公共数据集与临床样本分析
明确衰老中性粒细胞在HCC中的分布及其与CD8+ T细胞的相关性。
分析GSE149614和GSE189903单细胞数据,并通过FCM检测105例HCC患者和41例健康对照外周血及5例患者肿瘤组织。
Neutrophil Senescence Induced by Tumor-Derived HMGB1 Promotes Hepatocellular Carcinoma Progression through Neutrophil Extracellular Trap-Mediated Suppression of CD8+ T Cell Immunity
含公共数据集、105例患者队列、体外细胞实验及多种小鼠体内模型,并开展功能与机制验证
HCC患者外周血样本(100例)与肿瘤组织(5例) 健康对照外周血中性粒细胞与CD8+ T细胞体外培养体系 二乙基亚硝胺/CCl4诱导C57BL/6小鼠原位HCC模型 Hepa 1-6细胞皮下移植瘤模型与HuH7-LUC尾静脉肺转移模型
LPS(10 ng/ml)或GM-CSF(100 ng/ml)诱导中性粒细胞衰老,6 h处理 Transwell间接共培养:中性粒细胞5×10^5/孔,CD8+ T细胞2×10^6/孔,共培养12 h后继续培养48 h NETs纯化后2 μg/ml处理CD8+ T细胞,DNase I 100 IU/ml降解NETs Z-DEVD-FMK(10 μM)抑制caspase-3,检测CD8+ T细胞增殖与活化 体内模型:二乙基亚硝胺25 mg/kg腹腔注射,LPS 1 mg/kg灌胃,anti-CD8α 200 μg/鼠腹腔注射
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
明确衰老中性粒细胞在HCC中的分布及其与CD8+ T细胞的相关性。
分析GSE149614和GSE189903单细胞数据,并通过FCM检测105例HCC患者和41例健康对照外周血及5例患者肿瘤组织。
验证LPS/GM-CSF诱导中性粒细胞衰老及其对CD8+ T细胞的抑制作用。
分离健康人外周血中性粒细胞,LPS或GM-CSF处理,通过FCM、IF、SA-β-Gal、Western blot及Transwell共培养检测CD8+ T细胞增殖与活化。
探究衰老中性粒细胞是否通过NETs及caspase-3抑制CD8+ T细胞。
通过RNA-seq、Western blot、ELISA、IF检测NETs形成;使用DNase I、纯化NETs、Z-DEVD-FMK处理CD8+ T细胞,检测增殖、活化及caspase-3活性。
评估衰老中性粒细胞通过CD8+ T细胞对HCC细胞增殖、凋亡、迁移、侵袭和血管生成的影响。
收集CM-CD8+ T、CM-AT、CM-(AT+Neu)、CM-(AT+AN)处理HepG2和HuH7细胞,进行CCK-8、FCM、Annexin V/PI、TUNEL、transwell和HUVEC成管实验。
验证衰老中性粒细胞在体内通过CD8+ T细胞促进HCC进展。
建立二乙基亚硝胺/CCl4原位HCC模型和Hepa 1-6皮下移植瘤模型,给予LPS、ABX及anti-CD8α干预,检测肿瘤负荷、免疫浸润及增殖/凋亡/血管生成指标。
验证HCC细胞来源HMGB1通过TLR4诱导中性粒细胞衰老。
中性粒细胞与THLE-2、HepG2或HuH7间接共培养,加入TLR抑制剂、Gly、重组HMGB1、TAK-242,检测衰老标志及CD8+ T细胞功能;体内给予Hmgb1、Gly或TAK-242。
评估循环衰老中性粒细胞及CD8+ T/Aged Neu比值的临床价值。
对100例HCC患者临床特征分层,进行ROC分析比较AFP、衰老中性粒细胞及联合指标的诊断效能。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Dulbecco改良Eagle培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Cellmax | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Beyotime | -- | |
| 中性粒细胞分离 | 人中性粒细胞分离试剂盒 | Solarbio | P9040 |
| 中性粒细胞衰老诱导 | 脂多糖 | Sigma | L2880 |
| 粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子 | Sino Biological | 10015-HNAH | |
| NET形成 | 佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯 | Solarbio | IP1010 |
| NET降解 | 脱氧核糖核酸酶I | Sigma-Aldrich | -- |
| CD8+ T细胞分离 | Dynabeads磁珠 | Invitrogen | 11348D |
| CD8+ T细胞活化 | 抗CD3/CD28 Dynabeads | Thermo Fisher | 11131D |
| CD8+ T细胞培养 | 重组IL-2 | Thermo Fisher | -- |
| 细胞增殖检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Mishushengwu | MI00615 |
| 侵袭实验 | 基质胶 | Xiamen Mogengel | 0827045 |
| 体内HCC模型 | 二乙基亚硝胺 | MedChemExpress | HY-N7434 |
| 体内CD8+ T细胞清除 | 抗CD8α抗体 | Bio X Cell | BE0061 |
| 体内HMGB1干预 | 鼠重组高迁移率族蛋白B1 | MedChemExpress | HY-P73104A |
| 甘草酸 | MedChemExpress | HY-N0184 | |
| 体内TLR4干预 | TAK-242 | MedChemExpress | HY-11109 |
| 免疫组化 | 抗Ki67抗体 | Servicebio | GB111141 |
| 抗CD31抗体 | Servicebio | GB113151 | |
| 抗VEGF抗体 | Affinity | AF5131 | |
| 过氧化物酶标记二抗 | AiFang | AFIHC003 | |
| 免疫荧光 | 抗髓过氧化物酶抗体 | Proteintech | 66177-1-Ig |
| 抗瓜氨酸化组蛋白H3抗体 | Abcam | ab5103 | |
| 4′,6-二脒基-2-苯基吲哚 | Boster | AR1177 | |
| 抗荧光淬灭封片剂 | Boster | AR1109 | |
| 抗CD66b抗体 | Abcam | ab300122 | |
| 抗CXCR4抗体 | Abcam | ab181020 | |
| 抗CD4抗体 | Abcam | ab133616 | |
