体外ASO筛选与验证
筛选靶向人SNCA 3'UTR的高效ASO候选物并评估其体外效果
在SK-N-SH细胞中转染38条人特异性gapmer ASO,包括2'MOE、AmNA和BNA化学修饰,通过RT-qPCR和免疫印迹检测SNCA mRNA和α-突触核蛋白蛋白水平,并评估细胞毒性和活力。
Brain region-resolved pharmacodynamics of an antisense oligonucleotide targeting human SNCA 3'UTR in BAC-hSNCA rats
包含体外SK-N-SH细胞筛选、BAC-hSNCA大鼠体内模型、区域转录组学、蛋白/激酶/细胞因子/神经递质/行为等多层验证
SK-N-SH神经母细胞瘤细胞 雄性Sprague-Dawley BAC-hSNCA转基因大鼠 年龄匹配的野生型Sprague-Dawley大鼠 人前额叶皮层RNA-seq数据集(29例PD和44例对照)
SNCA ASO3.0剂量:3 mg单次i.c.v.注射,总体积15 µL,注射速度约1 µL/s i.c.v.注射坐标:AP −0.4 mm,ML +1.4 mm,DV −3.8 mm 分析时间点:注射后45天(40–45天) 行为学测试样本量:开放场和嗅觉三室实验每组n=5,HaXha雌性队列每组n=3 RNA-seq差异表达阈值:FDR < 0.05,CPM > 0.5在至少6个样本中
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选靶向人SNCA 3'UTR的高效ASO候选物并评估其体外效果
在SK-N-SH细胞中转染38条人特异性gapmer ASO,包括2'MOE、AmNA和BNA化学修饰,通过RT-qPCR和免疫印迹检测SNCA mRNA和α-突触核蛋白蛋白水平,并评估细胞毒性和活力。
评估SNCA ASO3.0在体内的耐受性和药效学
对2月龄雄性BAC-hSNCA大鼠进行单次i.c.v.注射SNCA ASO3.0或scrambled ASO1对照,监测体重和一般行为,45天后收集脑组织。
评估SNCA ASO3.0对脑内不同区域SNCA转录本和蛋白种类的降低效果
通过RT-qPCR检测总SNCA mRNA和长/短3'UTR异构体比例,通过免疫印迹检测可溶性和不溶性α-突触核蛋白种类(单体、高分子量、pSer129)。
解析SNCA降低后不同脑区域的转录组重塑
对嗅球、皮层、纹状体和中脑进行bulk RNA-seq,使用edgeR进行差异表达分析,GSEA、ClueGO和BioInfoMiner进行功能富集和网络分析。
评估SNCA降低对区域细胞因子和激酶信号的影响
使用23-plex细胞因子面板和定制磷酸化激酶面板进行多重ELISA,检测嗅球、杏仁核、小脑、海马等区域的细胞因子和磷酸化蛋白水平。
评估SNCA降低对纹状体神经递质水平和行为的影响
通过HPLC检测纹状体DA、DOPAC、HVA、氨基酸水平,通过开放场、三室嗅觉实验和HaXha测试评估运动活性和嗅觉辨别。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| DNA构建体生成 | Phusion聚合酶 | Thermo Fisher Scientific | F530 |
| 细胞培养 | Dulbecco改良Eagle培养基 | Sigma-Aldrich | D6429 |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | #10270106 | |
| 青霉素-链霉素 | Sigma-Aldrich | P4333 | |
| 转染 | jetPRIME转染试剂 | Polyplus | #101000046 |
| RNA提取 | TRI试剂 | Molecular Research Center | TR118 |
| cDNA合成 | M-MLV逆转录酶 | Thermo Fisher Scientific | #28025013 |
| RT-qPCR | KAPA SYBR Fast Universal 2× qPCR预混液 | Kapa Biosystems, Roche | #07959362001 |
| RNA-seq | NEBNext Ultra II定向RNA文库制备试剂盒 | New England Biolabs | -- |
| Qubit高灵敏度DNA检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | Q32851 | |
| 免疫印迹 | cOmplete™蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | #11697498001 |
| PhosSTOP™磷酸酶抑制剂混合物 | Roche | #4906837001 | |
| 4B12抗体 | GeneTex | GTX21904 | |
| Syn1抗体 | BD Transduction Laboratories | #610787 | |
| EP1536Y pSer129 SNCA抗体 | Abcam | ab51253 | |
| 抗酪氨酸羟化酶(TH)抗体 | Proteintech | #25859-1-AP | |
| 抗IBA1抗体 | Proteintech | #10904-1-AP | |
| 抗GFAP抗体 | Proteintech | 16825-1-AP | |
| 抗VMAT2抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-374079 | |
| HRP偶联二抗 | Cell Signaling Technologies | #7074 and #7076 | |
| Clarity或Clarity Max ECL检测试剂 | Bio-Rad | #1705061 and #1705062 | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | HRP-60004 | |
| 免疫组织化学 | GFAP抗体 | Proteintech | #60190-1-Ig |
| IBA1抗体 | Proteintech | #10904-1-AP | |
| DyLight 555偶联抗小鼠IgG | Thermo Fisher Scientific | SA5-10167 | |
| DyLight 488偶联抗兔IgG | Thermo Fisher Scientific | SA5-10038 | |
| VMAT2抗体 | ImmunoStar | #20042 | |
| DAPI | Sigma-Aldrich | D8417 | |
| 抗荧光淬灭封片剂 | Vector Labs | H-1000-1 | |
| HPLC | YMC Triart C18柱 | YMC | -- |
| 5-辛基硫酸钠盐 | Sigma-Aldrich | #O4003 | |
| 邻苯二甲醛 | Sigma-Aldrich | #P0657 | |
| PerkinElmer HyperSelect ODS柱 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 多重蛋白分析 | Luminex® FLEXMAP 3D系统 | Luminex | -- |
| 细胞因子面板(23-plex) | Bio-Rad | #12005641 | |
| i.c.v.注射 | Fast Green FCF染料 | Thermo Fisher Scientific | A16520 |
| 异氟烷 | Abbott Laboratories | B506 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| ASO给药 | ASO剂量(3 mg)、体积(15 µL)、注射速度(约1 µL/s)、注射坐标(AP −0.4 mm,ML +1.4 mm,DV −3.8 mm) 阅读提示:Methods中的Surgical procedures and intracerebroventricular injections部分 |
| 动物模型 | 大鼠品系(雄性Sprague-Dawley BAC-hSNCA转基因大鼠)、年龄(2月龄)、体重(300–350 g) 阅读提示:Methods中的Animals部分 |
| 行为学测试 | 样本量(开放场和三室实验每组n=5,HaXha雌性队列每组n=3)、测试时间(光照周期09:00–17:00)、记录软件(EthoVision XT8.5) 阅读提示:Methods中的Behavioral testing部分及Figure legends |
| RNA-seq分析 | 差异表达阈值(FDR < 0.05,CPM > 0.5在至少6个样本中)、样本量(每组n=3)、测序平台(Illumina NovaSeq 6000) 阅读提示:Methods中的RNA sequencing analysis和Bioinformatic analysis部分 |
| 细胞因子和磷酸化激酶检测 | 细胞因子面板(23-plex,Bio-Rad #12005641)、磷酸化面板(20-plex,Protavio)、SNR阈值(≥3)、样本量(每组n=5) 阅读提示:Methods中的Multiplex protein analysis部分 |