卵巢皮质组织收集与处理
获取新鲜和冷冻/解冻的人卵巢皮质组织用于后续实验
从三名健康绝经前供者获取卵巢,分离卵巢皮质并切成10×10×1 mm3方块,部分新鲜处理,部分慢速冷冻保存。
Single-cell analysis comparing early-stage oocytes from fresh and slow-frozen/thawed human ovarian cortex reveals minimal impact of cryopreservation on the oocyte transcriptome
包含单细胞RNA测序(144个卵母细胞)和组织学分析(卵泡形态、密度、阶段分布)两个独立证据层级,并进行差异表达和通路富集分析。
人卵巢皮质组织(来自三名健康绝经前供者) 新鲜分离的人早期卵泡卵母细胞 慢速冷冻/解冻后分离的人早期卵泡卵母细胞
卵母细胞数量:每个供者新鲜和冷冻/解冻各24个,共144个,QC后保留129个(新鲜65,冷冻/解冻64) 组织学分析:每个供者新鲜和冷冻/解冻皮质各25张切片,计数卵泡阶段和形态,计算密度 卵母细胞分离方法:使用McIlwain组织切片机和酶消化(Collagenase IA 1 mg/ml,DNase I 0.02 mg/ml) 测序平台:NovaSeq 6000,150-bp双端测序,使用seqWell PlexWell快速单细胞RNA协议 数据分析:使用t检验和Benjamini-Hochberg FDR校正进行差异表达分析,LRPath进行GO富集
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取新鲜和冷冻/解冻的人卵巢皮质组织用于后续实验
从三名健康绝经前供者获取卵巢,分离卵巢皮质并切成10×10×1 mm3方块,部分新鲜处理,部分慢速冷冻保存。
评估慢速冷冻和解冻对卵巢皮质组织形态、卵泡密度和阶段分布的影响
新鲜和冷冻/解冻皮质组织固定、包埋、切片,H&E染色,全玻片扫描,计数卵泡阶段和形态,计算密度。
从新鲜和冷冻/解冻卵巢皮质中分离活卵母细胞用于单细胞RNA测序
使用McIlwain组织切片机切碎组织,酶消化(Collagenase IA和DNase I),机械剥离卵母细胞,并单独放入裂解缓冲液。
确认分离的卵母细胞在收集过程中保持活力
使用LIVE/DEAD Viability/Cytotoxicity Kit染色,共聚焦显微镜成像,评估卵母细胞活力。
比较新鲜和冷冻/解冻卵母细胞的转录组差异
裂解卵母细胞进行文库制备,使用seqWell PlexWell快速单细胞RNA协议,测序在NovaSeq 6000上进行。
分析测序数据,鉴定差异表达基因和富集通路
数据过滤、标准化、PCA、tSNE、UMAP降维,差异表达分析使用t检验和FDR校正,LRPath进行GO富集分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织收集 | Belzer威斯康星大学冷储存液 | Bridge of Life | -- |
| Custodiol® HTK(组氨酸-色氨酸-酮戊二酸)溶液 | Essential Pharmaceuticals | -- | |
| SPS-1静态保存液 | Organ Recover Systems | -- | |
| 组织处理 | Quinn's Advantage含HEPES培养基 | CooperSurgical | -- |
| Quinn's Advantage血清蛋白替代物 | CooperSurgical | -- | |
| 组织固定 | Bouin固定液 | -- | -- |
| 不含钙镁的杜氏磷酸盐缓冲液 | Fisher Scientific | -- | |
| 冷冻保存 | 二甲基亚砜 | Sigma Aldrich | -- |
| 乙二醇 | Sigma Aldrich | -- | |
| 蔗糖 | Sigma Aldrich | -- | |
| Cryologic冷冻控制系统 | Cryologic | -- | |
| 组织解离 | McIlwain组织切片机 | Ted Pella, Inc. | -- |
| 胶原酶IA | Sigma Aldrich | -- | |
| DNA酶I | Worthington Biochemical | -- | |
| 70微米滤网 | Fisher Scientific | -- | |
| 20微米滤网 | PluriSelect | -- | |
| 卵母细胞收集 | Stripper显微移液器 | CooperSurgical | -- |
| Leibovitz's L-15培养基 | Fisher Scientific | -- | |
| Vitrolife Ovoil | Fisher Scientific | -- | |
| 单细胞RNA测序 | seqWell PlexWell快速单细胞RNA协议 | seqWell Inc. | -- |
| NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- | |
| 活力分析 | LIVE/DEAD活力/细胞毒性试剂盒 | Fischer Scientific | -- |
| 钙黄绿素AM | -- | -- | |
| 乙锭均二聚体-1 | -- | -- | |
| Leica SP8共聚焦显微镜 | Leica | -- | |
| 组织学分析 | Aperio数字全玻片扫描仪 | Aperio | -- |
| GraphPad Prism软件 | GraphPad | -- | |
| QuPath | -- | -- | |
| 测序数据收集 | LabChip GX | PerkinElmer | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 卵巢皮质组织收集 | 供者年龄、BMI、冷缺血时间、组织大小和冷冻保存时间 阅读提示:Methods中的'Collection of human ovarian tissue'部分和Table 1 |
| 组织学分析 | 切片厚度、切片数量、染色方法、卵泡计数和分期标准 阅读提示:Methods中的'Histological analysis'部分和Figure 1 |
| 卵母细胞分离与收集 | 组织消化条件(酶浓度、时间、温度)、卵母细胞剥离方法 阅读提示:Methods中的'Tissue dissociation and collection of oocytes for scRNAseq'部分和Figure 2 |
| 单细胞RNA测序 | 文库制备协议、测序平台、测序深度、每个样本的卵母细胞数量 阅读提示:Methods中的'Sequencing data collection'部分和Table 1 |
| 数据分析 | QC标准(基因数、线粒体reads百分比)、差异表达分析方法和显著性阈值 阅读提示:Methods中的'Data analysis'部分和Supplementary Data File S1 |