| 抗CD8抗体 | Abcam | ab237709 | |
| 抗Ly6G抗体 | Abcam | ab238132 | |
| 抗CXCR4抗体 | Abcam | ab124824 | |
| 抗CD8抗体 | Cell Signaling Technology | 98941 | |
| 抗瓜氨酸化组蛋白H3抗体 | Abcam | ab281584 | |
| ELISA | 人穿孔素ELISA试剂盒 | Meimian | MM1156H1 |
| 人颗粒酶B ELISA试剂盒 | Meimian | MM-0434H1 | |
| 人IFN-γ ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H0108 | |
| 人HMGB1 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H1554 | |
| 小鼠穿孔素ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0890 | |
| 小鼠颗粒酶B ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0594 | |
| NETs检测 | 细胞死亡检测ELISA试剂盒 | Roche | 11774425001 |
| 抗MPO捕获抗体 | Bio-techne | AF3667 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Keygen Biotech | KGB5302-50 |
| 抗IL-6抗体 | Proteintech | 66146-1-Ig | |
| 抗p21抗体 | Abcam | ab109520 | |
| 抗HMGB1抗体 | Abcam | ab79823 | |
| 抗β-actin抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 流式分析 | 抗人CD3 PerCP-Cyanine5.5抗体 | Invitrogen | 45-0037-42 |
| 抗人CD4 APC抗体 | BD Biosciences | 551980 | |
| 抗人CD8 PE抗体 | BD Biosciences | 557086 | |
| 抗人CD66b PE-Cyanine7抗体 | Invitrogen | 25-0666-42 | |
| 抗人CXCR4 APC抗体 | Invitrogen | 17-9999-42 | |
| 抗人CD62L FITC抗体 | Invitrogen | 11-0625-42 | |
| 抗人穿孔素FITC抗体 | Biolegend | 308104 | |
| 抗人颗粒酶B APC抗体 | Biolegend | 396408 | |
| 抗人Ki67 FITC抗体 | Biolegend | 151212 | |
| 抗小鼠CD3 FITC抗体 | Invitrogen | 11-0032-82 | |
| 抗小鼠CD4 PE抗体 | Invitrogen | 12-0041-82 | |
| 抗小鼠CD8 APC抗体 | Invitrogen | 17-0081-82 | |
| 抗小鼠Ly6G FITC抗体 | Invitrogen | 11-9661-82 | |
| 抗小鼠CD11b PE抗体 | Invitrogen | 12-0112-82 | |
| 抗小鼠CXCR4 APC抗体 | Invitrogen | 17-9991-82 | |
| 抗小鼠CD62L eFluor 450抗体 | Invitrogen | 48-0621-82 | |
| 羧基荧光素琥珀酰亚胺酯 | Invitrogen | C34570 | |
| 凋亡检测 | Annexin V/Alexa Fluor 488和碘化丙啶凋亡检测试剂盒 | Solarbio | CA1040 |
| 衰老检测 | 细胞衰老相关β-半乳糖苷酶染色试剂盒 | Beyotime | C0602 |
| 抑制剂处理 | CU-CPT22 | MedChemExpress | HY-108471 |
| TH1020 | MedChemExpress | HY-116961 | |
| 羟氯喹 | MedChemExpress | HY-W031727 | |
| Z-DEVD-FMK | MedChemExpress | HY-12466 | |
| HMGB1处理 | 高迁移率族蛋白B1 | MedChemExpress | HY-P70570 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 中性粒细胞衰老诱导与鉴定 | LPS浓度(10 ng/ml)与处理时间(6 h);GM-CSF浓度(100 ng/ml);衰老标志CXCR4hiCD62Llo、SA-β-Gal、IL-6和p21 阅读提示:Methods中Isolation and culture of human neutrophils and NET formation assay及Senescence-associated β-galactosidase staining;Fig. 2A–E |
| CD8+ T细胞共培养与功能检测 | 中性粒细胞接种量(5×10^5/孔)与CD8+ T细胞接种量(2×10^6/孔);Transwell孔径(0.4 μm);共培养时间(12 h后继续48 h);CFSE标记浓度(10 μM) 阅读提示:Methods中Coculture assay及Flow cytometry;Fig. 2F–J |
| NETs形成与抑制验证 | PMA浓度(100 ng/ml)与刺激时间(4 h);纯化NETs使用浓度(2 μg/ml);DNase I浓度(100 IU/ml)与处理时间(4 h);Z-DEVD-FMK浓度(10 μM)与处理时间(24 h) 阅读提示:Methods中Isolation and culture of human neutrophils and NET formation assay及Flow cytometry;Fig. 3F–R |
| 体内HCC模型与干预 | 二乙基亚硝胺剂量(25 mg/kg);CCl4比例(1:4,v/v)与剂量(2 ml/kg);LPS剂量(1 mg/kg);anti-CD8α剂量(200 μg/鼠);ABX各抗生素剂量;Hmgb1(10 μg/鼠)、Gly(10 mg/kg)、TAK-242(1 mg/kg) 阅读提示:Methods中Mouse liver cancer models;Fig. 5A–N、Fig. S5H–N |
| 临床样本与ROC分析 | HCC患者100例、健康对照41例及组织样本5例;AFP、Aged Neu及CD8+ T/Aged Neu的ROC分析终点 阅读提示:Methods中Patient specimens及Statistical analysis;Fig. 8A–C、Table 2 |