样本收集与处理
获取人类中枢和外周神经系统组织及CSF样本,用于tau亚型分析。
收集死后脑组织(AD、ALS、对照)、脊髓、外周神经(坐骨神经、臂丛、背根神经节)及CSF样本;组织匀浆、离心、sarkosyl处理。
Distribution of Big Tau Isoforms in the Human Central and Peripheral Nervous System
多层级验证:MS测序、IP-PRM定量、免疫印迹、IsoSeq及CSF队列分析,含机制与功能验证。
人死后脑组织(AD、ALS、对照) 人脊髓及外周神经组织(坐骨神经、臂丛、背根神经节) 人脑脊液(CSF)样本
人脑组织(AD、ALS、对照)和外周神经样本的来源、分组及n数 免疫沉淀用抗体组合(Tau-1、HJ8.5、HJ8.7)及用量 质谱分析中使用的色谱柱、梯度、分辨率等参数 CSF队列的淀粉样蛋白状态和CDR分组及cutoff值 IsoSeq测序的脑区、样本数及分析流程
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获取人类中枢和外周神经系统组织及CSF样本,用于tau亚型分析。
收集死后脑组织(AD、ALS、对照)、脊髓、外周神经(坐骨神经、臂丛、背根神经节)及CSF样本;组织匀浆、离心、sarkosyl处理。
确定人类big tau的氨基酸序列及外显子4a插入形式。
对脑、脊髓、坐骨神经匀浆进行bottom-up串联质谱,使用自定义数据库搜索外显子4a-L和4a-S序列,鉴定外显子桥接肽。
验证big tau蛋白在高分子量条带中的表达。
使用Tau-1和Tau-5抗体对CNS和PNS组织裂解物进行免疫印迹,检测HMW(~115-90 kDa)和LMW(~65-40 kDa)tau条带。
定量big tau和small tau肽段在神经系统中的相对丰度。
使用抗体混合物(Tau-1, HJ8.5, HJ8.7)免疫沉淀tau,胰蛋白酶消化,加入AQUA内标肽,LC-MS/MS定量29种以上肽段。
确认成人脑内big tau转录本表达。
对10名对照脑供体的尾状核和额中回进行长读长IsoSeq测序,分析MAPT转录本。
评估CSF中big tau和small tau水平与AD病理及认知的关系。
对CSF进行tau免疫沉淀和PRM-MS定量,分析big tau(外显子4a-L/6)和small tau(0N)肽段,与淀粉样蛋白状态、CDR、MMSE等关联。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 组织匀浆 | 磷酸酶抑制剂混合物 | Sigma | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | -- | |
| Fisherbrand Model 120 超声破碎仪 | Fisherbrand | -- | |
| Eppendorf Centrifuge 5424R 离心机 | Eppendorf | -- | |
| Beckman Optima TLX 超速离心机 | Beckman | -- | |
| 免疫印迹 | 4X LDS 上样缓冲液 | Bio-Rad | -- |
| 二硫苏糖醇 | Pierce | A39255 | |
| NuPAGE Bis-Tris 小型蛋白凝胶 | Invitrogen | NP0322 | |
| PVDF膜 | Immobilon | IPVH00010 | |
| Tau-1 抗体 | -- | -- | |
| Tau-5 抗体 | Chemicon | MAB361 | |
| GAPDH 抗体 | Invitrogen | MA5-15738 | |
| β-actin 抗体 | Cell Signaling Technology | 13E5 | |
| 山羊抗小鼠 IgG-HRP | Invitrogen | A28177 | |
| 山羊抗兔 IgG-HRP | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| West Pico PLUS 化学发光底物 | SuperSignal | 34580 | |
| West Atto 超敏底物 | SuperSignal | A38554 | |
| SDS-PAGE与胶内消化 | Oriole 荧光凝胶染色 | Bio-Rad | 1610496 |
| 胰蛋白酶 | Promega | -- | |
| 免疫沉淀 | HJ8.5 抗体 | -- | -- |
| HJ8.7 抗体 | -- | -- | |
| Sepharose 珠 | -- | -- | |
| 质谱分析 | Vanquish Neo 超高效液相色谱 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Orbitrap Exploris 480 质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| HSS T3 色谱柱 | Waters | -- | |
| Orbitrap Tribrid Eclipse 质谱仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| IsoSeq | SuperScript IV 第一链合成系统 | ThermoFisher Scientific | 18091200 |
| TaKaRa LA Taq DNA聚合酶(含GC缓冲液) | Clontech | RR02AG | |
| AMPure PB 磁珠 | PacBio | -- | |
| SMRTbell Express 模板制备试剂盒3.0 | PacBio | -- | |
| PacBio Sequel II 测序平台 | PacBio | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 人组织样本收集 | 脑组织来自ADRC,n=62;脊髓和外周神经n=35;CSF n=90;分组包括AD、ALS、对照及淀粉样蛋白状态。 阅读提示:Methods: Human Tissue Samples and CSF;Table 1, Table 2, Table 3 |
| 免疫沉淀 | 抗体组合Tau-1、HJ8.5、HJ8.7比例;组织蛋白量50 μg,CSF体积0.5 ml;孵育2小时室温。 阅读提示:Methods: Soluble Tau Quantitation in Human Tissues and CSF |
| 质谱分析 | 色谱柱HSS T3;流速0.4 μl/min;梯度;Orbitrap Exploris 480分辨率设置。 阅读提示:Methods: Mass Spectrometry |
| CSF淀粉样蛋白状态分类 | Aβ42/40比值cutoff 0.11;CDR分组标准。 阅读提示:Methods: Human Tissue Samples and CSF;Table 3 |
| IsoSeq | 脑区:尾状核和额中回,各n=5;RNA量100 ng;测序平台PacBio Sequel II。 阅读提示:Methods: MAPT Targeted IsoSeq;Supplementary Table S3 |