AD中ANG表达及tRNA片段水平的性别特异性分析
验证ANG和5′-tiRNAGly-GCC在AD中是否以性别特异性方式失调。
对死后人脑皮质组织(NDC、MCI、AD)进行RT-qPCR、Western blot和[32P]-Northern blot,同时分析ADTBI和ROSMAP转录组数据集,并在5×FAD小鼠中验证。
Sex-specific regulation of angiogenin in Alzheimer's disease
包含细胞模型、AD小鼠模型、死后人脑组织及转录组数据集,并进行了功能验证(rANG、tiRNA模拟物/抑制剂)和机制分析。
HEK293细胞及稳定过表达APPwt的HEK293细胞 SH-SY5Y细胞 5×FAD小鼠模型 死后人脑皮质组织(荷兰脑库) ADTBI和ROSMAP转录组队列
死后人脑样本的性别分层分组及Braak分期 HEK293细胞中rotenone处理浓度(5 µM)和时间(6小时) rANG处理浓度(0.5 µg/mL)和时间(2小时) 5×FAD小鼠的年龄(3个月和12个月)及性别分层 DAPT处理浓度(1 µM)和时间(24小时)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证ANG和5′-tiRNAGly-GCC在AD中是否以性别特异性方式失调。
对死后人脑皮质组织(NDC、MCI、AD)进行RT-qPCR、Western blot和[32P]-Northern blot,同时分析ADTBI和ROSMAP转录组数据集,并在5×FAD小鼠中验证。
探究氧化应激是否调控ANG表达及其对凋亡的影响。
用rotenone处理HEK293细胞,检测ANG mRNA和蛋白水平、caspase-3/7活性及5′-tiRNAGly-GCC水平;并用维生素C、重组人ANG进行干预。
验证Aβ是否通过氧化应激下调ANG并影响下游tiRNA和凋亡。
使用HEK293 APPwt细胞和经寡聚化Aβ1-42处理的HEK293细胞,检测ANG蛋白、caspase-3/7活性和5′-tiRNAGly-GCC水平;并用DAPT、维生素C、rANG及tiRNA模拟物/抑制剂干预。
探讨雌性AD中ANG升高是否与炎症抑制相关。
在死后人脑组织中检测NLRP1和NLRP3蛋白水平,并在ROSMAP转录组数据中分析NLRP1、NLRP3、IL-1β、iNOS等炎症基因表达及其与ANG的相关性。
基于ANG表达对雌性AD患者进行分子分型,并分析其与炎症、抗氧化、生存和认知下降的关联。
对ROSMAP、NBB和ADTBI队列的雌性AD转录组数据进行UMAP和HDBSCAN聚类,分析亚型特异性基因表达、GO通路、生存率和MMSE评分变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RIPA缓冲液 | -- | -- |
| RNA提取 | TRI ReagentTM | -- | -- |
| tRNA片段杂交探针合成 | biomers.net GmbH | -- | -- |
| 蛋白质印迹 | PVDF膜 | -- | -- |
| mRNA测序 | Novogene GmbH | -- | -- |
| 统计分析 | GraphPad Prism v10.4.2 | GraphPad Software | -- |
| 插图 | BioRender.com | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 死后人脑组织分析 | 样本来源(荷兰脑库,项目号1341)、性别和诊断分组(NDC 12例,AD 14例)、Braak分期、年龄范围 阅读提示:Methods 'Human postmortem cortical brain samples' 和 Table 1 |
| 细胞模型处理 | 细胞系(HEK293、HEK293 APPwt、SH-SY5Y)、rotenone浓度(5 µM)和处理时间(6小时)、Aβ1-42浓度(100 nM)和处理时间(24小时)、DAPT浓度(1 µM)和时间(24小时)、维生素C浓度(1 mM)、rANG浓度(0.5 µg/mL)和时间(2小时) 阅读提示:Methods 'Cell culture'、'Aβ1-42 oligomerization' 和 Figure legends 2a-2q |
| 5×FAD小鼠模型分析 | 小鼠年龄(3个月和12个月)、性别、基因型(5×FAD vs 野生型)、组织类型(皮质) 阅读提示:Results 'Sex-specific alterations in ANG mRNA, protein, and tRNA-derived fragment expression in AD' 和 Supplementary Fig. S2 |
| 转录组数据分析 | 数据集来源(ADTBI、ROSMAP)、样本量、性别分层、统计方法(ANOVA、Tukey检验) 阅读提示:Methods 'Human databases'、'Transcriptomic analysis' 和 Figure legends 1f, 1g, 3g-3j |
| 分子亚型聚类分析 | 聚类方法(UMAP、HDBSCAN)、队列来源(ROSMAP、NBB、ADTBI)、样本量、ANG表达水平 阅读提示:Results 'ANG expression defines molecularly distinct subtypes within female AD patients' 和 Figure 4 |