抗CD8抗体(克隆C8/144b) | Agilent Technologies | -- | |
| Optiview DAB检测试剂盒 | Roche Diagnostics | -- | |
| Ventana Benchmark ULTRA系统 | Ventana | -- | |
| 体内实验 | 抗NKG2A抗体(克隆20D5) | -- | -- |
| 抗NKG2A抗体(克隆16A11) | -- | -- | |
| 体外阻断实验 | 帕博利珠单抗 | -- | -- |
| 信迪利单抗 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者队列与样本采集 | SYSU队列:56例HCC患者,手术时间2022年12月至2026年5月,收集肿瘤与配对正常肝组织及外周血;EMC队列:165例HCC患者,手术时间2001–2014年,FFPE组织构建TMA。纳入标准:病理诊断为HCC;术前至少1个月未接受化疗、免疫抑制治疗或靶向治疗;有可用临床病理信息。 阅读提示:Methods-Patients;在线补充材料中临床病理信息 |
| 免疫细胞分离与组织消化 | 组织消化条件:0.125 mg/mL胶原酶IV、0.2 mg/mL DNAse I、1000 units/mL透明质酸酶、5% FBS的HBSS,37°C消化20–30分钟;Ficoll密度梯度离心分离单核免疫细胞;70 µm和40 µm筛网过滤。 阅读提示:Methods-Isolation of immune cells |
| TMA染色与评分 | TMA取3或4个1.0 mm核心;4 µm切片;0.3% H2O2阻断15分钟;微波抗原修复10分钟;HLA-E(MEM-E/02)、HLA-A/B/C(EMR8-5)、CD8(C8/144b)染色;两名独立研究者盲法评分,染色强度0–3分。 阅读提示:Methods-TMA staining and survival analysis;Figure 2O–U legend |
| 体外T细胞和NK细胞功能实验 | TIL培养条件:抗CD3/CD28抗体或IL-2;NKG2A或PD-1阻断抗体浓度10 µg/mL;T细胞功能实验培养4天,NK细胞功能实验培养1天;检测标志物HLA-DR、CD137、granzyme B、perforin、CD107a。 阅读提示:Figure 6 legend;在线补充材料中T cell functional assay和NK cell functional assay详细描述 |
| 小鼠原位肝肿瘤模型与抗体治疗 | C57BL/6小鼠肝内注射Hepa1-6或Hepa1-6-luciferase细胞;肿瘤植入后第7天开始抗体治疗;抗NKG2A抗体(20D5或16A11)和/或抗PD-1抗体;每组n=9;每3–4天监测肿瘤荧光和体重;第12–15天分析TIL。 阅读提示:Figure 7A legend;在线补充材料中animal experiments详细描述 |